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- PDB-2pls: Structural Genomics, the crystal structure of the CorC/HlyC trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pls
タイトルStructural Genomics, the crystal structure of the CorC/HlyC transporter associated domain of a CBS domain protein from Chlorobium tepidum TLS
要素CBS domain protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC86064.2 / CorC/HlyC transporter associated domain / CBS domain protein / Chlorobium tepidum TLS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 ...: / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FORMIC ACID / CBS domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Tan, K. / Volkart, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the CorC/HlyC transporter associated domain of a CBS domain protein from Chlorobium tepidum TLS.
著者: Tan, K. / Volkart, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 CHAINS. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. THE ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain protein
B: CBS domain protein
C: CBS domain protein
D: CBS domain protein
E: CBS domain protein
F: CBS domain protein
G: CBS domain protein
H: CBS domain protein
I: CBS domain protein
J: CBS domain protein
K: CBS domain protein
L: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,82841
ポリマ－119,36312
非ポリマー1,46529
水10,070559
1
A: CBS domain protein
B: CBS domain protein
C: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,36412
ポリマ－29,8413
非ポリマー5249
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: CBS domain protein
E: CBS domain protein
F: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,31511
ポリマ－29,8413
非ポリマー4748
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: CBS domain protein
H: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9675
ポリマ－19,8942
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: CBS domain protein
J: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1839
ポリマ－19,8942
非ポリマー2897
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
K: CBS domain protein
ヘテロ分子

K: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0124
ポリマ－19,8942
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
6
L: CBS domain protein
ヘテロ分子

L: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9864
ポリマ－19,8942
非ポリマー922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.243, 108.493, 106.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11K-927-

HOH

21K-942-

HOH

詳細Experimentally unknown. However, the Chains, A,B and C possibly form a trimer. The Chains, D,E and F possiblly form a similar trimer. The Chains, G and H possiblly form a dimer. The Chains, I and J possiblly form a similar dimer. The Chain K possiblly forms a similar dimer with its symmetry-related molecule by an operator of (-x+1,-y,z). The Chain L possiblly forms a similar dimer with its symmetry-related molecule by an operator of (-x+1,-y,z).

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
CBS domain protein


分子量: 9946.923 Da / 分子数: 12 / 断片: CorC/HlyC transporter associated domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
生物種: Chlorobaculum tepidum / 株: TLS, DSM 12025 / 遺伝子: CT0541 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KEZ1

-
非ポリマー , 5種, 588分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl, 0.1M Tris-HCl, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921, 0.97938
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月21日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979381
反射解像度: 2.15→48.51 Å / Num. all: 68297 / Num. obs: 68297 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6599 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.966 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23203 3453 5.1 %RANDOM
Rwork0.17582 ---
all0.1787 64784 --
obs0.1787 64784 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8218 0 92 559 8869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.97311507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.31151035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25824.418378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.09151573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0941563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.23797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0510.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9771.55326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45728260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30933784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5384.53237
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 212 -
Rwork0.209 4571 -
obs-4783 94.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.65921.18480.14646.4195-2.73495.51030.1385-0.19980.35951.0867-0.6001-0.4647-0.9150.37950.4616-0.0785-0.1846-0.1682-0.16280.04510.041684.85340.56358.119
24.52460.74990.43364.1745-1.07843.4767-0.0344-0.67480.02510.5891-0.133-0.1904-0.169-0.02340.1674-0.1825-0.014-0.08290.02110.0921-0.133778.64219.55768.417
33.73040.2519-0.0643.3666-1.31241.8109-0.05150.10440.3531-0.04660.09410.1994-0.0203-0.0644-0.0426-0.1944-0.0238-0.0295-0.12190.0488-0.060267.33827.29948.439
42.27440.614-0.03311.6262-0.46642.88270.0271-0.27660.12560.0299-0.0748-0.1051-0.10110.18880.0477-0.1202-0.03860.068-0.1321-0.0011-0.088183.48929.97120.076
53.19250.675-0.59023.48570.46813.1412-0.1053-0.021-0.2971-0.3599-0.0005-0.51120.03310.34290.1058-0.0819-0.02890.1887-0.14490.0642-0.010996.5723.555100.49
61.44360.1569-0.95432.9352-0.14413.2277-0.03480.0392-0.0802-0.0707-0.03830.05580.3491-0.23480.0731-0.0504-0.08340.0713-0.1328-0.0099-0.139975.82611.817105.768
71.6133-0.8566-1.27986.69760.03572.91510.0514-0.00480.06140.4336-0.1041-0.1784-0.08670.30970.0526-0.1220.01230.0668-0.16810.0385-0.096292.871-4.61593.305
85.5212-1.61493.03875.3957-3.39497.55820.32560.9663-0.2237-0.4815-0.561-0.21790.64741.1320.2354-0.25410.1651-0.00030.13160.0287-0.175695.7022.04769.651
93.4053-0.1449-0.20275.7767-0.08675.33320.06240.0617-0.13560.0333-0.0130.8836-0.1225-0.3686-0.0494-0.2277-0.02480.0415-0.1939-0.01420.043799.29641.29483.527
102.896-1.2387-0.19492.6303-0.45734.4051-0.0985-0.0863-0.00750.4010.0537-0.04-0.30460.27410.0448-0.10650.02780.0166-0.15680.0672-0.1293123.39541.03977.95
116.36910.6585-0.86754.6806-1.42943.36870.1193-0.30270.04610.3215-0.1368-0.0234-0.07820.19390.0176-0.22710.01960.051-0.13910.0703-0.110750.58212.33862.958
128.82710.73050.28764.44171.02023.77690.06470.09160.7683-0.4336-0.09660.2838-0.2408-0.30330.0319-0.092-0.04670.0009-0.12180.0115-0.203657.50412.36389.657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA343 - 4281 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2BB343 - 4281 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3CC343 - 4281 - 86
4X-RAY DIFFRACTION4DD343 - 4271 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5EE343 - 4271 - 85
6X-RAY DIFFRACTION6FF343 - 4271 - 85
7X-RAY DIFFRACTION7GG343 - 4271 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8HH344 - 4282 - 86
9X-RAY DIFFRACTION9II343 - 4281 - 86
10X-RAY DIFFRACTION10JJ343 - 4281 - 86
11X-RAY DIFFRACTION11KK343 - 4281 - 86
12X-RAY DIFFRACTION12LL343 - 4281 - 86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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