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万見
- PDB-2phm: STRUCTURE OF PHENYLALANINE HYDROXYLASE DEPHOSPHORYLATED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2phm
タイトルSTRUCTURE OF PHENYLALANINE HYDROXYLASE DEPHOSPHORYLATED
要素PROTEIN (PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHENYLALANINE HYDROXYLASE / AROMATIC AMINO ACID HYDROXYLASE / PHOSPHORYLATION / INTRASTERIC REGULATION / ALLOSTERIC REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine biosynthetic process, by oxidation of phenylalanine / Phenylalanine metabolism / L-phenylalanine metabolic process / phenylalanine 4-monooxygenase / phenylalanine 4-monooxygenase activity / tyrosine biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / amino acid binding / iron ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-4-hydroxylase, tetrameric form / Eukaryotic phenylalanine-4-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / ACT domain / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal ...Phenylalanine-4-hydroxylase, tetrameric form / Eukaryotic phenylalanine-4-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / ACT domain / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phenylalanine-4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kobe, B. / Jennings, I.G. / House, C.M. / Michell, B.J. / Cotton, R.G. / Kemp, B.E.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural basis of autoregulation of phenylalanine hydroxylase.
著者: Kobe, B. / Jennings, I.G. / House, C.M. / Michell, B.J. / Goodwill, K.E. / Santarsiero, B.D. / Stevens, R.C. / Cotton, R.G. / Kemp, B.E.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Regulation and Crystallization of Phosphorylated and Dephosphorylated Forms of Truncated Dimeric Phenylalanine Hydroxylase
著者: Kobe, B. / Jennings, I.G. / House, C.M. / Feil, S.C. / Michell, B.J. / Tiganis, T. / Parker, M.W. / Cotton, R.G.H. / Kemp, B.E.
履歴
登録1998年11月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3852
ポリマ－49,3301
非ポリマー561
水2,018112
1
A: PROTEIN (PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7714
ポリマ－98,6592
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)56.433, 56.433, 299.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PHENYLALANINE-4-HYDROXYLASE) / PHENYLALANINE 4-MONOOXYGENASE


分子量: 49329.543 Da / 分子数: 1 / 断片: PHEOH-24 (RESIDUES 1-429) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04176, phenylalanine 4-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化pH: 8
詳細: 23-25% PEG 4000 100 MM TRIS-HCL PH 8.0 0-5 MM GLUTATHIONE
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16.85 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoir
40.25 %t-butanol1reservoir
510 mMfree glutathione1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→99 Å / Num. obs: 15307 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95
反射
*PLUS
Num. measured all: 105530
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: 1-H

解像度: 2.6→99 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 997 6.5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs-15312 95.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----1.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.29 Å
Luzzati d res low-99 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3285 0 1 112 3398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.951.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.782.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 114 7.7 %
Rwork0.29 1371 -
obs--94.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2FE.PARWATFE.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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