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万見
- PDB-2pr5: Structural Basis for Light-dependent Signaling in the Dimeric LOV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pr5
タイトルStructural Basis for Light-dependent Signaling in the Dimeric LOV Photosensor YtvA (Dark Structure)
要素Blue-light photoreceptor
キーワードFLAVOPROTEIN / SIGNALING PROTEIN / light-oxygen-voltage / LOV / Per-Arnt-Sim / PAS
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
: / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...: / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Blue-light photoreceptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Moglich, A. / Moffat, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Light-dependent Signaling in the Dimeric LOV Domain of the Photosensor YtvA.
著者: Moglich, A. / Moffat, K.
履歴
登録2007年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue-light photoreceptor
B: Blue-light photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2967
ポリマ－30,2402
非ポリマー1,0565
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
2
A: Blue-light photoreceptor
B: Blue-light photoreceptor
ヘテロ分子

A: Blue-light photoreceptor
B: Blue-light photoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,59114
ポリマ－60,4804
非ポリマー2,11210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area24640 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.846, 91.634, 34.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Blue-light photoreceptor


分子量: 15119.942 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 20-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: pfyP / プラスミド: pAM001 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34627
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Na acetate pH 4.6, 18-22 % (w/v) PEG-4000, 75-150 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月6日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→15 Å / Num. all: 50453 / Num. obs: 48278 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.083 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.45-1.475.70.44924720.932199.9
1.47-1.56.80.47925051.0491100
1.5-1.536.90.40224871.0011100
1.53-1.566.90.35424980.9991100
1.56-1.66.90.31924430.9931100
1.6-1.636.90.27725350.9561100
1.63-1.676.90.23424700.9931100
1.67-1.726.80.19125250.9681100
1.72-1.776.80.16324710.9491100
1.77-1.836.80.13224980.981100
1.83-1.896.60.11424871.072198.8
1.89-1.975.80.09420991.276183.3
1.97-2.066.60.06925011.0371100
2.06-2.166.60.05825501.0311100
2.16-2.360.05912851.201151.1
2.3-2.486.60.04825431.0761100
2.48-2.726.50.04725491.2811100
2.72-3.126.30.04325781.5199.8
3.12-3.916.20.03321371.273182.3
3.91-156.30.03126451.27196.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→14.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.306 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2458 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.192 50453 --
obs0.192 48050 95.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→14.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 71 452 2566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.191.9963062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6825277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24426.81116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00315400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.829156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.51311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00822160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66731007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7194.5889
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 170 -
Rwork0.236 3478 -
obs-3648 99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.18513.5317-7.932111.48574.336928.41470.32440.59190.4756-0.3385-0.11711.5414-1.5548-1.8249-0.20720.04680.0714-0.03180.12060.04180.067814.186228.1383-0.4736
20.6258-0.0589-0.01591.29780.17880.65980.04270.00080.01090.0054-0.0008-0.0989-0.05870.03-0.0419-0.071500.0005-0.03750.0015-0.078924.404428.683714.5253
38.6157-10.7017-0.1313.54320.27290.05150.00990.02870.0341-0.0723-0.05520.27210.0025-0.03780.04530.01940.0444-0.01440.0124-0.00260.05684.877947.12015.4676
433.7975-43.0264-31.253595.27359.221351.97121.9960.6393-1.0064-0.9374-0.78270.2951-1.8424-1.4863-1.21340.14930.07410.03690.08190.01340.10834.935928.021911.5871
51.762-0.18790.27271.73310.00520.72810.01130.0435-0.11630.02740.01440.09560.0408-0.0133-0.0257-0.07060.00180.0101-0.0328-0.0095-0.016211.353410.9118.9918
62.6641-6.66971.646519.1371-2.91.88520.17480.1301-0.0741-0.6089-0.19180.2622-0.3113-0.09070.01690.10450.0649-0.01340.0260.01470.042-2.06234.0619-1.077
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA21 - 246 - 9
22AA25 - 12510 - 110
33AA126 - 147111 - 132
44BB21 - 246 - 9
55BB25 - 12510 - 110
66BB126 - 146111 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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