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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ptv | ||||||
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タイトル | Structure of NK cell receptor ligand CD48 | ||||||
要素 | CD48 antigen | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / CD48 / NK cell receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 natural killer cell activation involved in immune response / mast cell activation / Cell surface interactions at the vascular wall / MHC class I protein binding / T cell activation / external side of plasma membrane / signal transduction / protein-containing complex / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Deng, L. / Velikovsky, C.A. / Mariuzza, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2007 タイトル: Structure of natural killer receptor 2B4 bound to CD48 reveals basis for heterophilic recognition in signaling lymphocyte activation molecule family. 著者: Velikovsky, C.A. / Deng, L. / Chlewicki, L.K. / Fernandez, M.M. / Kumar, V. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ptv.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ptv.ent.gz | 23.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ptv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ptv_validation.pdf.gz | 421.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ptv_full_validation.pdf.gz | 421.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ptv_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ptv_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/2ptv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/2ptv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is the monomer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12940.734 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like C2-type1, D1, 2B4-binding domain / 変異: T34Y, K52R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd48, Bcm-1 / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codonPlus-DE3 RIL / 参照: UniProt: P18181 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 30% (w/v) PEG 8000, 100 mM sodium imidazole, 0.2 M NaCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 11309 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 66.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 1041 / % possible all: 81.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2PTT 解像度: 1.66→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.524 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.242 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
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