PDB-2pn5: Crystal Structure of TEP1r

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pn5

タイトル

Crystal Structure of TEP1r

要素

Thioester-containing protein I

キーワード

IMMUNE SYSTEM / full-length mature peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of opsonization / positive regulation of phagocytosis, engulfment / endopeptidase inhibitor activity / immune system process / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.698 Å

データ登録者

Baxter, R.H.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for conserved complement factor-like function in the antimalarial protein TEP1
著者: Baxter, R.H.G. / Chang, C.I. / Chelliah, Y. / Blandin, S. / Levashina, E.A. / Deisenhofer, J.

履歴

登録	2007年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pn5.cif.gz	276.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pn5.ent.gz	217.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pn5_validation.pdf.gz	791.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pn5_full_validation.pdf.gz	830.8 KB	表示
XML形式データ	2pn5_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	2pn5_validation.cif.gz	70.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/2pn5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ayx-1 6087 4d94-d 20528 3zdq-1 4r89-d 5koy-1 3g61-2 7nsc-d 6gjq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioester-containing protein I

ヘテロ分子

152 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.515, 150.515, 226.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質

Thioester-containing protein I / TEP1r

分子量: 150532.516 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-1338 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
解説: Expression in BAC-TO-BAC system by INVITROGEN / 遺伝子: TEP-I / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): High-Five(TM) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GYW4

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.1 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2 M NaH2/K2H PO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole pH 8.0, 50 mM NaK tartrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日
詳細: SAGITALLY FOCUSING. 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
8.4	1	4.8	251521	0.171	1.15	3.65	29799	99.8
8	2	5.5	180036	0.143	1.16	4	22511	98.2
7.9	3	6.6	178917	0.11	1.11	4	22718	100
5.8	4	7.2	182332	0.13	1.27	3.6	31388	98.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
9.88	50	98.9	1	0.039	1.312	8
7.85	9.88	99.6	1	0.048	1.067	8.7
6.86	7.85	99.7	1	0.094	1.127	8.8
6.24	6.86	99.9	1	0.146	1.163	8.9
5.79	6.24	100	1	0.176	1.15	8.8
5.45	5.79	100	1	0.182	1.234	8.5
5.18	5.45	100	1	0.178	1.173	8.5
4.95	5.18	100	1	0.177	1.153	8.6
4.76	4.95	100	1	0.183	1.152	8.8
4.6	4.76	99.9	1	0.217	1.154	8.8
4.45	4.6	100	1	0.235	1.137	8.8
4.33	4.45	100	1	0.285	1.198	8.9
4.21	4.33	100	1	0.325	1.146	8.9
4.11	4.21	100	1	0.402	1.121	8.9
4.02	4.11	100	1	0.471	1.083	8.8
3.93	4.02	100	1	0.593	1.107	8.6
3.85	3.93	100	1	0.659	1.132	8.3
3.78	3.85	99.9	1	0.705	1.087	7.9
3.71	3.78	99.5	1	0.737	1.1	7.1
3.65	3.71	98.1	1	0.709	1.111	6.2
10.82	50	95.5	2	0.047	2.14	7.4
8.6	10.82	96.9	2	0.042	1.167	8
7.52	8.6	97.5	2	0.064	1.102	8.1
6.84	7.52	97.5	2	0.102	1.027	8.2
6.35	6.84	98.1	2	0.141	1.061	8.2
5.97	6.35	97.8	2	0.174	1.104	8.1
5.67	5.97	97.9	2	0.191	1.17	7.8
5.43	5.67	98.5	2	0.185	1.154	7.6
5.22	5.43	98.1	2	0.185	1.071	7.8
5.04	5.22	98.5	2	0.185	1.12	7.9
4.88	5.04	98.6	2	0.184	1.108	8
4.74	4.88	98.8	2	0.203	1.108	8
4.62	4.74	98.3	2	0.243	1.134	8.1
4.5	4.62	98.7	2	0.237	1.171	8.1
4.4	4.5	98.9	2	0.3	1.109	8.1
4.31	4.4	98.9	2	0.315	1.107	8.1
4.22	4.31	98.9	2	0.362	1.062	8.2
4.14	4.22	98.9	2	0.427	1.061	8.1
4.07	4.14	98.9	2	0.476	1.109	8.1
4	4.07	98.9	2	0.578	1.093	8.1
10.82	50	99.8	3	0.036	2.021	7.1
8.6	10.82	100	3	0.034	1.29	7.7
7.52	8.6	100	3	0.051	1.116	7.6
6.84	7.52	100	3	0.077	1.016	7.4
6.35	6.84	100	3	0.106	1.007	7.7
5.97	6.35	100	3	0.135	1.068	7.8
5.67	5.97	100	3	0.152	1.164	7.9
5.43	5.67	100	3	0.16	1.064	7.9
5.22	5.43	100	3	0.172	1.077	7.9
5.04	5.22	100	3	0.161	1.045	8
4.88	5.04	100	3	0.172	0.994	8
4.74	4.88	100	3	0.193	0.98	8
4.62	4.74	100	3	0.225	0.967	8
4.5	4.62	100	3	0.235	0.978	8.1
4.4	4.5	100	3	0.278	0.995	8.1
4.31	4.4	100	3	0.306	0.94	8.1
4.22	4.31	100	3	0.358	0.992	8.1
4.14	4.22	100	3	0.455	1.055	8.1
4.07	4.14	100	3	0.523	1.303	8.1
4	4.07	100	3	0.636	1.036	8.1
9.75	50	94.9	4	0.043	2.066	5.7
7.75	9.75	97.2	4	0.051	1.558	5.8
6.77	7.75	97.8	4	0.082	1.38	5.8
6.15	6.77	98	4	0.108	1.324	5.9
5.71	6.15	98.3	4	0.122	1.361	6
5.38	5.71	98.5	4	0.116	1.315	6
5.11	5.38	98.9	4	0.108	1.268	6
4.89	5.11	98.7	4	0.108	1.306	6
4.7	4.89	98.8	4	0.118	1.27	6
4.54	4.7	98.9	4	0.122	1.26	6
4.39	4.54	99.1	4	0.143	1.192	6
4.27	4.39	99.1	4	0.163	1.193	6
4.16	4.27	99.3	4	0.184	1.193	6
4.05	4.16	99.2	4	0.22	1.163	6
3.96	4.05	99.4	4	0.259	1.113	6
3.88	3.96	99.4	4	0.298	1.11	5.9
3.8	3.88	99.4	4	0.292	1.081	5.7
3.73	3.8	99.6	4	0.326	0.987	5.4
3.66	3.73	99.7	4	0.339	1.017	5.1
3.6	3.66	99.6	4	0.345	1	4.8

反射

解像度: 2.698→50 Å / Num. all: 72031 / Num. obs: 71959 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 69.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 1.172 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度: 2.698→2.75 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3537 / Χ²: 1.033 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing set

D res high: 2.698 Å / D res low: 45.866 Å

Phasing dm

FOM : 0.58 / FOM acentric: 0.57 / FOM centric: 0.61 / 反射: 71858 / Reflection acentric: 64521 / Reflection centric: 7337

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.7-45.866	0.94	0.94	0.91	3346	2493	853
4.8-7.7	0.87	0.87	0.84	9758	8356	1402
3.9-4.8	0.83	0.84	0.78	12071	10772	1299
3.4-3.9	0.7	0.71	0.62	12076	10965	1111
2.9-3.4	0.42	0.43	0.39	21409	19691	1718
2.7-2.9	0.16	0.16	0.16	13198	12244	954

Phasing MIR

解像度: 4→125.99 Å / FOM: 0.383 / FOM acentric: 0.36 / FOM centric: 0.518 / 反射: 22771 / Reflection acentric: 19434 / Reflection centric: 3337

Phasing MIR der

Der set-ID: 1 / 解像度: 4→126 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	0.9	0.86	122.6	188	0.78	0.54	19302	3071
2	0.91	0.89	191.5	301.8	0.67	0.44	19194	3324
3	0.98	0.97	253.6	357.9	0.4	0.26	19342	3086

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
26.18	125.99	1	0.91	0.88	513.6	661.5	0.33	0.27	39	49
14.61	26.18	1	0.79	0.78	251.3	303.2	0.79	0.59	274	151
10.13	14.61	1	0.8	0.74	178.2	254.6	0.99	0.62	723	240
7.75	10.13	1	0.81	0.77	141.6	204.3	1.08	0.65	1409	342
6.28	7.75	1	0.81	0.81	98.9	147.2	1.3	0.85	2296	421
5.28	6.28	1	0.87	0.92	104	152.4	1.02	0.61	3433	532
4.55	5.28	1	0.95	0.93	125.5	168.9	0.65	0.46	4784	618
4	4.55	1	0.97	0.97	120.7	168	0.51	0.33	6344	718
26.18	125.99	2	0.93	0.92	1364.1	1500	0.16	0.13	38	50
14.61	26.18	2	0.85	0.82	455.5	532.8	0.53	0.43	274	169
10.13	14.61	2	0.86	0.86	309.5	418.6	0.7	0.45	729	265
7.75	10.13	2	0.85	0.83	231.4	327.8	0.84	0.52	1418	375
6.28	7.75	2	0.85	0.84	165.5	230.6	1.01	0.71	2311	459
5.28	6.28	2	0.89	0.91	159.3	225.9	0.87	0.56	3450	579
4.55	5.28	2	0.95	0.94	190.3	272.4	0.59	0.38	4782	669
4	4.55	2	0.96	0.95	178.2	244.5	0.49	0.32	6192	758
26.18	125.99	3	0.99	0.98	1275.3	1392.8	0.1	0.09	39	46
14.61	26.18	3	0.99	0.98	329.9	401.4	0.37	0.27	273	148
10.13	14.61	3	0.98	0.99	330.9	411.1	0.36	0.28	720	238
7.75	10.13	3	0.98	0.96	331	417.3	0.35	0.24	1408	340
6.28	7.75	3	0.97	0.94	221.8	309.8	0.49	0.32	2299	420
5.28	6.28	3	0.98	0.98	222	292	0.47	0.32	3436	544
4.55	5.28	3	0.98	0.97	264.2	358	0.37	0.24	4789	626
4	4.55	3	0.98	0.98	238.7	315.4	0.38	0.26	6378	724

Phasing MIR der site

ID	Der-ID	B_iso (Å)	Atom type symbol	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	1	79.732	HG	0.166	0.728	0.011	0.687
2	1	76.144	HG	0.065	0.188	0.028	0.622
3	1	92.05	HG	0.192	0.107	0.072	0.606
4	2	66.936	HG	0.166	0.729	0.015	0.862
5	2	77.731	HG	0.065	0.187	0.026	0.928
6	2	69.305	HG	0.193	0.106	0.072	0.703
7	2	81.421	HG	0.289	0.447	0.045	0.53
8	2	40.236	HG	0.428	0.468	0.12	0.238
9	3	17.647	XE	0.167	0.055	0.109	0.783
10	3	6.899	XE	0.115	0.625	0.021	0.479

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
26.18-125.99	0.574	0.546	0.596	90	39	51
14.61-26.18	0.581	0.578	0.584	443	274	169
10.13-14.61	0.608	0.612	0.597	994	729	265
7.75-10.13	0.595	0.591	0.612	1793	1418	375
6.28-7.75	0.544	0.522	0.653	2774	2315	459
5.28-6.28	0.433	0.412	0.554	4036	3457	579
4.55-5.28	0.317	0.297	0.46	5478	4809	669
4-4.55	0.245	0.23	0.368	7163	6393	770

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.698→45.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 22.325 / SU ML: 0.225 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	3631	5.1 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
all	-	71859	-	-
obs	-	71859	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.085 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.698→45.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10270	0	73	140	10483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	10629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.188	1.969	14408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.962	5	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.85	24.688	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.161	15	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.75	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	7188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.503	1.5	6431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.958	2	10463
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.217	3	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.159	4.5	3945

LS精密化シェル

解像度: 2.698→2.768 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	241	-
R_work	0.352	4919	-
obs	-	5160	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9999	-1.042	-1.4872	0.9613	0.1329	1.9637	-0.0223	0.3909	-0.358	-0.1145	0.1041	0.0826	0.3056	-0.2903	-0.0818	-0.0004	-0.2217	0.0454	0.0125	0.0201	-0.14	67.082	73.872	143.35
2	0.4548	-0.1233	-0.2821	0.6881	0.0084	0.573	0.1249	-0.1089	0.0017	0.0423	0.0798	-0.0895	-0.041	0.0788	-0.2047	-0.0642	-0.0632	-0.0031	0.0029	-0.0282	-0.1005	102.644	96.222	135.654
3	2.5109	-0.9429	0.0853	2.2876	0.7697	2.9166	-0.1177	-0.318	-0.0305	0.3622	0.1599	-0.0885	0.3416	0.203	-0.0422	0.076	0.0331	0.0065	-0.0938	-0.0197	-0.1951	114.714	55.551	111.635

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 200	1 - 200
2	1	400 - 660	400 - 660
3	2	201 - 399	201 - 399
4	2	661 - 771	661 - 771
5	2	1164 - 1318	1164 - 1318
6	3	772 - 1163	772 - 1163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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