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万見
- PDB-2pk2: Cyclin box structure of the P-TEFb subunit Cyclin T1 derived from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pk2
タイトルCyclin box structure of the P-TEFb subunit Cyclin T1 derived from a fusion complex with EIAV Tat
要素Cyclin-T1, Protein Tat
キーワードCELL CYCLE / CYCLIN T1 / TAT / TAR / TWINNING / TRANSCRIPTION REGULATION P-TEFb
機能・相同性
機能・相同性情報


P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / host-mediated activation of viral transcription / RNA polymerase binding / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / 7SK snRNA binding / positive regulation of viral transcription / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host cell nucleolus / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / host-mediated activation of viral transcription / RNA polymerase binding / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA-binding transcription regulator activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / molecular condensate scaffold activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / cell division / chromatin binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / : / Transactivating regulatory protein (Tat) / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like ...Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / : / Transactivating regulatory protein (Tat) / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-T1 / Protein Tat
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Anand, K. / Schulte, A. / Fujinaga, K. / Scheffzek, K. / Geyer, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Cyclin Box Structure of the P-TEFb Subunit Cyclin T1 Derived from a Fusion Complex with EIAV Tat.
著者: Anand, K. / Schulte, A. / Fujinaga, K. / Scheffzek, K. / Geyer, M.
履歴
登録2007年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A TETRAMER, GENERATED FROM TWO DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT BY TWIN OPERATIONS:1/3 2/3 2/3, -1/3 1/3 -2/3, -4/3 -2/3 1/3, 4. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).
Remark 999SEQUENCE Authors state the nucleotide sequence is GenBank entry AF048730 (human Cyclin T1), which ...SEQUENCE Authors state the nucleotide sequence is GenBank entry AF048730 (human Cyclin T1), which refers to the GenPept entry AAC39664. Residue 77 is Gln in UNP entry O60563, but is Arg in AF048730. Authors state the electron density map accommodates Arg side chain very well.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-T1, Protein Tat
B: Cyclin-T1, Protein Tat
C: Cyclin-T1, Protein Tat
D: Cyclin-T1, Protein Tat


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3674
ポリマ－161,3674
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)203.830, 203.830, 124.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a tetramer, generated from two dimers in the asymmetric unit by twin operations:1/3 2/3 2/3, -1/3 1/3 -2/3, -4/3 -2/3 1/3, 4

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要素

#1: タンパク質
Cyclin-T1, Protein Tat / CycT1 / Cyclin-T / Transactivating regulatory protein / eQUINE Tat / E-Tat


分子量: 40341.637 Da / 分子数: 4
断片: fusion protein of Cyclin T1 residues 1-281 and Protein EIAV Tat residues 19-75
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Equine infectious anemia virus (ウマ伝染性貧血ウイルス)
属: Homo, Lentivirus / 生物種: , / 株: , / プラスミド: pGEX-4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60563, UniProt: P32544
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.9M Ammonium Sulfate, 5% Polyethylene Glycol 400 and 50 mM MES pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9737 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(311) silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 55259 / Num. obs: 54763 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル最高解像度: 2.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→50 Å / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The data is tetartohedral twinning with twinning operators: (h/3 2k/3 2l/3),(-h/3 k/3 -2l/3),(-4h/3 -2k/3 l/3) and corresponding twinned fractions: 0.187, 0.257, 0.178, 0.377.
Rfactor反射数
Rfree0.306 1547
Rwork0.274 -
all0.274 55259
obs0.272 54763
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8317 0 0 79 8396
LS精密化 シェル解像度: 2.67→2.7 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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