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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pv2 | ||||||
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タイトル | Crystallographic Structure of SurA first peptidyl-prolyl isomerase domain complexed with peptide NFTLKFWDIFRK | ||||||
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![]() | ISOMERASE / Survival protein A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of stationary phase / maintenance of unfolded protein / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptide binding / unfolded protein binding / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, X. / McKay, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Periplasmic Bacterial Molecular Chaperone SurA Adapts its Structure to Bind Peptides in Different Conformations to Assert a Sequence Preference for Aromatic Residues. 著者: Xu, X. / Wang, S. / Hu, Y.X. / McKay, D.B. #1: ![]() タイトル: Crystallographic structure of SurA, a molecular chaperone that facilitates folding of outer membrane porins 著者: Bitto, E. / McKay, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10977.320 Da / 分子数: 4 / 断片: PPIC 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1617.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 24% ployethylene glycol 8000, 0.1 M imdidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 93257 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.045 / Χ2: 3.377 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.2 % / Num. unique all: 8714 / Rsym value: 0.25 / Χ2: 2.093 / % possible all: 90.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1M5Y 解像度: 1.3→28.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 48.339 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.97 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.008
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Xplor file |
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