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- PDB-2phe: Model for VP16 binding to PC4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2phe
タイトルModel for VP16 binding to PC4
要素
  • Alpha trans-inducing protein
  • TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
キーワードTRANSCRIPTION / PC4 / VP16 / cofactor / activator
機能・相同性
機能・相同性情報


replication compartment / negative regulation of DNA metabolic process / regulation of viral transcription / DNA-templated viral transcription / RNA polymerase II promoter clearance / viral tegument / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / core promoter sequence-specific DNA binding ...replication compartment / negative regulation of DNA metabolic process / regulation of viral transcription / DNA-templated viral transcription / RNA polymerase II promoter clearance / viral tegument / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / core promoter sequence-specific DNA binding / molecular function activator activity / single-stranded DNA binding / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / structural constituent of virion / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / Herpes simplex virus, Tegument protein VP16, C-terminal / Alpha trans-inducing (Alpha-TIF) superfamily / Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / Herpes simplex virus virion protein 16 C terminal / Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A ...Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / Herpes simplex virus, Tegument protein VP16, C-terminal / Alpha trans-inducing (Alpha-TIF) superfamily / Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / Herpes simplex virus virion protein 16 C terminal / Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tegument protein VP16 / Activated RNA polymerase II transcriptional coactivator p15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Herpes simplex virus (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / The model was calculated using HADDOCK
データ登録者Jonker, H.R.A. / Wechselberger, R.W. / Boelens, R. / Folkers, G.E. / Kaptein, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural Properties of the Promiscuous VP16 Activation Domain
著者: Jonker, H.R.A. / Wechselberger, R.W. / Boelens, R. / Folkers, G.E. / Kaptein, R.
履歴
登録2007年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
B: TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4
C: Alpha trans-inducing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4743
ポリマ－18,4743
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200Top-ranked ensemble, according to the average interaction energy and buried surface area
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR PC4 / SUB1 homolog / Positive cofactor 4 / P15 / p14


分子量: 7784.024 Da / 分子数: 2 / 断片: c-terminal core domain / 変異: N61A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUB1, PC4, RPO2TC1 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P53999
#2: タンパク質・ペプチド Alpha trans-inducing protein / Vmw65 / ICP25 / VP16 protein / Alpha- TIF


分子量: 2906.115 Da / 分子数: 1 / 断片: part of activation domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Herpes simplex virus (type 1 / strain 17) (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1 / 株: 17 / 遺伝子: UL48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P06492

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQCs
22213C-HN(CA)CB
13113C-HNCO
24215N-NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM VP16ad U-15N or U15N,13C, 0-0.5 mM PC4 or PC4ctd, 50 or 400 mM KCl, 50 mM phosphate buffer pH 5.6, 2 M D6-Glycine, H2OH2O
20.2 mM PC4 or PC4ctd U-15N, 0-0.5 mM VP16ad, 50 or 400 mM KCl, 50 mM phosphate buffer pH 5.6, 2 M D6-Glycine, H2OH2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100-450 mM 5.61 atm298 K
2100-450 mM 5.61 atm305 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7503
Varian INOVAVarianINOVA5004
Varian INOVAVarianINOVA7505

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.xBruker Biospincollection
VNMR1Varian Inc.collection
NMRPipe2.4Delaglio et al.解析
Sparky3.11Goddard et al.データ解析
CNS1.1Brunger et al.構造決定
HADDOCK1.2Dominguez et al.精密化
精密化手法: The model was calculated using HADDOCK / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure represents a docking model. The starting structure for PC4 was taken from the PDB entry 1PCF.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Top-ranked ensemble, according to the average interaction energy and buried surface area
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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