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- PDB-2pjh: Strctural Model of the p97 N domain- npl4 UBD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pjh
タイトルStrctural Model of the p97 N domain- npl4 UBD complex
要素
  • Nuclear protein localization protein 4 homolog
  • Transitional endoplasmic reticulum ATPase
キーワードTRANSPORT PROTEIN / p97 / Ufd1 / npl4 / AAA / Atpase / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


UFD1-NPL4 complex / negative regulation of RIG-I signaling pathway / RHOH GTPase cycle / HSF1 activation / Translesion Synthesis by POLH / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Protein methylation / Ovarian tumor domain proteases / Hedgehog ligand biogenesis ...UFD1-NPL4 complex / negative regulation of RIG-I signaling pathway / RHOH GTPase cycle / HSF1 activation / Translesion Synthesis by POLH / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Protein methylation / Ovarian tumor domain proteases / Hedgehog ligand biogenesis / ABC-family proteins mediated transport / Neddylation / flavin adenine dinucleotide catabolic process / VCP-NSFL1C complex / KEAP1-NFE2L2 pathway / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / BAT3 complex binding / cellular response to arsenite ion / protein-DNA covalent cross-linking repair / cytoplasm protein quality control / Derlin-1 retrotranslocation complex / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / positive regulation of oxidative phosphorylation / : / aggresome assembly / deubiquitinase activator activity / regulation of protein localization to chromatin / ubiquitin-modified protein reader activity / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / cellular response to misfolded protein / negative regulation of protein localization to chromatin / vesicle-fusing ATPase / positive regulation of mitochondrial membrane potential / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / retrograde protein transport, ER to cytosol / negative regulation of type I interferon production / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / stress granule disassembly / regulation of synapse organization / ATPase complex / ubiquitin-specific protease binding / Golgi organization / MHC class I protein binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / polyubiquitin modification-dependent protein binding / autophagosome maturation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of hippo signaling / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / proteasomal protein catabolic process / ATP metabolic process / ERAD pathway / lipid droplet / Neutrophil degranulation / proteasome complex / viral genome replication / ubiquitin binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / macroautophagy / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ADP binding / autophagy / cytoplasmic stress granule / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of double-strand break / double-strand break repair / myelin sheath / cellular response to heat / ATPase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ciliary basal body / protein domain specific binding / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / lipid binding / synapse / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore localisation protein Npl4, ubiquitin-like domain / Nuclear pore localisation protein NPL4 / NPL4, zinc-binding putative / NPL4 family, putative zinc binding region / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Zinc finger domain ...Nuclear pore localisation protein Npl4, ubiquitin-like domain / Nuclear pore localisation protein NPL4 / NPL4, zinc-binding putative / NPL4 family, putative zinc binding region / Nuclear pore localisation protein NPL4, C-terminal / Nuclear protein localization protein 4 / NPL4 family / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Zinc finger domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / AAA ATPase, CDC48 family / Barwin-like endoglucanases / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / : / CDC48 domain 2-like superfamily / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / MPN domain / MPN domain profile. / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear protein localization protein 4 homolog / Transitional endoplasmic reticulum ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / HADDOCK -
データ登録者Isaacson, R. / Pye, V.E. / Simpson, S. / Meyer, H.H. / Zhang, X. / Freemont, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Detailed structural insights into the p97-Npl4-Ufd1 interface.
著者: Isaacson, R.L. / Pye, V.E. / Simpson, P. / Meyer, H.H. / Zhang, X. / Freemont, P.S. / Matthews, S.
履歴
登録2007年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear protein localization protein 4 homolog
B: Transitional endoplasmic reticulum ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8922
ポリマ－30,8922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルlowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nuclear protein localization protein 4 homolog / Protein NPL4


分子量: 8912.345 Da / 分子数: 1 / 断片: N domain (Residues 1-80) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: p97 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 / 参照: UniProt: P60670
#2: タンパク質 Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg2+ / - ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP


分子量: 21979.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UBD (Residues 21-213) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: npl4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01853

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: Data was not available to correct the large RMS deviations in SER B 73

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
115N labelled p97 N domain in complex with npl4 UBDh20/d20
215N labelled npl4 UBD in complex with p97 N domainh20/d20
試料状態イオン強度: 125mM NaCl / pH: 7.5 / 圧: Atomospheric atm / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
HADDOCK1.3Bonvin構造決定
HADDOCK1.3Bonvin精密化
精密化手法: HADDOCK - / ソフトェア番号: 1 / 詳細: chemical shift based docking
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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