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- PDB-2phy: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN, DARK STATE (UNBLEACHED) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2phy
タイトルPHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN, DARK STATE (UNBLEACHED)
要素PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
キーワードPHOTORECEPTOR / LIGHT SENSOR FOR NEGATIVE PHOTOTAXIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Borgstahl, G.E.O. / Getzoff, E.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: 1.4 A structure of photoactive yellow protein, a cytosolic photoreceptor: unusual fold, active site, and chromophore.
著者: Borgstahl, G.E. / Williams, D.R. / Getzoff, E.D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Complete Chemical Structure of Photoactive Yellow Protein: Novel Thioester-Linked 4-Hydroxycinnamyl Chromophore and Photocycle Chemistry
著者: Baca, M. / Borgstahl, G.E.O. / Boissinot, M. / Burke, P.M. / Williams, D.R. / Slater, K.A. / Getzoff, E.D.
履歴
登録1995年4月12日処理サイト: BNL
置き換え1995年10月15日ID: 1PHY
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX HELIX DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER ALGORITHM CHECKED BY HAND ON THE GRAPHICS DISPLAY.
Remark 700SHEET SHEET SHEET_ID: B-1; DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER ALGORITHM CHECKED BY HAND ON THE ...SHEET SHEET SHEET_ID: B-1; DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER ALGORITHM CHECKED BY HAND ON THE GRAPHICS DISPLAY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0532
ポリマ－13,8891
非ポリマー1641
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 66.900, 40.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN / PYP


分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
株: BN9626 / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細COMPND MOLECULE: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN. 4-HYDROXYCINNAMYL CHROMOPHORE COVALENTLY LINKED TO ...COMPND MOLECULE: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN. 4-HYDROXYCINNAMYL CHROMOPHORE COVALENTLY LINKED TO CYSTEINE 69 BY A THIOESTER BOND. TURN KABSCH AND SANDER ALGORITHM CHECKED BY HAND ON THE GRAPHICS DISPLAY.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細4-HYDROXYCINNAMYL CHROMOPHORE, O(C6H4)CH=CH(C=O), IS COVALENTLY LINKED TO CYSTEINE 69 BY A ...4-HYDROXYCINNAMYL CHROMOPHORE, O(C6H4)CH=CH(C=O), IS COVALENTLY LINKED TO CYSTEINE 69 BY A THIOESTER BOND. SPECTROSCOPICALLY, THE CHROMOPHORE APPEARS TO BE NEGATIVELY CHARGED IN THE CONTEXT OF THE FOLDED PROTEIN IN THE DARK STATE. DURING REFINEMENT, CYS 69 AND THE COVALENTLY BOUND CHROMOPHORE WERE TREATED TOGETHER AS ONE RESIDUE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.17 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used as seeds
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.2 M1reservoirNH4SO4
220 mMsodium phosphate1reservoir
315 mg/mlprotein1drop
42.5 M1dropNH4SO4
520 mMsodium phosphate1drop

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データ収集

検出器日付: 1991年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 19756 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.5 Å / Num. unique obs: 3449 / Num. measured obs: 4910 / Rmerge(I) obs: 0.207

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.4→20 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 -10 %
Rwork0.186 --
obs0.186 16794 81.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 13.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1011 0 11 92 1114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.5 Å / Rfactor Rfree: 0.222 / Num. reflection obs: 2030 / Rfactor obs: 0.212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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