PDB-2phd: Crystal Structure Determination of a Salicylate 1,2-Dioxygenase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2phd

タイトル

Crystal Structure Determination of a Salicylate 1,2-Dioxygenase from Pseudaminobacter salicylatoxidans

要素

Gentisate 1,2-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / beta-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudaminobacter salicylatoxidans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Matera, I. / Ferraroni, M. / Briganti, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Determination of a Salicylate 1,2-Dioxygenase from Pseudaminobacter salicylatoxidans
著者: Ferraroni, M. / Matera, I. / Briganti, F. / Stolz, A. / Burger, S.

履歴

登録	2007年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2phd.cif.gz	279.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2phd.ent.gz	223.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2phd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2phd_validation.pdf.gz	477.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2phd_full_validation.pdf.gz	518.1 KB	表示
XML形式データ	2phd_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	2phd_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/2phd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/2phd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d40S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nkt-1 4fah-1 7nbg-d 3nst-1 4fbf-1 3njz-1 7nbh-d 6slh-d 7nbd-d 4fag-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gentisate 1,2-dioxygenase

B: Gentisate 1,2-dioxygenase

C: Gentisate 1,2-dioxygenase

D: Gentisate 1,2-dioxygenase

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.016, 133.016, 190.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ARG	ARG	2	A	A	46 - 69	46 - 69
2	1	MET	MET	ARG	ARG	2	B	B	46 - 69	46 - 69
3	1	MET	MET	ARG	ARG	2	C	C	46 - 69	46 - 69
4	1	MET	MET	ARG	ARG	2	D	D	46 - 69	46 - 69
5	2	LYS	LYS	GLU	GLU	6	A	A	70 - 82	70 - 82
6	2	LYS	LYS	GLU	GLU	6	B	B	70 - 82	70 - 82
7	2	LYS	LYS	GLU	GLU	6	C	C	70 - 82	70 - 82
8	2	LYS	LYS	GLU	GLU	6	D	D	70 - 82	70 - 82
9	3	ARG	ARG	HIS	HIS	2	A	A	83 - 162	83 - 162
10	3	ARG	ARG	HIS	HIS	2	B	B	83 - 162	83 - 162
11	3	ARG	ARG	HIS	HIS	2	C	C	83 - 162	83 - 162
12	3	ARG	ARG	HIS	HIS	2	D	D	83 - 162	83 - 162
13	4	MET	MET	MET	MET	5	A	A	163	163
14	4	MET	MET	MET	MET	5	B	B	163	163
15	4	MET	MET	MET	MET	5	C	C	163	163
16	4	MET	MET	MET	MET	5	D	D	163	163
17	5	ASN	ASN	PHE	PHE	2	A	A	164 - 191	164 - 191
18	5	ASN	ASN	PHE	PHE	2	B	B	164 - 191	164 - 191
19	5	ASN	ASN	PHE	PHE	2	C	C	164 - 191	164 - 191
20	5	ASN	ASN	PHE	PHE	2	D	D	164 - 191	164 - 191
21	6	GLY	GLY	ARG	ARG	6	A	A	192 - 209	192 - 209
22	6	GLY	GLY	ARG	ARG	6	B	B	192 - 209	192 - 209
23	6	GLY	GLY	ARG	ARG	6	C	C	192 - 209	192 - 209
24	6	GLY	GLY	ARG	ARG	6	D	D	192 - 209	192 - 209
25	7	LEU	LEU	ASN	ASN	2	A	A	210 - 296	210 - 296
26	7	LEU	LEU	ASN	ASN	2	B	B	210 - 296	210 - 296
27	7	LEU	LEU	ASN	ASN	2	C	C	210 - 296	210 - 296
28	7	LEU	LEU	ASN	ASN	2	D	D	210 - 296	210 - 296
29	8	GLU	GLU	SER	SER	5	A	A	297 - 300	297 - 300
30	8	GLU	GLU	SER	SER	5	B	B	297 - 300	297 - 300
31	8	GLU	GLU	SER	SER	5	C	C	297 - 300	297 - 300
32	8	GLU	GLU	SER	SER	5	D	D	297 - 300	297 - 300
33	9	THR	THR	LEU	LEU	2	A	A	301 - 321	301 - 321
34	9	THR	THR	LEU	LEU	2	B	B	301 - 321	301 - 321
35	9	THR	THR	LEU	LEU	2	C	C	301 - 321	301 - 321
36	9	THR	THR	LEU	LEU	2	D	D	301 - 321	301 - 321
37	10	GLU	GLU	GLU	GLU	5	A	A	322	322
38	10	GLU	GLU	GLU	GLU	5	B	B	322	322
39	10	GLU	GLU	GLU	GLU	5	C	C	322	322
40	10	GLU	GLU	GLU	GLU	5	D	D	322	322
41	11	LYS	LYS	LYS	LYS	2	A	A	323 - 363	323 - 363
42	11	LYS	LYS	LYS	LYS	2	B	B	323 - 363	323 - 363
43	11	LYS	LYS	LYS	LYS	2	C	C	323 - 363	323 - 363
44	11	LYS	LYS	LYS	LYS	2	D	D	323 - 363	323 - 363
45	12	ILE	ILE	GLN	GLN	6	A	A	364 - 367	364 - 367
46	12	ILE	ILE	GLN	GLN	6	B	B	364 - 367	364 - 367
47	12	ILE	ILE	GLN	GLN	6	C	C	364 - 367	364 - 367
48	12	ILE	ILE	GLY	GLY	6	D	D	364 - 366	364 - 366

#1: タンパク質	Gentisate 1,2-dioxygenase 分子量: 41144.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudaminobacter salicylatoxidans (バクテリア) 株: BN12 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q67FT0, gentisate 1,2-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 12% w/v EtOH, 4% w/v PEG400, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月28日
放射	モノクロメーター: Si [111], horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→109.109 Å / Num. all: 38103 / Num. obs: 38103 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.154 / R_sym value: 0.154 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.47 / % possible all: 99.6

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	109.11 Å
Translation	3 Å	109.11 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D40

2d40

解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 16.447 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.431 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26239	1894	5 %	RANDOM
R_work	0.19313	-	-	-
obs	0.19656	35989	98.46 %	-
all	-	37883	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10842	0	16	174	11032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	11159
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	1.943	15201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.441	5	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.922	23.256	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.232	15	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.548	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	5551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	7394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.103	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.269	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.267	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.609	1.5	7091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.079	2	11143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.4	3	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.257	4.5	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1124	tight positional	0.06	0.05
2	B	1124	tight positional	0.07	0.05
3	C	1124	tight positional	0.06	0.05
4	D	1124	tight positional	0.06	0.05
1	A	1093	medium positional	0.4	0.5
2	B	1093	medium positional	0.44	0.5
3	C	1093	medium positional	0.39	0.5
4	D	1093	medium positional	0.43	0.5
1	A	207	loose positional	0.92	5
2	B	207	loose positional	1.26	5
3	C	207	loose positional	0.94	5
4	D	207	loose positional	1.55	5
1	A	1124	tight thermal	0.12	0.5
2	B	1124	tight thermal	0.12	0.5
3	C	1124	tight thermal	0.11	0.5
4	D	1124	tight thermal	0.13	0.5
1	A	1093	medium thermal	0.85	2
2	B	1093	medium thermal	0.94	2
3	C	1093	medium thermal	0.8	2
4	D	1093	medium thermal	0.88	2
1	A	207	loose thermal	4.28	10
2	B	207	loose thermal	3.16	10
3	C	207	loose thermal	4.07	10
4	D	207	loose thermal	3.03	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	127	-
R_work	0.288	2611	-
obs	-	-	99.46 %

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