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万見
- PDB-2pqj: Crystal structure of active ribosome inactivating protein from ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pqj
タイトルCrystal structure of active ribosome inactivating protein from maize (b-32), complex with adenine
要素Ribosome-inactivating protein 3
キーワードHYDROLASE / MOD / ribosome inactivating protein / maize / adenine / Cytoplasm / Plant defense / Protein synthesis inhibitor / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / Ribosome-inactivating protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mak, A.N.S. / Au, S.W.N. / Cha, S.S. / Young, J.A. / Wong, K.B. / Shaw, P.C.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Structure-function study of maize ribosome-inactivating protein: implications for the internal inactivation region and the sole glutamate in the active site.
著者: Mak, A.N. / Wong, Y.T. / An, Y.J. / Cha, S.S. / Sze, K.H. / Au, S.W. / Wong, K.B. / Shaw, P.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Characterization and molecular cloning of a proenzyme form of a ribosome-inactivating protein from maize. Novel mechanism of proenzyme activation by proteolytic removal of a 2.8- ...タイトル: Characterization and molecular cloning of a proenzyme form of a ribosome-inactivating protein from maize. Novel mechanism of proenzyme activation by proteolytic removal of a 2.8-kilodalton internal peptide segment.
著者: Walsh, T.A. / Morgan, A.E. / Hey, T.D.
履歴
登録2007年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-inactivating protein 3
B: Ribosome-inactivating protein 3
C: Ribosome-inactivating protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,3226
ポリマ－81,9173
非ポリマー4053
水27015
1
A: Ribosome-inactivating protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4412
ポリマ－27,3061
非ポリマー1351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosome-inactivating protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4412
ポリマ－27,3061
非ポリマー1351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ribosome-inactivating protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4412
ポリマ－27,3061
非ポリマー1351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.908, 115.908, 44.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Ribosome-inactivating protein 3 / rRNA N-glycosidase / B-32 protein


分子量: 27305.551 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: b-32, CRIP3 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P25891, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate tri-hydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.9 Å / Num. all: 16621 / Num. obs: 16621 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PQI

2pqi


解像度: 2.8→40.99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2934 843 -Random
Rwork0.2319 ---
all0.2319 15778 --
obs0.2319 15778 98.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5382 0 30 15 5427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009435
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.59558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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