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万見
- PDB-2pqm: Crystal structure of Cysteine Synthase (OASS) from Entamoeba hist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqm
タイトルCrystal structure of Cysteine Synthase (OASS) from Entamoeba histolytica at 1.86 A resolution
要素Cysteine synthase
キーワードLYASE / OASS / Cysteine synthase / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Chinthalapudi, K. / Alam, N. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of native O-acetyl-serine sulfhydrylase from Entamoeba histolytica and its complex with cysteine: structural evidence for cysteine binding and lack of interactions ...タイトル: Crystal structure of native O-acetyl-serine sulfhydrylase from Entamoeba histolytica and its complex with cysteine: structural evidence for cysteine binding and lack of interactions with serine acetyl transferase.
著者: Chinthalapudi, K. / Kumar, M. / Kumar, S. / Jain, S. / Alam, N. / Gourinath, S.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600 HETEROGEN THE OXYGEN ATOM (O4) ON PLP IS DISPLACED BY THE NZ OF LYS58 TO FORM A COVALENT SCHIFF ... HETEROGEN THE OXYGEN ATOM (O4) ON PLP IS DISPLACED BY THE NZ OF LYS58 TO FORM A COVALENT SCHIFF BASE LINKAGE BETWEEN THE COFACTOR (PLP) AND THE ENZYME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
B: Cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8856
ポリマ－75,1992
非ポリマー6864
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.316, 80.316, 112.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase


分子量: 37599.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: OASS / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O15570
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.5 Ammonium sulfate, 100mM Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月3日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 59571 / Num. obs: 59571 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 45.5
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 5820 / Rsym value: 0.336 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OAS

1oas


解像度: 1.86→32.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.502 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 3006 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 59528 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.186 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→32.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5117 0 40 356 5513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9857067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5615670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73725.35200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87515975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9341520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23618
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011.53454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48325354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55832053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8074.51713
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 215 -
Rwork0.227 4066 -
obs-4281 98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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