+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ph7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of AF2093 from Archaeoglobus fulgidus | ||||||
要素 | Uncharacterized protein AF_2093 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / AF2093 / Archaeoglobus fulgidus / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / PSI / Protein Structure Initiative | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 af_2093 domain like fold / af_2093 domain like / af2093 domain / Af2093, N-terminal / : / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6834), C-terminal domain / Domain of unknown function (DUF6846) ...af_2093 domain like fold / af_2093 domain like / af2093 domain / Af2093, N-terminal / : / : / : / : / Domain of unknown function (DUF6834), C-terminal domain / Domain of unknown function (DUF6846) / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, J.C. / Yang, H. / Hwang, J. / Zhu, J. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Xu, H. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of AF2093 from Archaeoglobus fulgidus. 著者: Chang, J.C. / Yang, H. / Hwang, J. / Zhu, J. / Chen, L. / Fu, Z.-Q. / Xu, H. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE TARGET SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT PEPCDB WITH ACCESSION CODE GL2-223-001. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ph7.cif.gz | 97.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2ph7.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ph7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ph7_validation.pdf.gz | 431.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2ph7_full_validation.pdf.gz | 437 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ph7_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ph7_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/2ph7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/2ph7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28972.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) 生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: VC-16, DSM 4304, JCM 9628, NBRC 100126 / 遺伝子: AF_2093 / プラスミド: pDest-527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: O28187 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 4.9 詳細: USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/mL) AND SOLUTION CONTAINING 20% PEG 4000, 0.05M SODIUM CHLORIDE, 0.05M LITHIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE ...詳細: USING 1.0 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (12 mg/mL) AND SOLUTION CONTAINING 20% PEG 4000, 0.05M SODIUM CHLORIDE, 0.05M LITHIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE pH 4.9, Modified Microbatch, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日 / 詳細: ROSENBAUM |
放射 | モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→47.4 Å / Num. obs: 28734 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 39.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique all: 2858 / Rsym value: 0.535 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.002 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.574 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.4 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.457 Å / Total num. of bins used: 20
|