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- PDB-2pia: PHTHALATE DIOXYGENASE REDUCTASE: A MODULAR STRUCTURE FOR ELECTRON... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pia
タイトルPHTHALATE DIOXYGENASE REDUCTASE: A MODULAR STRUCTURE FOR ELECTRON TRANSFER FROM PYRIDINE NUCLEOTIDES TO [2FE-2S]
要素PHTHALATE DIOXYGENASE REDUCTASE
キーワードREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...: / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phthalate dioxygenase reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Correll, C.C. / Batie, C.J. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Phthalate dioxygenase reductase: a modular structure for electron transfer from pyridine nucleotides to [2Fe-2S].
著者: Correll, C.C. / Batie, C.J. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Crystallographic Characterization of Phthalate Oxygenase Reductase, an Iron-Sulfur Flavoprotein from Pseudomonas Cepacia
著者: Correll, C.C. / Batie, C.J. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
#2: ジャーナル: Flavins and Flavoproteins / 年: 1991
タイトル: Structure Determination of an Iron-Sulfur Flavoprotein
著者: Correll, C.C. / Ludwig, M.L.
#3: ジャーナル: Chemistry and Biochemistry of Flavoenzymes / 年: 1991
タイトル: Phthalate Dioxygenase Reductase and Related Flavin-Iron-Sulfur Containing Electron Transferases
著者: Batie, C.J. / Ballou, D.P. / Correll, C.C.
履歴
登録1993年2月15日処理サイト: BNL
改定 1.01993年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON THE ALGORITHM OF KABSCH AND SANDER. ...SHEET ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON THE ALGORITHM OF KABSCH AND SANDER. EXCEPTIONS: STRANDS 3 AND 4 OF BETA SHEET 2 IN WHICH THE KABSCH AND SANDER ALGORITHM INDICATED BREAKS. THE CLOSED SHEET (BETA BARREL) IS INDICATED BY HAVING THE FIRST AND LAST STRANDS IDENTICAL -THE FIRST STRAND APPEARS FIRST AND LAST. THE FMN HYDROGEN BONDS BETWEEN STRANDS 3 AND 4 TO CLOSE THE BARREL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHTHALATE DIOXYGENASE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2123
ポリマ－35,5801
非ポリマー6322
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.400, 114.400, 77.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PHTHALATE DIOXYGENASE REDUCTASE


分子量: 35579.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
参照: UniProt: P33164, 酸化還元酵素; 鉄-硫黄タンパク質を電子供与体とする; NADH+またはNADPH+を電子受容体とする
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS DEDUCED FROM THE DNA SEQUENCE DETERMINED BY R. LIU AND G. ZYLSTRA, ABS. ANN. ...THE SEQUENCE IS DEDUCED FROM THE DNA SEQUENCE DETERMINED BY R. LIU AND G. ZYLSTRA, ABS. ANN. MEETING AM. SOC. MICRO. 1992, 262 (1992) AND PRIVATE COMMUNICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Correll, C.C., (1985) J. Biol. Chem., 260, 14633.

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 23943 / % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.062

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.186 -
obs-23710
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2495 0 35 136 2666
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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