PDB-2pnm: Crystal Structure of VP4 protease from infectious pancreatic necr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pnm

タイトル

Crystal Structure of VP4 protease from infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) in space group P6122

要素

Protease VP4

キーワード

HYDROLASE / protease / Ser/Lys dyad / viral protease

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Infectious pancreatic necrosis virus - Sp (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Paetzel, M. / Lee, J. / Feldman, A.R. / Delmas, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the VP4 protease from infectious pancreatic necrosis virus reveals the acyl-enzyme complex for an intermolecular self-cleavage reaction.
著者: Lee, J. / Feldman, A.R. / Delmas, B. / Paetzel, M.

履歴

登録	2007年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: Protease VP4

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.953, 76.953, 136.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

This enzymes is a monomer in solution during purification.

#1: タンパク質	Protease VP4 分子量: 20593.791 Da / 分子数: 1 / 断片: VP4hex (residues 524-716) / 変異: K674A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Infectious pancreatic necrosis virus - Sp (ウイルス) 属: Aquabirnavirus / 生物種: Infectious pancreatic necrosis virus / 株: serotype SP / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q703G9, UniProt: A1XQR0*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protease VP4

分子量: 20593.791 Da / 分子数: 1 / 断片: VP4hex (residues 524-716) / 変異: K674A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Infectious pancreatic necrosis virus - Sp (ウイルス)
属: Aquabirnavirus / 生物種: Infectious pancreatic necrosis virus / 株: serotype SP / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q703G9, UniProt: A1XQR0*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 22% PEG 2000 MME, 0.45M Calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→47.7 Å / Num. all: 11248 / Num. obs: 11248 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 1584 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→25.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 9.271 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	538	4.8 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
all	0.2	11248	-	-
obs	0.184	11186	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.945 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1337	0	0	159	1496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.983	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.954	5	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.848	27.368	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.255	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.175	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.22	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.924	1.5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.434	2	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.001	3	490
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.91	4.5	415

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	44	-
R_work	0.17	750	-
obs	-	794	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.4332	-0.9068	19.1667	6.0134	-13.7902	59.9802	0.481	1.9647	-0.0633	0.2684	-2.5608	-1.8074	0.7832	3.5542	2.0798	0.0335	0.0847	-0.065	0.1495	0.0495	0.2112	21.1153	-10.925	-4.3224
2	2.3896	1.7772	0.7575	2.8574	-1.0352	2.4443	0.1001	-0.0105	0.0116	0.1565	0.0027	-0.0275	0.0201	0.0445	-0.1028	0.0508	0.0037	-0.035	0.0215	-0.0026	0.049	6.3221	-15.6809	-9.9954
3	21.5356	1.5667	11.7471	10.508	26.729	70.8178	0.3417	-1.433	1.1332	1.1197	-0.9614	0.0476	-3.7158	1.1746	0.6197	0.4876	-0.4497	0.0037	0.2179	0.0425	-0.0821	1.1988	-16.2132	7.9786
4	8.0595	0.978	-3.392	1.5605	-0.1851	7.4804	0.2814	-0.2098	-0.3623	-0.0563	0.0966	-0.2622	0.3771	0.2344	-0.378	0.0806	-0.0323	-0.075	0.0022	-0.0184	0.0386	8.0194	-20.9752	-7.9427
5	7.9079	3.2007	6.5021	10.1286	6.4649	15.1535	0.0976	0.7854	-0.1886	-0.5469	0.5139	-0.2051	-0.1506	1.1165	-0.6114	0.0233	0.009	-0.0431	0.0166	-0.065	0.0163	16.233	-16.0001	-5.911
6	2.2408	2.8782	2.1089	4.0574	1.8614	3.9762	0.3713	0.0955	-0.6261	0.3347	0.2165	-0.4004	0.8631	0.5275	-0.5878	0.1384	0.0878	-0.1945	-0.0539	-0.0671	0.119	15.4114	-27.9351	-2.6099
7	0.2742	-0.2491	1.2726	6.8589	-4.4238	7.5169	0.4205	0.2228	-0.6434	0.2006	0.3691	-0.318	1.2348	0.1234	-0.7896	0.2533	0.0739	-0.2735	-0.1646	-0.0952	0.1496	11.0429	-35.9201	-6.4777
8	11.5063	-2.8442	5.363	10.9494	-1.1927	2.5014	0.503	0.7434	-0.4375	-0.5226	-0.0522	-0.6154	0.2525	0.3035	-0.4508	0.0691	0.0027	-0.0471	0.0218	-0.0114	0.0693	10.2576	-22.1995	-8.4629
9	4.3932	2.1386	7.8081	3.5074	-0.2788	20.6267	-0.1789	0.1087	0.2684	0.0105	0.0876	0.3391	-0.352	-0.2119	0.0913	-0.012	0.0025	-0.0213	-0.0281	0.0209	0.0615	0.3128	-10.962	-13.2234
10	4.2008	-0.0712	8.6935	0.1763	0.5183	20.5215	0.0901	-0.1353	-0.0152	0.1059	0.1242	0.0515	-0.0443	-0.3097	-0.2143	0.014	-0.0319	-0.036	-0.0047	0.0013	0.0826	8.7852	-11.5491	-2.9362
11	1.6482	-0.1884	0.4285	2.8418	0.8671	1.2529	0.7128	-0.5875	-0.2482	0.5985	-0.3595	0.0751	1.0652	-0.2901	-0.3533	0.2005	-0.0807	-0.169	-0.0534	0.0574	0.0098	7.4994	-25.2787	3.6909
12	3.6338	1.1498	1.1961	3.2545	2.8027	7.0625	0.1913	0.2187	-0.7651	0.0102	0.0719	-0.1353	0.822	-0.0926	-0.2632	0.1879	-0.0532	-0.1793	-0.0902	0.0268	0.109	2.9733	-32.224	-9.0907
13	28.9802	-8.1801	-6.4585	9.3094	2.3266	15.2791	-0.021	1.3867	-0.4489	-0.3337	-0.2044	0.1593	0.9058	-0.3391	0.2254	0.1597	-0.078	-0.1093	0.0716	0.0298	0.0452	-0.7621	-24.1751	-16.0097
14	2.215	0.2231	0.8787	1.6708	1.9198	2.3832	0.5006	-0.4407	-0.4744	0.5837	-0.1219	0.1565	0.8075	-0.4158	-0.3786	0.2342	-0.1834	-0.1283	-0.0115	0.0802	-0.0231	-1.8673	-30.176	-2.5554
15	7.4756	-7.2353	-3.413	13.633	2.6076	9.6195	0.2075	-0.7762	-1.0556	0.8189	0.3894	0.0635	1.5263	0.0577	-0.5968	0.3068	-0.2748	-0.2624	-0.1029	0.1631	0.0433	-1.9529	-36.1388	1.2816
16	3.8597	-5.8557	2.313	13.5516	-4.5968	1.6395	0.5263	-0.6711	-0.0271	1.0681	-0.109	0.6112	-0.0408	-0.8693	-0.4173	0.0568	-0.1606	0.0442	0.2044	0.0142	-0.0619	-6.986	-18.4331	2.5434
17	14.0194	6.6928	0.5778	10.4409	-4.6187	3.33	0.0552	-0.1556	0.5542	0.488	0.0182	0.3365	-0.1288	-0.6572	-0.0734	0.006	-0.0442	0.0118	0.1162	0.0185	-0.031	-6.8078	-17.3037	-4.3581
18	1.1385	0.8885	1.4605	4.7595	-1.7303	3.8997	0.5289	-0.4723	-0.3559	0.3668	0.0106	0.5677	0.7695	-1.0494	-0.5395	0.1096	-0.2543	-0.013	0.1527	0.0784	-0.0105	-10.0336	-28.5177	0.5611
19	6.1249	-1.7067	3.3257	7.3558	0.5456	6.9028	0.7375	-0.614	-0.5638	0.0094	-0.1648	0.7543	0.5926	-0.8481	-0.5728	0.1199	-0.2286	-0.1875	-0.0361	0.1034	0.109	-8.8069	-33.8536	-7.9715
20	16.0323	1.0525	12.875	22.7602	-2.2856	22.8647	0.1082	-0.2069	0.8279	0.2932	-0.1164	0.2992	0.2567	-1.6994	0.0083	0.0727	-0.1911	-0.1038	0.0094	0.0714	-0.057	-10.9331	-26.7777	-14.012

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	524 - 528	1 - 5
2	2	529 - 545	6 - 22
3	3	546 - 558	23 - 35
4	4	559 - 567	36 - 44
5	5	568 - 573	45 - 50
6	6	574 - 594	51 - 71
7	7	595 - 602	72 - 79
8	8	603 - 610	80 - 87
9	9	611 - 618	88 - 95
10	10	619 - 625	96 - 102
11	11	626 - 634	103 - 111
12	12	635 - 645	112 - 122
13	13	646 - 651	123 - 128
14	14	652 - 659	129 - 136
15	15	660 - 671	137 - 148
16	16	672 - 679	149 - 156
17	17	680 - 685	157 - 162
18	18	686 - 693	163 - 170
19	19	694 - 705	171 - 182
20	20	706 - 711	183 - 188

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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