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- PDB-2pgo: The crystal structure of FAD and ThDP dependent Cyclohexane-1,2-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pgo
タイトルThe crystal structure of FAD and ThDP dependent Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh) from Azoarcus sp. strain 22Lin
要素Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
キーワードHYDROLASE / Three alpha/beta domains
機能・相同性Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Azoarcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Steinbach, A.K. / Warkentin, E. / Kroneck, P.M.H. / Ermler, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of FAD and ThDP dependent Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh) from Azoarcus sp. strain 22Lin
著者: Steinbach, A.K. / Harder, J. / Warkentin, E. / Kroneck, P.M.H. / Ermler, U.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence The sequence is not available in UniProt database at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
B: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,59813
ポリマ－126,7262
非ポリマー2,87311
水21,8341212
1
A: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
B: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
ヘテロ分子

A: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
B: Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,19726
ポリマ－253,4524
非ポリマー5,74522
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area44770 Å2
ΔGint-380 kcal/mol
Surface area63190 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.600, 123.600, 144.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1200-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclohexane-1,2-dione Hydrolase (Cdh)


分子量: 63362.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azoarcus sp. (バクテリア) / 株: 22Lin

-
非ポリマー , 7種, 1223分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
解説: the structure was solved by combined SAD and MIR. Anomalous data were collected at 1.005 A for a crystal soaked with mercuric acetate (up to 2.5A res.) and at 1.072 A for a K2PtCl6 soaked ...解説: the structure was solved by combined SAD and MIR. Anomalous data were collected at 1.005 A for a crystal soaked with mercuric acetate (up to 2.5A res.) and at 1.072 A for a K2PtCl6 soaked crystal (up to 2.8A res.) both at ESRF ID14-4. Further data were colleted in-house (Cu-Ka) for a 'Pip' and a 'Terpy' heavy atom derivative, respectively, both up to 2.7 A resolution. The deposited coordinates are from high resolution data collected a 0.939A.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 60% MPD, 0.02M sodium acetate, 0.2M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
1,2,3,41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.939
シンクロトロンESRF ID14-421.0052, 1.0093, 1.023
シンクロトロンESRF ID14-431.005
シンクロトロンESRF ID14-441.072
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray4
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9391
21.00521
31.00931
41.0231
51.0051
61.0721
反射解像度: 1.2→40 Å / Num. obs: 259345 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.48 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.2→1.3 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 20256 / % possible all: 14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散
解像度: 1.26→5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.736 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11963 13524 5 %RANDOM
Rwork0.09669 ---
all0.09782 259345 --
obs0.09782 259345 93.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8886 0 183 1212 10281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.1339657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.020.0838864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0142.13513164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4193.07920601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73351204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98723.628430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.543151572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2261573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0210746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021951
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.28632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.24618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.24682
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4020.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3590.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2580.267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9771.57619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2281.52451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35629564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08634386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9074.53588
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.849310940
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.0333255
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.49438586
LS精密化 シェル解像度: 1.26→1.291 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.141 518 -
Rwork0.1 9571 -
obs-9571 49.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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