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- PDB-2pqn: Crystal structure of yeast Fis1 complexed with a fragment of yeas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqn
タイトルCrystal structure of yeast Fis1 complexed with a fragment of yeast Mdv1
要素
  • Mitochondria fission 1 protein
  • Mitochondrial division protein 1
キーワードAPOPTOSIS / TPR domain / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / peroxisome fission / mitochondrial genome maintenance / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / positive regulation of mitochondrial fission / ubiquitin binding / peroxisome / mitochondrial outer membrane ...Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / peroxisome fission / mitochondrial genome maintenance / mitochondrial fission / peroxisomal membrane / positive regulation of mitochondrial fission / ubiquitin binding / peroxisome / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial division protein 1 / Mitochondrial division protein 1 / : / Mitochondria fission 1 protein / Fis1, N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1, C-terminal tetratricopeptide repeat / Mitochondria fission protein Fis1, cytosolic domain / Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain ...Mitochondrial division protein 1 / Mitochondrial division protein 1 / : / Mitochondria fission 1 protein / Fis1, N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1, C-terminal tetratricopeptide repeat / Mitochondria fission protein Fis1, cytosolic domain / Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat / Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial fission 1 protein / Mitochondrial division protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhang, Y. / Chan, D.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Structural basis for recruitment of mitochondrial fission complexes by Fis1.
著者: Zhang, Y. / Chan, D.C.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondria fission 1 protein
B: Mitochondrial division protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1662
ポリマ－21,1662
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.172, 57.388, 69.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Mitochondria fission 1 protein / Mitochondrial division protein 2


分子量: 15128.260 Da / 分子数: 1 / 断片: cytosolic portion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FIS1, MDV2 / プラスミド: pBB75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P40515
#2: タンパク質 Mitochondrial division protein 1 / Mitochondria fission 2 protein


分子量: 6037.681 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MDV1, FIS2, GAG3, NET2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P47025
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG3350, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月12日
詳細: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 9834 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / % possible all: 89.5

-
位相決定

Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: STRIPtrans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Y8M

1y8m


解像度: 2.15→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 11.018 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23306 765 8.1 %RANDOM
Rwork0.19769 ---
obs0.20062 8653 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.96 Å20 Å20 Å2
2---1.76 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1185 0 0 41 1226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9751642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8455146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.31124.91559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66415221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.449156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.5757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33621175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0563536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1764.5466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.147→2.203 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 52 -
Rwork0.218 494 -
obs--87.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.787411.7053-0.768831.4631-9.23447.0751-0.48081.1588-1.1606-0.79530.3162-2.6254-0.79081.76730.16460.0471-0.23650.21660.3346-0.141-0.00317.6156.499-16.828
25.5033-0.10790.26794.70291.47243.07180.0108-0.08380.2277-0.1734-0.04940.1272-0.07370.04280.0386-0.2418-0.02320.02410.0162-0.00190.13137.43811.511-5.92
319.189816.0861-7.899120.6866-3.684110.157-0.53250.79911.3018-1.26130.58540.642-0.9512-0.2146-0.05290.0986-0.1094-0.0396-0.11640.13450.19118.62421.663-17.289
49.61222.68650.4466.73312.92047.8027-0.40180.94730.1399-1.13340.46890.0477-0.51510.8301-0.06720.0722-0.05940.10660.13770.0717-0.122110.2737.746-26.62
57.36331.14136.08784.8480.801616.74540.10660.0005-0.01880.026-0.0711-0.00460.0935-0.0545-0.0354-0.2161-0.01870.02980.0154-0.06260.280919.05711.599-2.031
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA4 - 144 - 14
22AA15 - 6315 - 63
33AA64 - 7664 - 76
44AA77 - 12977 - 129
55BB146 - 16429 - 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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