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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pk2 | ||||||
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タイトル | Cyclin box structure of the P-TEFb subunit Cyclin T1 derived from a fusion complex with EIAV Tat | ||||||
要素 | Cyclin-T1, Protein Tat | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / CYCLIN T1 / TAT / TAR / TWINNING / TRANSCRIPTION REGULATION P-TEFb | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation by host of viral transcription / RNA polymerase binding ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation by host of viral transcription / RNA polymerase binding / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA-binding transcription regulator activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / molecular condensate scaffold activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / cell division / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å | ||||||
データ登録者 | Anand, K. / Schulte, A. / Fujinaga, K. / Scheffzek, K. / Geyer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Cyclin Box Structure of the P-TEFb Subunit Cyclin T1 Derived from a Fusion Complex with EIAV Tat. 著者: Anand, K. / Schulte, A. / Fujinaga, K. / Scheffzek, K. / Geyer, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER, GENERATED FROM TWO DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT BY TWIN OPERATIONS:1/3 2/3 2/3, -1/3 1/3 -2/3, -4/3 -2/3 1/3, 4. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE Authors state the nucleotide sequence is GenBank entry AF048730 (human Cyclin T1), which ...SEQUENCE Authors state the nucleotide sequence is GenBank entry AF048730 (human Cyclin T1), which refers to the GenPept entry AAC39664. Residue 77 is Gln in UNP entry O60563, but is Arg in AF048730. Authors state the electron density map accommodates Arg side chain very well. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pk2.cif.gz | 214.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pk2.ent.gz | 171.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pk2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pk2_validation.pdf.gz | 476.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pk2_full_validation.pdf.gz | 584.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pk2_validation.xml.gz | 48.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pk2_validation.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/2pk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/2pk2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer, generated from two dimers in the asymmetric unit by twin operations:1/3 2/3 2/3, -1/3 1/3 -2/3, -4/3 -2/3 1/3, 4 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40341.637 Da / 分子数: 4 断片: fusion protein of Cyclin T1 residues 1-281 and Protein EIAV Tat residues 19-75 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス) 属: Homo, Lentivirus / 生物種: , / 株: , / プラスミド: pGEX-4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60563, UniProt: P32544 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.9M Ammonium Sulfate, 5% Polyethylene Glycol 400 and 50 mM MES pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9737 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(311) silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9737 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 55259 / Num. obs: 54763 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.67 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→50 Å / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The data is tetartohedral twinning with twinning operators: (h/3 2k/3 2l/3),(-h/3 k/3 -2l/3),(-4h/3 -2k/3 l/3) and corresponding twinned fractions: 0.187, 0.257, 0.178, 0.377.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.67→50 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.67→2.7 Å |