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- PDB-2pkd: Crystal structure of CD84: Insite into SLAM family function -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pkd
タイトルCrystal structure of CD84: Insite into SLAM family function
要素SLAM family member 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / SLAM / signaling lymphocyte activation molecule / IgV / immunoglobulin variable / IgC / immunoglobulin constant
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of mast cell degranulation / regulation of store-operated calcium entry / negative regulation of mast cell activation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / T cell activation / Cell surface interactions at the vascular wall / defense response / autophagy ...negative regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of mast cell degranulation / regulation of store-operated calcium entry / negative regulation of mast cell activation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / T cell activation / Cell surface interactions at the vascular wall / defense response / autophagy / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SLAM family member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.043 Å
データ登録者Yan, Q. / Malashkevich, V.N. / Fedorov, A. / Cao, E. / Lary, J.W. / Cole, J.L. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structure of CD84 provides insight into SLAM family function.
著者: Yan, Q. / Malashkevich, V.N. / Fedorov, A. / Fedorov, E. / Cao, E. / Lary, J.W. / Cole, J.L. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SLAM family member 5
B: SLAM family member 5
C: SLAM family member 5
D: SLAM family member 5
E: SLAM family member 5
F: SLAM family member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0148
ポリマ－75,9436
非ポリマー712
水7,080393
1
A: SLAM family member 5
B: SLAM family member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3142
ポリマ－25,3142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: SLAM family member 5
E: SLAM family member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3854
ポリマ－25,3142
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: SLAM family member 5
F: SLAM family member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3142
ポリマ－25,3142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.013, 170.982, 148.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-556-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
SLAM family member 5 / Signaling lymphocytic activation molecule 5 / Leukocyte differentiation antigen CD84 / CD84 antigen ...Signaling lymphocytic activation molecule 5 / Leukocyte differentiation antigen CD84 / CD84 antigen / Cell surface antigen MAX.3 / Hly9-beta


分子量: 12657.157 Da / 分子数: 6 / 断片: CD84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD84, SLAMF5 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UIB8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.3 M MgCl2, 0.1 M, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A10.961, 0.9797, 0.9794
シンクロトロンNSLS X29A21.1
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2005年9月26日X9A
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年9月26日X29A
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1X9AMADMx-ray1
2X29ASINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9611
20.97971
30.97941
41.11
Reflection

D res low: 40 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
8.91122897830.0721.072.363244099.7
8.92142868940.0631.132.363236499.5
7.7311.62612920.0621.052.3233974100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.084099.910.0481.7898.8
4.035.0810010.051.119.2
3.524.0310010.0621.0459.3
3.23.5210010.0771.0419.3
2.973.210010.1041.0339.3
2.82.9710010.1420.9389.2
2.662.810010.1950.9489
2.542.6610010.2560.9388.7
2.442.5410010.3410.8978.5
2.362.4496.710.3630.8797.9
5.084099.720.0461.9218.7
4.035.0810020.0451.2899.1
3.524.0310020.0541.1899.2
3.23.5210020.0651.0729.2
2.973.210020.0851.0739.2
2.82.9710020.1140.9639.1
2.662.810020.1490.9458.9
2.542.6610020.190.9388.7
2.442.5499.920.2470.9038.5
2.362.4495.320.2660.887.9
54099.930.0331.5027.5
3.97510030.0341.0527.8
3.473.9710030.0481.0047.9
3.153.4710030.0670.9927.9
2.923.1510030.1070.9857.9
2.752.9210030.1640.9577.9
2.612.7510030.2381.0047.8
2.52.6110030.3310.9947.6
2.42.510030.4321.0187.5
2.322.410030.4581.0047.1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 39739 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 2.127 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.98-2.051.30.4068100.52415.1
2.05-2.131.60.27818880.61735.2
2.13-2.2320.26431070.67357.5
2.23-2.352.50.25339670.86573.3
2.35-2.492.90.21945810.96885.1
2.49-2.693.30.18550291.05292.8
2.69-2.963.60.13651751.31995.4
2.96-3.393.60.09852642.18495.9
3.39-4.263.60.08254643.95999.2
4.26-503.60.05856743.599.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.09位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.043→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.841 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1999 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.201 39654 79.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.043→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5243 0 2 393 5638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0225366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9381.9477344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8215649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46623.712264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.9115855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5921542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.22280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.23523
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.561.53346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6825371
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.41232329
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.374.51973
LS精密化 シェル解像度: 2.043→2.096 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 50 -
Rwork0.241 862 -
obs-912 25.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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