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万見
- PDB-2phb: An Orally Efficacious Factor Xa Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2phb
タイトルAn Orally Efficacious Factor Xa Inhibitor
要素
  • Coagulation factor X, heavy chain
  • Coagulation factor X, light chain
キーワードBLOOD CLOTTING / FXA COAGULATION FACTOR INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-230 / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, E. / Kohrt, J.T. / Bigge, C.F. / Finzel, B.C.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2007
タイトル: The discovery of (2R,4R)-N-(4-chlorophenyl)-N- (2-fluoro-4-(2-oxopyridin-1(2H)-yl)phenyl)-4-methoxypyrrolidine-1,2-dicarboxamide (PD 0348292), an orally efficacious factor Xa inhibitor
著者: Kohrt, J.T. / Bigge, C.F. / Bryant, J.W. / Casimiro-Garcia, A. / Chi, L. / Cody, W.L. / Dahring, T. / Dudley, D.A. / Filipski, K.J. / Haarer, S. / Heemstra, R. / Janiczek, N. / Narasimhan, L. ...著者: Kohrt, J.T. / Bigge, C.F. / Bryant, J.W. / Casimiro-Garcia, A. / Chi, L. / Cody, W.L. / Dahring, T. / Dudley, D.A. / Filipski, K.J. / Haarer, S. / Heemstra, R. / Janiczek, N. / Narasimhan, L. / McClanahan, T. / Peterson, J.T. / Sahasrabudhe, V. / Schaum, R. / Van Huis, C.A. / Welch, K.M. / Zhang, E. / Leadley, R.J. / Edmunds, J.J.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor X, heavy chain
B: Coagulation factor X, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4324
ポリマ－31,9072
非ポリマー5252
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-19.8 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.483, 72.406, 77.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coagulation factor X, heavy chain / E.C.3.4.21.6 / Stuart factor / heavy chain / Stuart- Prower factor / heavy chain / Activated factor Xa heavy chain


分子量: 26447.104 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#2: タンパク質 Coagulation factor X, light chain / E.C.3.4.21.6 / Stuart factor / light chain / Stuart- Prower factor / light chain / Activated factor Xa light chain


分子量: 5460.055 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-230 / (2R,4R)-N~1~-(4-CHLOROPHENYL)-N~2~-[2-FLUORO-4-(2-OXOPYRIDIN-1(2H)-YL)PHENYL]-4-METHOXYPYRROLIDINE-1,2-DICARBOXAMIDE / PD-0348292


分子量: 484.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22ClFN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.604 Å / Num. obs: 15260 / % possible obs: 90.8 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.280.41816350.73599.7
2.28-2.370.34416320.75199.4
2.37-2.480.26816390.80599
2.48-2.610.23416200.85598.3
2.61-2.770.18516170.93296.9
2.77-2.990.14315961.01195.2
2.99-3.290.10315201.14391.6
3.29-3.760.07914431.36185.1
3.76-4.740.06512021.43570.3
4.74-500.05313561.48774.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 -random
Rwork0.26 --
all0.26 11511 -
obs-11511 -
原子変位パラメータBiso mean: 41.604 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 35 50 2314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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