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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pjs | ||||||
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Title | Crystal structure of Atu1953, protein of unknown function | ||||||
![]() | Uncharacterized protein Atu1953 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Agrobacterium tumefaciens / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily protein Atu1953, protein of unknown function Authors: Chang, C. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 54.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 43.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 406.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 406.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13063.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Species: Agrobacterium tumefaciens / Strain: C58 / Gene: Atu1953, AGR_C_3564 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1M Na acetate, 50mM Cd sulfate, 0.21M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2006 | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. all: 16889 / Num. obs: 16839 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 39.27 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.87 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 6.64 / Num. unique all: 444 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.527 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→27.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.896 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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