PDB-2pij: Structure of the Cro protein from prophage Pfl 6 in Pseudomonas f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pij

タイトル

Structure of the Cro protein from prophage Pfl 6 in Pseudomonas fluorescens Pf-5

要素

Prophage Pfl 6 Cro

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription factor / helix-turn-helix / prophage / structural evolution

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Roessler, C.G. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Transitive homology-guided structural studies lead to discovery of Cro proteins with 40% sequence identity but different folds.
著者: Roessler, C.G. / Hall, B.M. / Anderson, W.J. / Ingram, W.M. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H.

履歴

登録	2007年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pij.cif.gz	64.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pij.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pij	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bd1C C: 同じ文献を引用 (文献)
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光化学系II (Photosystem II)
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クリスタリン (Crystallins)
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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Prophage Pfl 6 Cro

B: Prophage Pfl 6 Cro

ヘテロ分子

15.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.940, 40.940, 123.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Prophage Pfl 6 Cro 分子量: 7409.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf-5 / 遺伝子: Prophage Pfl 6 Cro / プラスミド: pet21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A6STU3, UniProt: J3IU59*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHOR UPDATED THE FOLLOWING SEQUENCE DATABASE ENTRY THAT WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF THE ...AUTHOR UPDATED THE FOLLOWING SEQUENCE DATABASE ENTRY THAT WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF THE ORIGINAL DEPOSITION: REFSEQ YP_001312167.1; GB ABR57178.1; LOCUS TAG: PFL_3262

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: primary precipitating solution: 2.2M ammonium sulfate, 0.1M tris additional chemicals in drop: 2mM dithiothreitol, 0.2mM EDTA, 0.01% sodium azide, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97935,0.97921,0.91165

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月21日
詳細: flat collimating mirror double crystal monochromator toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97935	1
2	0.97921	1
3	0.91165	1

Reflection

R_merge(I) obs: 0.03 / D res low: 34.06 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
2.42	1	12.8	75867	0.88	1.35	29115	57.9
2.42	2	12	76405	0.83	1.35	29206	58.1
2.38	3	11	92520	0.83	1.26	35177	56.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
2.92	34.06	99.1	1	0.02	0.78	2.88	93
2.32	2.92	95.9	1	0.044	0.78	2.8	107
2.02	2.32	95.1	1	0.087	0.88	2.73	291
1.84	2.02	93.2	1	0.181	1.01	2.61	915
1.71	1.84	90.3	1	0.289	1.02	2.34	1857
1.61	1.71	61.4	1	0.364	0.9	1.46	1184
1.53	1.61	29.3	1	0.35	0.73	1.09	522
1.46	1.53	12.3	1	0.411	1.02	1.03	293
2.92	34.06	99.2	2	0.02	0.72	2.89	84
2.32	2.92	96.6	2	0.046	0.74	2.79	116
2.02	2.32	95.6	2	0.092	0.82	2.72	369
1.84	2.02	93.6	2	0.199	0.97	2.58	1049
1.71	1.84	91.1	2	0.311	0.98	2.32	1949
1.61	1.71	60.7	2	0.366	0.83	1.47	1278
1.53	1.61	28.8	2	0.374	0.67	1.09	559
1.46	1.53	12.4	2	0.381	0.99	1.02	301
1.4	1.46	2.5	2	0.215	0.17	1.01	66
2.72	34.06	98.5	3	0.019	0.69	2.87	73
2.16	2.72	94.7	3	0.054	0.7	2.77	176
1.89	2.16	92.4	3	0.133	0.88	2.69	693
1.71	1.89	90.4	3	0.255	0.98	2.49	2010
1.59	1.71	87.5	3	0.368	1.06	2.24	3044
1.5	1.59	59.9	3	0.407	0.69	1.44	1733
1.42	1.5	27.2	3	0.395	0.69	1.09	755
1.36	1.42	12.9	3	0.467	0.96	1.03	348
1.31	1.36	2.8	3	0.404	0.77	1.01	66

反射

解像度: 1.7→34.08 Å / Num. all: 13741 / Num. obs: 13741 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.84 % / B_iso Wilson estimate: 39.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 13.5 / Scaling rejects: 503

反射シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.28 % / R_merge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured all: 5236 / Num. unique all: 1222 / Χ²: 0.83 / % possible all: 90.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 1.77 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.53 / 反射: 12231

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9792	4.78	-5.76
1	3 wavelength	2	0.9793	4.3	-8.12
1	3 wavelength	3	0.9117	2.61	-3.01

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	32.817	0.73	0.074	0.007	0.783
2	Se	38.819	0.506	0.753	0.154	0.795
3	Se	40.345	0.161	0.866	0.094	0.79
4	Se	52.048	0.498	0.313	0.087	0.872

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.38-30	0.87	628
4.03-6.38	0.87	1051
3.15-4.03	0.78	1301
2.67-3.15	0.68	1520
2.36-2.67	0.55	1702
2.13-2.36	0.43	1861
1.96-2.13	0.33	2041
1.83-1.96	0.25	2127

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2SSI	データスケーリング
SOLVE	2.09	位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→34.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.573 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	677	4.9 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
all	0.221	13741	-	-
obs	0.221	13741	98.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.302 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.76 Å²	0.38 Å²	0 Å²
2-	-	0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.291 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	907	0	32	61	1000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	2.017	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.084	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.48	24.211	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.701	15	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.688	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.197	1.5	620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.586	2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.517	3	366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.522	4.5	325

LS精密化シェル

解像度: 1.695→1.739 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	50	-
R_work	0.275	819	-
obs	-	869	88.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.9066	-13.5821	14.163	17.8803	-19.2327	20.7643	-0.3746	0.0261	0.9489	-0.7892	0.2088	-1.3041	-0.1425	-0.2549	0.1658	0.2231	-0.0518	-0.0232	0.4078	-0.0307	0.154	7.3576	26.8831	37.1636
2	13.2737	0.0727	-8.1562	20.3227	17.675	28.1966	-0.1633	-0.2622	-0.0662	0.0498	0.2426	0.1505	-0.1612	0.7258	-0.0793	-0.1033	-0.0084	-0.0168	0.1904	-0.0069	-0.0482	6.7982	21.7914	45.302
3	9.3726	7.245	1.3449	6.855	0.4793	12.933	0.0856	0.2685	0.0384	0.1954	0.2467	-0.4374	-0.7362	0.6953	-0.3323	-0.0229	-0.0051	0.0071	0.2022	-0.0614	0.0855	3.9467	23.1762	48.3324
4	4.7532	0.6105	2.3904	6.1099	-1.8386	8.1761	-0.0408	0.7642	-0.2689	0.0549	0.1725	-0.1138	-0.0394	-0.1484	-0.1317	-0.1169	-0.0231	0.0061	0.2711	-0.0097	-0.0138	-3.9808	16.9471	42.2335
5	16.5673	0.5664	0.055	2.214	-4.039	7.4406	-0.1473	0.1849	-0.4405	0.4881	-0.1451	-0.1384	-0.0714	-0.4815	0.2925	0.0923	-0.0243	-0.0192	0.123	-0.0565	0.1906	-0.7236	10.5206	45.0899
6	28.8005	8.0577	-1.9649	13.9404	-0.0483	0.1556	-0.0632	-0.5675	-1.4692	0.844	-1.0266	-1.2429	0.279	-0.1177	1.0898	0.0863	-0.0612	-0.0162	0.1898	0.1652	0.2933	7.3915	9.3172	45.3338
7	14.5873	-8.8213	2.6744	11.8728	0.9489	11.6354	0.2676	-0.4584	-0.4413	-0.4999	-0.1294	0.0052	0.3751	-0.5615	-0.1382	-0.0968	-0.0381	0.0109	0.2048	-0.0397	0.0342	8.3899	16.4463	38.3768
8	24.095	-13.0466	4.923	20.7329	-2.5137	6.1603	-0.7412	1.1667	1.3343	0.6058	0.1374	0.3117	-1.1787	0.769	0.6038	0.1121	-0.1013	0.0126	0.2056	0.0875	0.0241	-0.7452	28.8822	35.7965
9	18.4751	-13.7457	-2.1925	19.8453	1.0725	1.332	0.1218	0.1934	0.1337	-0.3209	0.282	0.0917	-0.184	0.0532	-0.4039	-0.0156	-0.0332	0.0102	0.1743	0.0728	-0.0242	1.0874	20.8352	35.0573
10	35.3731	-28.1814	-28.2285	33.79	26.7686	45.3598	-0.5634	-1.3423	-0.7284	0.0719	0.93	-0.1551	2.5907	1.5565	-0.3667	0.1516	0.0797	-0.0642	0.0746	0.0294	0.0905	15.6629	10.4009	30.6515
11	12.6156	5.4589	12.0255	8.7995	8.831	17.3913	-0.0959	0.5752	1.0024	-0.0915	-0.4061	0.2079	-1.2719	0.3139	0.5019	0.1633	0.0058	0.0587	0.0542	0.0906	0.0216	16.6456	22.5856	22.4078
12	33.9314	-12.6316	-6.4568	10.9103	-13.715	43.08	0.0461	1.1932	0.7989	0.6031	-0.0056	-0.6018	-0.9875	-0.6959	-0.0405	0.1042	0.0966	0.0282	0.0856	0.0913	0	16.0705	17.9436	14.267
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14	2.011	-1.3111	2.2386	15.2766	6.0445	17.4652	-0.1294	0.0436	0.4076	0.4855	0.2567	-0.9176	0.9304	0.2932	-0.1273	0.0349	0.0614	-0.0165	0.0363	-0.0588	-0.0118	24.4629	10.5523	20.948
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16	21.0896	-11.3942	-13.2774	28.0267	1.9378	9.6125	-0.5469	-0.2219	-0.839	-1.6589	-0.1461	1.5216	0.6392	-1.1315	0.693	0.3303	0.1041	-0.1468	-0.0794	-0.0604	-0.0006	10.9449	6.4254	17.6225
17	12.4803	5.1281	2.9704	9.3312	2.686	11.9168	0.2469	-0.1829	-0.3193	-0.6692	-0.1397	-0.1517	-0.0597	-0.6861	-0.1072	0.0459	0.0917	-0.0341	0.033	-0.0051	-0.0307	11.9388	14.1089	23.152
18	6.9396	2.6453	8.7196	15.8916	-0.6897	15.4734	-0.5122	0.9798	0.1417	-0.3947	0.3818	-1.4598	-1.1929	1.115	0.1303	0.2287	-0.0355	0.0805	0.1722	0.0056	0.2107	25.445	23.2812	25.761
19	40.4566	10.4188	-5.4086	8.943	-1.3573	7.9639	-0.2069	-0.3521	0.1249	-0.639	0.1078	-0.0408	-0.1076	0.4958	0.0992	0.0882	0.0144	0.0148	0.1133	-0.0231	0.0071	19.9279	15.946	27.4603
20	80.5526	8.7094	-29.0257	6.059	0.2414	13.8523	-0.6959	-0.2344	-1.9443	0.1628	-0.082	-0.3709	1.8233	-0.2013	0.7779	0.1087	-0.093	0.007	0.2323	-0.0029	0.0631	3.4196	12.9812	31.4917

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 5	1 - 5
2	2	A	A	6 - 10	6 - 10
3	3	A	A	11 - 16	11 - 16
4	4	A	A	17 - 25	17 - 25
5	5	A	A	26 - 31	26 - 31
6	6	A	A	32 - 37	32 - 37
7	7	A	A	38 - 42	38 - 42
8	8	A	A	43 - 47	43 - 47
9	9	A	A	48 - 54	48 - 54
10	10	A	A	55 - 59	55 - 59
11	11	B	B	1 - 6	1 - 6
12	12	B	B	7 - 11	7 - 11
13	13	B	B	12 - 17	12 - 17
14	14	B	B	18 - 25	18 - 25
15	15	B	B	26 - 31	26 - 31
16	16	B	B	32 - 36	32 - 36
17	17	B	B	37 - 42	37 - 42
18	18	B	B	43 - 48	43 - 48
19	19	B	B	49 - 54	49 - 54
20	20	B	B	55 - 60	55 - 60

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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