PDB-2pqv: Crystal structure of MutT/nudix family protein from Streptococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pqv

タイトル

Crystal structure of MutT/nudix family protein from Streptococcus pneumoniae

要素

MutT/nudix family protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MutT/nudix family protein / Streptococcus pneumoniae / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Chang, C. / Binkowski, T.A. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MutT/nudix family protein from Streptococcus pneumoniae.
著者: Chang, C. / Binkowski, T.A. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pqv.cif.gz	151.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pqv.ent.gz	119.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pqv_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pqv_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	2pqv_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	2pqv_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fho-d 1x7v-d 4a6n-1 6sw2-d 1vis-d 4rqt-d 4q0m-d 1lq8-4 2riw-d 4roa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80193

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MutT/nudix family protein

B: MutT/nudix family protein

ヘテロ分子

35.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.321, 64.675, 49.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MutT/nudix family protein 分子量: 17736.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP_0119 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q97T37, UniProt: A0A0H2UMZ7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M Ammonium chloride, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月11日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→50 Å / Num. all: 37031 / Num. obs: 36665 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.772 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 31.68
反射シェル	解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Num. unique all: 3365 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.63→47.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.339 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22646	1833	5 %	RANDOM
R_work	0.16695	-	-	-
all	0.16993	34812	-	-
obs	0.16993	34812	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0.06 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2434	0	5	414	2853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.951	3452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.123	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.776	25.672	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.148	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.705	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.279	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.113	1.5	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.654	2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.815	3	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.963	4.5	956
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.68 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	128	-
R_work	0.201	2414	-
obs	-	-	95.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0155	-0.2736	-0.0256	0.8588	-0.0175	1.8036	0.0024	0.0429	-0.1963	0.0012	0.0092	-0.0918	0.0893	0.1161	-0.0116	-0.0407	0.0044	0.02	-0.0397	-0.0029	-0.0314	5.414	24.545	8.137
2	2.3857	-0.3814	0.3637	2.2058	0.4526	1.4363	0.0584	0.331	-0.0287	-0.0253	0.025	-0.1551	0.0336	0.2797	-0.0833	-0.0407	-0.0243	0.0168	0.0719	-0.0074	-0.0827	14.409	29.53	-2.168
3	0.9762	-0.1814	-0.3591	0.7933	0.0199	0.1371	-0.0109	-0.1321	0.0328	0.0952	0.0276	0.0068	-0.1229	-0.0584	-0.0167	-0.0159	0.0075	0.0074	-0.0227	-0.0047	-0.0568	-6.56	34.658	17.291
4	1.6426	-1.4871	0.0121	3.3629	-0.6391	0.5943	-0.1727	-0.3927	-0.0284	0.3377	0.2171	0.1521	-0.1074	-0.1552	-0.0443	-0.0268	0.0243	0.0186	0.082	0.0238	-0.0222	-19.659	29.348	22.639

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 20	4 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	43 - 51	46 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	72 - 94	75 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	122 - 150	125 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	21 - 42	24 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	52 - 71	55 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	95 - 121	98 - 124
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 20	4 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	43 - 51	46 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	72 - 94	75 - 97
11	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	122 - 150	125 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	21 - 42	24 - 45
13	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	52 - 71	55 - 74
14	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	95 - 121	98 - 124

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