PDB-2pjq: Crystal structure of Q88U62_LACPL from Lactobacillus plantarum. N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pjq

タイトル

Crystal structure of Q88U62_LACPL from Lactobacillus plantarum. Northeast Structural Genomics target LpR71

要素

Uncharacterized protein lp_2664

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / LpR71 / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Benach, J. / Su, M. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owens, L. / Baran, M. / Acton, T.B. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Q88U62_LACPL from Lactobacillus plantarum.
著者: Benach, J. / Su, M. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owens, L. / Baran, M. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.

履歴

登録	2007年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2, 3 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pjq.cif.gz	170.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pjq.ent.gz	140.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pjq_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pjq_full_validation.pdf.gz	509.6 KB	表示
XML形式データ	2pjq_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	2pjq_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/2pjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/2pjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kbb-1 7by4-d 6hox-d 6ckl-2 3rmx-1 1vzv-1 6euf-3 3n7j-d 6euf-4 3g5b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: LpR71

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: LpR71

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein lp_2664

B: Uncharacterized protein lp_2664

C: Uncharacterized protein lp_2664

D: Uncharacterized protein lp_2664

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Uncharacterized protein lp_2664

C: Uncharacterized protein lp_2664

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Uncharacterized protein lp_2664

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Uncharacterized protein lp_2664

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.928, 167.442, 63.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Static light scattering data shows a dimer, however there are two types of dimers in the AU.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein lp_2664 分子量: 26236.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア) 生物種: Lactobacillus plantarum / 株: WCFS1, NCIMB 8826 / 遺伝子: lp_2664 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q88U62, UniProt: F9URF4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized protein lp_2664

分子量: 26236.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactobacillus plantarum WCFS1 (バクテリア)
生物種: Lactobacillus plantarum / 株: WCFS1, NCIMB 8826 / 遺伝子: lp_2664 / プラスミド: pET21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q88U62, UniProt: F9URF4*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.49 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4 詳細: 0.1M KNO3, 0.1M Na3 citrate pH 4.0, 40% PEG1000, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.97950, 0.97900, 0.95000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月3日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.979	1
3	0.95	1

Reflection

D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
3.9	1	9.6	156816	0.131	1.36	40558	99.7
3.9	2	8.7	158209	0.147	1.62	41034	99.6
3.7	3	10.1	149250	0.13	1.75	40592	99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.03	50	99.8	1	0.072	1.343	4
4.79	6.03	99.8	1	0.098	1.255	4.1
4.18	4.79	100	1	0.096	1.275	4.1
3.8	4.18	100	1	0.114	1.439	4
3.53	3.8	99.7	1	0.135	1.494	3.8
3.32	3.53	99.9	1	0.165	1.369	3.8
3.15	3.32	99.8	1	0.21	1.342	3.8
3.02	3.15	99.7	1	0.263	1.388	3.7
2.9	3.02	99.1	1	0.322	1.379	3.7
2.8	2.9	98.9	1	0.415	1.339	3.6
6.03	50	99.9	2	0.074	1.328	4
4.79	6.03	100	2	0.095	1.384	4.1
4.18	4.79	100	2	0.106	1.404	4.1
3.8	4.18	99.8	2	0.128	1.483	3.9
3.53	3.8	99.5	2	0.152	1.445	3.8
3.32	3.53	99.5	2	0.197	1.528	3.8
3.15	3.32	99.7	2	0.247	1.67	3.8
3.02	3.15	99.2	2	0.318	1.76	3.7
2.9	3.02	99.3	2	0.394	1.786	3.7
2.8	2.9	98.9	2	0.522	1.916	3.7
6.03	50	99.4	3	0.072	1.219	3.9
4.79	6.03	99.9	3	0.098	1.429	4
4.18	4.79	100	3	0.097	1.428	4
3.8	4.18	99.8	3	0.119	1.984	3.7
3.53	3.8	99.3	3	0.134	1.746	3.6
3.32	3.53	99.2	3	0.173	1.835	3.6
3.15	3.32	99.4	3	0.218	1.912	3.5
3.02	3.15	99.2	3	0.274	1.943	3.5
2.9	3.02	99.1	3	0.33	2.007	3.5
2.8	2.9	98.6	3	0.423	1.969	3.4

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 41034 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.147 / Χ²: 1.62 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.8-2.9	3.7	0.522	4097	1.916	98.9
2.9-3.02	3.7	0.394	4094	1.786	99.3
3.02-3.15	3.7	0.318	4051	1.76	99.2
3.15-3.32	3.8	0.247	4118	1.67	99.7
3.32-3.53	3.8	0.197	4120	1.528	99.5
3.53-3.8	3.8	0.152	4090	1.445	99.5
3.8-4.18	3.9	0.128	4097	1.483	99.8
4.18-4.79	4.1	0.106	4102	1.404	100
4.79-6.03	4.1	0.095	4129	1.384	100
6.03-50	4	0.074	4136	1.328	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.88 Å / D res low: 9.97 Å / FOM : 0.485 / 反射: 16438

Phasing dm

FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.62 / 反射: 19570 / Reflection acentric: 17010 / Reflection centric: 2560

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8-47.821	0.92	0.94	0.87	1017	697	320
5-8	0.81	0.83	0.68	2870	2352	518
4-5	0.82	0.84	0.68	3480	3010	470
3.5-4	0.78	0.79	0.69	3316	2943	373
3-3.5	0.61	0.62	0.49	5675	5097	578
2.8-3	0.43	0.45	0.3	3212	2911	301

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / FOM work R set: 0.794 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	3465	8.5 %
R_work	0.236	-	-
obs	0.236	35367	87.1 %

溶媒の処理

B_sol: 10 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.079 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.693 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.503 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.811 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6563	0	0	12	6575

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012792
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.61261

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.8-2.82	0.238	43	0.211	476	519
2.82-2.84	0.357	64	0.266	526	590
2.84-2.86	0.357	71	0.276	495	566
2.86-2.88	0.409	69	0.307	513	582
2.88-2.9	0.438	60	0.278	551	611
2.9-2.92	0.287	69	0.269	575	644
2.92-2.94	0.367	51	0.271	527	578
2.94-2.97	0.464	61	0.272	573	634
2.97-2.99	0.374	54	0.251	580	634
2.99-3.02	0.312	77	0.247	564	641
3.02-3.04	0.305	69	0.271	587	656
3.04-3.07	0.349	61	0.236	589	650
3.07-3.09	0.217	71	0.207	579	650
3.09-3.12	0.3	62	0.235	615	677
3.12-3.15	0.384	61	0.279	600	661
3.15-3.18	0.287	77	0.241	684	761
3.18-3.21	0.247	74	0.208	587	661
3.21-3.25	0.325	62	0.254	592	654
3.25-3.28	0.318	70	0.237	639	709
3.28-3.32	0.32	86	0.258	630	716
3.32-3.36	0.336	70	0.256	648	718
3.36-3.39	0.263	69	0.235	608	677
3.39-3.44	0.31	77	0.236	629	706
3.44-3.48	0.242	66	0.192	645	711
3.48-3.52	0.316	70	0.25	649	719
3.52-3.57	0.388	53	0.24	627	680
3.57-3.62	0.342	49	0.225	667	716
3.62-3.68	0.276	85	0.249	705	790
3.68-3.73	0.369	63	0.242	660	723
3.73-3.79	0.252	83	0.227	682	765
3.79-3.86	0.292	69	0.205	632	701
3.86-3.93	0.292	61	0.234	699	760
3.93-4	0.302	73	0.229	658	731
4-4.09	0.307	72	0.205	646	718
4.09-4.17	0.279	74	0.206	708	782
4.17-4.27	0.209	88	0.18	689	777
4.27-4.38	0.333	76	0.203	680	756
4.38-4.49	0.272	86	0.22	689	775
4.49-4.62	0.279	71	0.188	701	772
4.62-4.77	0.283	61	0.2	702	763
4.77-4.94	0.374	66	0.203	713	779
4.94-5.13	0.269	80	0.209	692	772
5.13-5.36	0.336	83	0.239	700	783
5.36-5.64	0.408	68	0.285	706	774
5.64-5.98	0.459	51	0.279	712	763
5.98-6.43	0.302	83	0.29	687	770
6.43-7.05	0.346	79	0.262	699	778
7.05-8.02	0.265	79	0.228	735	814
8.02-9.89	0.272	81	0.232	706	787
9.89-20	0.298	67	0.283	746	813

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)