[日本語] English
万見
- PDB-2pny: Structure of Human Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pny
タイトルStructure of Human Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 2
要素Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 2
キーワードISOMERASE / Carotenoid biosynthesis / Cholesterol biosynthesis / Isoprene biosynthesis / Lipid synthesis / Peroxisome / Steroid biosynthesis / Sterol biosynthesis / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate metabolic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / peroxisome / hydrolase activity ...isopentenyl diphosphate metabolic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / peroxisome / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1 / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYROPHOSPHATE 2- / Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Walker, J.R. / Davis, T. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the human Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 2.
著者: Walker, J.R. / Davis, T. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3737
ポリマ－28,8261
非ポリマー5476
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.897, 52.815, 96.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase 2 / IPP isomerase 2 / Isopentenyl pyrophosphate isomerase 2 / IPPI2


分子量: 28825.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Skeletal muscle / 遺伝子: IDI2 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BXS1, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein buffer: 10 mg/mL Protein, 0.1 M NaCl, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0, 0.001 M TCEP, 0.001 M CaCl2, 0.001 M MgCl2, 0.001 M MnCl2. Precipitant: 2 M Na/K PO4, pH 7.0. Cryoprotectant: 20% ...詳細: Protein buffer: 10 mg/mL Protein, 0.1 M NaCl, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0, 0.001 M TCEP, 0.001 M CaCl2, 0.001 M MgCl2, 0.001 M MnCl2. Precipitant: 2 M Na/K PO4, pH 7.0. Cryoprotectant: 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 24447 / Num. obs: 24447 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 36.95
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Num. unique all: 2101 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ICJ

2icj


解像度: 1.81→24.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.764 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18203 1202 4.9 %RANDOM
Rwork0.14759 ---
obs0.14931 23192 99.93 %-
all-24394 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.151 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→24.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 29 187 2147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.9662838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3175249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.42623.333108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60815378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8821522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21437
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1840.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9681.51271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31822005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5173942
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5974.5833
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.86 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 81 -
Rwork0.145 1643 -
obs--99.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
121.43476.4268-4.119720.771515.002215.2593-0.2256-0.6937-0.3339-0.31550.0494-0.2499-0.3133-0.00990.17620.0421-0.0333-0.00290.03550.03710.023735.16115.551134.9395
223.65-12.535825.361918.2387-10.91735.07510.1655-0.35040.7093-0.3616-0.5562-0.30340.6875-0.25940.39060.02860.02270.03150.09270.00740.014726.469122.382535.0795
32.2811-0.25460.58354.32342.13247.1037-0.0289-0.0175-0.03910.0792-0.01020.2773-0.0905-0.49880.03910.05540.00950.03940.07890.03840.066517.329723.482122.8648
47.5792-7.9425-8.181421.952216.747913.7342-0.19650.20380.14260.3933-0.11890.2760.6324-0.4090.31540.07280.0005-0.00560.0480.00070.066422.675614.210616.7294
58.87950.4727-5.15494.6463-0.89517.0609-0.1286-0.1751-0.17850.0025-0.0802-0.35080.37190.34160.20880.0590.03540.0130.05560.00160.084136.847111.12718.6843
63.67022.29641.50512.0336-0.14022.5785-0.0015-0.0478-0.06310.20740.0038-0.07680.07360.0499-0.00230.10040.01140.00680.05710.01450.063630.254316.015221.1849
70.5518-0.31770.19391.1528-0.50951.06390.01840.0343-0.0229-0.024-0.0270.030.08530.04930.00860.05720.0059-0.00120.08310.0060.072730.896824.00197.8914
81.03720.137-0.6511.0538-1.70264.04550.0053-0.0058-0.02420.04980.00820.0879-0.05010.0084-0.01340.07640.00690.010.06250.00150.079724.540434.430712.3607
90.37510.32930.093.0728-1.14731.59860.02350.0703-0.0313-0.07290.0255-0.06580.217-0.0188-0.04890.059-0.0102-0.00570.0732-0.01110.089425.584614.76514.7549
103.6443-4.481-1.41216.17152.5112.53920.00550.2212-0.0863-0.0706-0.04770.23660.1138-0.17920.04220.0634-0.0209-0.00360.0711-0.00130.082622.156620.07491.4492
113.9608-0.38590.56651.52580.64110.59510.21950.0493-0.4482-0.12-0.0040.0720.156-0.1565-0.21540.06990.0293-0.03540.0595-0.00010.1216.049826.8889-0.4448
1210.5955-2.99351.23422.54670.14864.16930.31280.5609-0.4888-0.1986-0.23120.07490.1254-0.0403-0.08160.0790.0154-0.00460.061-0.02420.064730.286623.8693-3.7507
131.5907-0.6496-2.04821.89010.05653.9130.041-0.0992-0.03310.0954-0.0452-0.0753-0.07210.13390.00420.0537-0.0047-0.00860.088600.078934.904323.5317.2105
142.7174-1.6150.36341.0421-0.57541.61830.06960.2111-0.0326-0.2198-0.07240.03760.1135-0.07270.00280.0625-0.0103-0.03490.07950.01210.105523.902130.4351-1.8873
152.32070.09311.29322.34620.15272.5173-0.0196-0.04780.0291-0.04810.020.16830.0055-0.2099-0.00040.06990.00640.02520.0790.00710.079815.76132.845112.5775
165.31840.76693.7591.29650.22625.29840.0755-0.03870.19350.0278-0.02810.0622-0.02180.0852-0.04740.07150.00230.02520.05690.00790.069230.387143.94515.5941
172.32430.0089-1.65657.08794.22139.82290.07170.05320.12040.3040.0574-0.2253-0.16040.2616-0.12910.0868-0.0054-0.00460.05570.00780.057633.935644.710217.0519
184.1014-0.2034-3.47520.0595-0.11784.649-0.0148-0.1256-0.10850.03910.0109-0.18660.08930.16410.00390.07590.01110.00140.0647-0.00750.084736.477133.86078.0606
190.5129-1.38950.45159.38344.77216.79270.22680.10060.0411-0.4069-0.1757-0.0293-0.09530.0839-0.05110.09860.00310.04740.0806-0.00270.041135.171636.7223-5.529
201.5168-1.01831.74682.123-0.1074.40620.07020.0747-0.0562-0.16350.0516-0.0263-0.04830.2668-0.12180.06860.00270.04950.0659-0.01270.065140.455324.4504-2.1326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-5 - -114 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2AA0 - 519 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3AA6 - 1625 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4AA17 - 2136 - 40
5X-RAY DIFFRACTION5AA22 - 3241 - 51
6X-RAY DIFFRACTION6AA33 - 4552 - 64
7X-RAY DIFFRACTION7AA46 - 6165 - 80
8X-RAY DIFFRACTION8AA62 - 8381 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9AA84 - 99103 - 118
10X-RAY DIFFRACTION10AA100 - 114119 - 133
11X-RAY DIFFRACTION11AA115 - 125134 - 144
12X-RAY DIFFRACTION12AA126 - 133145 - 152
13X-RAY DIFFRACTION13AA134 - 150153 - 169
14X-RAY DIFFRACTION14AA151 - 161170 - 180
15X-RAY DIFFRACTION15AA162 - 171181 - 190
16X-RAY DIFFRACTION16AA172 - 183191 - 202
17X-RAY DIFFRACTION17AA184 - 192203 - 211
18X-RAY DIFFRACTION18AA193 - 205212 - 224
19X-RAY DIFFRACTION19AA206 - 214225 - 233
20X-RAY DIFFRACTION20AA215 - 227234 - 246

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る