PDB-2pnk: CRYSTAL STRUCTURE OF AN URONATE ISOMERASE (BH0493) FROM BACILLUS ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pnk

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AN URONATE ISOMERASE (BH0493) FROM BACILLUS HALODURANS C-125 AT 2.00 A RESOLUTION

要素

BH0493 protein

キーワード

ISOMERASE / URONATE ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換,

多波長異常分散 / MAD/molecular replacement / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein (NP_241359.1) from Bacillus halodurans at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.7	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

Remark 300

BIOMOLECULE: 1,2,3,4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2pnk.ent.gz	923.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1j5sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qee-3 2qee-2 2q08-3 2q08-4 3pqf-d 2qee-4 4q3n-1 4m1q-1 2q6e-d 3hka-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367095

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BH0493 protein

B: BH0493 protein

C: BH0493 protein

D: BH0493 protein

E: BH0493 protein

F: BH0493 protein

G: BH0493 protein

H: BH0493 protein

I: BH0493 protein

J: BH0493 protein

K: BH0493 protein

L: BH0493 protein

ヘテロ分子

615 kDa, 12 ポリマー
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1

A: BH0493 protein

B: BH0493 protein

C: BH0493 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
153 kDa, 3 ポリマー
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2

D: BH0493 protein

E: BH0493 protein

F: BH0493 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
153 kDa, 3 ポリマー
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3

G: BH0493 protein

H: BH0493 protein

I: BH0493 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
154 kDa, 3 ポリマー
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4

J: BH0493 protein

K: BH0493 protein

L: BH0493 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
154 kDa, 3 ポリマー
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5

A: BH0493 protein

B: BH0493 protein

C: BH0493 protein

J: BH0493 protein

K: BH0493 protein

L: BH0493 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
308 kDa, 6 ポリマー
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6

D: BH0493 protein

E: BH0493 protein

F: BH0493 protein

G: BH0493 protein

H: BH0493 protein

I: BH0493 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
307 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	273.720, 158.560, 181.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	5	A	A	0 - 7	1 - 8
2	1	MSE	MSE	GLU	GLU	5	B	B	1 - 7	2 - 8
3	1	MSE	MSE	GLU	GLU	5	C	C	1 - 7	2 - 8
4	1	GLY	GLY	GLU	GLU	5	D	D	0 - 7	1 - 8
5	1	ILE	ILE	GLU	GLU	5	E	E	3 - 7	4 - 8
6	1	SER	SER	GLU	GLU	5	F	F	2 - 7	3 - 8
7	1	MSE	MSE	GLU	GLU	5	G	G	1 - 7	2 - 8
8	1	MSE	MSE	GLU	GLU	5	H	H	1 - 7	2 - 8
9	1	ASN	ASN	GLU	GLU	5	I	I	4 - 7	5 - 8
10	1	MSE	MSE	GLU	GLU	5	J	J	1 - 7	2 - 8
11	1	GLY	GLY	GLU	GLU	5	K	K	0 - 7	1 - 8
12	1	SER	SER	GLU	GLU	5	L	L	2 - 7	3 - 8
13	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	A	A	8 - 413	9 - 414
14	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	B	B	8 - 413	9 - 414
15	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	C	C	8 - 413	9 - 414
16	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	D	D	8 - 413	9 - 414
17	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	E	E	8 - 413	9 - 414
18	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	F	F	8 - 413	9 - 414
19	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	G	G	8 - 413	9 - 414
20	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	H	H	8 - 413	9 - 414
21	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	I	I	8 - 413	9 - 414
22	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	J	J	8 - 413	9 - 414
23	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	K	K	8 - 413	9 - 414
24	2	VAL	VAL	GLY	GLY	3	L	L	8 - 413	9 - 414

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	BH0493 protein 分子量: 50861.109 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) 生物種: Bacillus halodurans / 株: C-125, DSM 18197, FERM 7344, JCM 9153 / 遺伝子: NP_241359.1, BH0493 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9KFI6

#1: タンパク質

BH0493 protein

分子量: 50861.109 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
生物種: Bacillus halodurans / 株: C-125, DSM 18197, FERM 7344, JCM 9153 / 遺伝子: NP_241359.1, BH0493 / プラスミド: speedET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9KFI6

-
非ポリマー , 9種, 3797分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.5 % 解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED USING COMBINATION OF MOLECULAR REPLACEMENT (1J5S) AND MULTIPLE-WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION METHODS. INITIAL HEAVY ATOM SITES WERE OBTAINED USING DIFFERENCE ...解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED USING COMBINATION OF MOLECULAR REPLACEMENT (1J5S) AND MULTIPLE-WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION METHODS. INITIAL HEAVY ATOM SITES WERE OBTAINED USING DIFFERENCE FOURIER WITH MR AND DENSITY MODIFICATION PHASES.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.33 詳細: NANODROP, 7.5% PEG 8000, 36.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.33, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED USING COMBINATION OF MOLECULAR REPLACEMENT (1J5S) AND MULTIPLE-WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION METHODS. INITIAL HEAVY ATOM SITES WERE OBTAINED USING DIFFERENCE ...

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.33
詳細: NANODROP, 7.5% PEG 8000, 36.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.33, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97935

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月24日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97935	1

反射

解像度: 2→48.564 Å / Num. obs: 437594 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.83 % / B_iso Wilson estimate: 25.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.33

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	% possible all
2-2.11	2.58	0.442	2.39	128810	45786	72.2
2.11-2.21		0.363	3.2	139921	46347	95.9
2.21-2.32		0.285	4	131958	43702	97.7
2.32-2.47		0.217	5.1	144583	48626	97.9
2.47-2.66		0.159	6.7	139088	47263	97.9
2.66-2.93		0.109	9.1	141169	48535	98
2.93-3.35		0.064	13.4	138564	48045	98.2
3.35-4.21		0.041	18.6	138835		98.2
4.21-48.56		0.035	21.7	137437	48519	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: MAD/molecular replacement

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換,

多波長異常分散
開始モデル: PDB entry 1J5S

1j5s

解像度: 2→48.564 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 5.732 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.117
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	5300	1.2 %	THIN SHELLS
R_work	0.148	-	-	-
all	0.149	-	-	-
obs	0.149	437582	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	-0.89 Å²
2-	-	1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41334	0	327	3732	45393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	42999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	29575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.943	58291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	71668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.215	5	5149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.084	23.915	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.025	15	7583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.81	15	341
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	6257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	47529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	9020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	9442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	32105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	20536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	21755
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.091	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.101	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.301	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.33	3	25409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.495	3	10148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.382	5	41224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.786	8	18425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.513	11	17007

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2356	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
2	B	2356	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.15
3	C	2356	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
4	D	2356	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.15
5	E	2356	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
6	F	2356	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.15
7	G	2356	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.15
8	H	2356	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.15
9	I	2356	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.15
10	J	2356	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.15
11	K	2356	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.15
12	L	2356	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.15
1	A	23	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.6
2	B	23	MEDIUM POSITIONAL	0.71	0.6
3	C	23	MEDIUM POSITIONAL	0.92	0.6
4	D	23	MEDIUM POSITIONAL	0.6	0.6
5	E	23	MEDIUM POSITIONAL	0.73	0.6
6	F	23	MEDIUM POSITIONAL	0.9	0.6
7	G	23	MEDIUM POSITIONAL	0.71	0.6
8	H	23	MEDIUM POSITIONAL	0.72	0.6
9	I	23	MEDIUM POSITIONAL	1.07	0.6
10	J	23	MEDIUM POSITIONAL	0.74	0.6
11	K	23	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.6
12	L	23	MEDIUM POSITIONAL	1.04	0.6
1	A	3054	LOOSE POSITIONAL	0.34	3
2	B	3054	LOOSE POSITIONAL	0.36	3
3	C	3054	LOOSE POSITIONAL	0.33	3
4	D	3054	LOOSE POSITIONAL	0.35	3
5	E	3054	LOOSE POSITIONAL	0.35	3
6	F	3054	LOOSE POSITIONAL	0.4	3
7	G	3054	LOOSE POSITIONAL	0.38	3
8	H	3054	LOOSE POSITIONAL	0.33	3
9	I	3054	LOOSE POSITIONAL	0.38	3
10	J	3054	LOOSE POSITIONAL	0.39	3
11	K	3054	LOOSE POSITIONAL	0.34	3
12	L	3054	LOOSE POSITIONAL	0.35	3
1	A	2356	TIGHT THERMAL	0.49	1
2	B	2356	TIGHT THERMAL	0.42	1
3	C	2356	TIGHT THERMAL	0.43	1
4	D	2356	TIGHT THERMAL	0.39	1
5	E	2356	TIGHT THERMAL	0.36	1
6	F	2356	TIGHT THERMAL	0.38	1
7	G	2356	TIGHT THERMAL	0.54	1
8	H	2356	TIGHT THERMAL	0.54	1
9	I	2356	TIGHT THERMAL	0.48	1
10	J	2356	TIGHT THERMAL	0.54	1
11	K	2356	TIGHT THERMAL	0.54	1
12	L	2356	TIGHT THERMAL	0.63	1
1	A	23	MEDIUM THERMAL	6.61	5
2	B	23	MEDIUM THERMAL	12.42	5
3	C	23	MEDIUM THERMAL	7.34	5
4	D	23	MEDIUM THERMAL	6.01	5
5	E	23	MEDIUM THERMAL	9.36	5
6	F	23	MEDIUM THERMAL	6.93	5
7	G	23	MEDIUM THERMAL	4.36	5
8	H	23	MEDIUM THERMAL	4.02	5
9	I	23	MEDIUM THERMAL	10.18	5
10	J	23	MEDIUM THERMAL	6	5
11	K	23	MEDIUM THERMAL	6.21	5
12	L	23	MEDIUM THERMAL	13.04	5
1	A	3054	LOOSE THERMAL	2.48	10
2	B	3054	LOOSE THERMAL	2.49	10
3	C	3054	LOOSE THERMAL	2.32	10
4	D	3054	LOOSE THERMAL	2.48	10
5	E	3054	LOOSE THERMAL	2.42	10
6	F	3054	LOOSE THERMAL	2.43	10
7	G	3054	LOOSE THERMAL	2.41	10
8	H	3054	LOOSE THERMAL	2.43	10
9	I	3054	LOOSE THERMAL	2.49	10
10	J	3054	LOOSE THERMAL	2.6	10
11	K	3054	LOOSE THERMAL	2.52	10
12	L	3054	LOOSE THERMAL	2.76	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.228	22694	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0798	0.0513	-0.1163	0.1222	-0.0133	1.3987	-0.0198	-0.0322	-0.0451	-0.0525	-0.0415	-0.0326	0.2134	0.1724	0.0613	-0.013	0.0239	0.0223	-0.0804	0.0033	-0.0418	51.163	-22.225	70.114
2	0.3372	0.0557	-0.0752	0.5471	-0.3763	1.2272	0.0172	-0.0031	0.0319	0.0361	0.0385	0.1134	-0.2916	-0.4038	-0.0557	0.0284	0.0838	0.0061	0.0528	-0.0259	-0.0397	22.23	4.572	73.048
3	0.3436	-0.1451	0.0309	0.7168	-0.1129	1.1764	0.0193	-0.0099	0.0853	-0.0302	-0.0976	-0.1077	-0.5978	0.3907	0.0783	0.2161	-0.2181	-0.0147	0.0218	0.0263	-0.0215	59.82	15.874	76.275
4	0.6803	0.0477	0.0457	0.3007	-0.001	1.6261	0.0237	0.2067	-0.2656	-0.1726	-0.0733	-0.0076	0.4075	0.3055	0.0496	0.1089	0.0911	0.0352	0.016	-0.0684	0.1815	53.112	-21.545	-52.738
5	1.1801	0.2214	0.0687	0.6665	-0.1523	1.31	-0.0032	0.0869	-0.0372	-0.078	-0.0006	0.1535	-0.2326	-0.4736	0.0038	0.0114	0.0536	-0.0177	0.1509	-0.0227	0.0606	23.456	3.995	-47.9
6	0.6785	0.0507	0.0833	0.543	-0.2444	1.4547	0.0032	0.0919	0.0736	-0.0388	-0.0838	-0.0405	-0.5207	0.4337	0.0807	0.1631	-0.1891	0.0133	0.071	0.0522	0.0205	60.503	16.441	-46.471
7	0.2701	-0.1231	-0.1809	0.3687	0.0241	1.047	0.0119	0.023	0.0388	0.0297	-0.0127	-0.0276	-0.2764	-0.1575	0.0008	-0.0603	0.0421	0.004	-0.1353	0.0074	-0.0254	38.198	8.463	9.917
8	0.3504	0.0668	0.0339	0.4183	-0.2489	1.1211	-0.0389	0.0288	-0.04	-0.0773	-0.0326	-0.0177	0.3904	-0.0268	0.0715	-0.0069	-0.0301	0.0543	-0.1778	-0.0134	-0.0134	46.239	-29.913	5.817
9	0.743	-0.1994	-0.1216	0.672	-0.0686	0.9072	-0.0425	-0.0284	0.0342	0.0577	-0.0827	-0.1632	-0.0573	0.433	0.1252	-0.1507	-0.0417	0.0034	0.0857	0.0802	0.057	75.905	-3.856	7.277
10	0.2194	0.0179	0.0577	0.2475	0.0998	0.9975	-0.014	0.0048	0.0525	-0.0571	-0.0428	0.0368	-0.2824	-0.2665	0.0568	-0.0631	0.0835	-0.0232	-0.0754	-0.0183	-0.0556	33.69	9.404	131.41
11	0.3755	0.1855	0.004	0.279	-0.0375	0.7428	0.0038	-0.0101	-0.0425	0.004	-0.03	-0.0416	0.247	-0.1079	0.0262	-0.0513	-0.0581	0.0061	-0.1228	-0.0162	-0.0652	41.752	-29.331	128.22
12	0.4713	0.0285	0.1739	0.2811	0.278	0.9162	-0.0018	0.1024	-0.0269	-0.0391	0.0098	-0.0569	-0.0868	0.2441	-0.0081	-0.1392	-0.0375	0.0133	-0.0363	0.0149	-0.0504	71.111	-2.927	131.231

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 423	1 - 424
2	2	B	B	1 - 423	2 - 424
3	3	C	C	1 - 420	2 - 421
4	4	D	D	0 - 413	1 - 414
5	5	E	E	3 - 420	4 - 421
6	6	F	F	2 - 414	3 - 415
7	7	G	G	1 - 423	2 - 424
8	8	H	H	1 - 421	2 - 422
9	9	I	I	4 - 423	5 - 424
10	10	J	J	1 - 420	2 - 421
11	11	K	K	0 - 423	1 - 424
12	12	L	L	2 - 423	3 - 424

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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