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万見
- PDB-2pun: Structures of 5-methylthioribose kinase reveal substrate specific... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pun
タイトルStructures of 5-methylthioribose kinase reveal substrate specificity and unusual mode of nucleotide binding
要素Methylthioribose kinase
キーワードTRANSFERASE / 5-methylthioribose kinase / methionine recycling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5-thioribose kinase / S-methyl-5-thioribose kinase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / 5-S-methyl-5-thio-alpha-D-ribofuranose / Methylthioribose kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ku, S.-Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structures of 5-methylthioribose kinase reveal substrate specificity and unusual mode of nucleotide binding
著者: Ku, S.-Y. / Yip, P. / Cornell, K.A. / Riscoe, M.K. / Behr, J.-B. / Guillerm, G. / Howell, P.L.
履歴
登録2007年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylthioribose kinase
B: Methylthioribose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3149
ポリマ－90,2802
非ポリマー2,0347
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
2
A: Methylthioribose kinase
B: Methylthioribose kinase
ヘテロ分子

A: Methylthioribose kinase
B: Methylthioribose kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,62918
ポリマ－180,5604
非ポリマー4,06914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area55650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.730, 83.620, 51.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 3

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1THRTHRAA6 - 3966 - 396
2PROPROBB7 - 3967 - 396

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Methylthioribose kinase / MTR kinase


分子量: 45139.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mtnK, ykrT / プラスミド: pTRCHis2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O31663, S-methyl-5-thioribose kinase
#5: 糖 ChemComp-SR1 / 5-S-methyl-5-thio-alpha-D-ribofuranose / 5-S-methyl-5-thio-alpha-D-ribose / 5-S-methyl-5-thio-D-ribose / 5-S-methyl-5-thio-ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O4S
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5SMeIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 352分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 2000MME, 0.3M sodium acetate, 0.1M TrisHCl, 8mM CHAPS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月9日 / 詳細: osmic
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→105.41 Å / Num. all: 39876 / Num. obs: 39577 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→51.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 13.275 / SU ML: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25456 2099 5 %RANDOM
Rwork0.20154 ---
all0.20423 39876 --
obs0.20423 39577 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å20 Å20 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3---3.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→51.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5937 0 115 347 6399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.9728398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3725751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.42124.107280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57615963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4381529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3110.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3660.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4811.53860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84226041
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61132599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4584.52357
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1399tight positional0.050.05
1361loose positional0.365
1399tight thermal0.120.5
1361loose thermal1.2210
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 148 -
Rwork0.229 2847 -
obs--98.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.02570.1578-1.72422.1167-0.75082.9834-0.1624-0.1628-0.44730.1124-0.1097-0.47760.03270.32890.2721-0.13790.0764-0.1-0.12-0.05610.2542-63.3637-27.606619.3122
24.7882-0.92730.36982.3774-0.95392.0237-0.13750.06150.39920.2213-0.1501-0.552-0.22370.17710.2876-0.1098-0.01-0.0484-0.1014-0.02590.1583-60.318619.83993.572
31.3440.0740.06221.4295-0.25870.6934-0.09460.0207-0.21190.03860.1155-0.0857-0.0285-0.0869-0.0209-0.07790.0668-0.0274-0.0712-0.1202-0.0676-87.649-20.106216.3891
40.9955-0.214-0.09161.360.07670.6279-0.03780.15530.02650.06790.0664-0.0554-0.0117-0.0637-0.0286-0.08180.0479-0.0408-0.033-0.0719-0.128-85.843614.789310.5141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1206 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2BB7 - 1207 - 120
3X-RAY DIFFRACTION3AA121 - 396121 - 396
4X-RAY DIFFRACTION4BB121 - 396121 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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