PDB-2pgc: Crystal structure of a a marine metagenome protein (jcvi_pep_1096...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pgc

タイトル

Crystal structure of a a marine metagenome protein (jcvi_pep_1096685590403) from uncultured marine organism at 2.53 A resolution

要素

uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Metagenomics target / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

uncultured marine organism (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein (JCVI_PEP_1096685590403) from an environmental metagenome (unidentified marine microbe), Sorcerer II Global Ocean Sampling experiment at 2.53 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 5 ...

Remark 999

SEQUENCE 1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pgc.cif.gz	204.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pgc.ent.gz	173.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pgc_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pgc_full_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示
XML形式データ	2pgc_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	2pgc_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2r91-d 2r94-d 1zkp-d 5zug-d 5w4a-d 5c54-1 5w4d-d 5t1x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367457

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

C: uncharacterized protein

D: uncharacterized protein

E: uncharacterized protein

ヘテロ分子

117 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.475, 139.935, 60.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	D
1	3	A
2	3	E
1	4	A
2	4	C
3	4	A
4	4	C
5	4	A
6	4	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	LEU	2	A	A	2 - 206	3 - 207
2	1	1	SER	LEU	2	B	B	2 - 206	3 - 207
1	1	2	SER	LEU	2	A	A	2 - 206	3 - 207
2	1	2	SER	LEU	2	D	D	2 - 206	3 - 207
1	1	3	SER	LEU	2	A	A	2 - 206	3 - 207
2	1	3	SER	LEU	2	E	E	2 - 206	3 - 207
1	1	4	SER	ASP	2	A	A	2 - 15	3 - 16
2	1	4	ILE	ASP	2	C	C	4 - 15	5 - 16
3	2	4	PHE	SER	4	A	A	16 - 28	17 - 29
4	2	4	PHE	SER	4	C	C	16 - 28	17 - 29
5	3	4	TYR	LEU	2	A	A	29 - 206	30 - 207
6	3	4	TYR	LEU	2	C	C	29 - 206	30 - 207

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A PENTAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 23422.406 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured marine organism (環境試料) 遺伝子: SYNTHETIC GENE: The gene product was based on JCVI_PEP_1096685590403 from the Sorcerer II Global Ocean Sampling experiment プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: NANODROP, 0.2M K2SO4, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97949

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月11日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97949	1

反射

解像度: 2.53→29.921 Å / Num. obs: 39917 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 62.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.53-2.6	3.6	0.684	1.1	10276	2884	0.684	99.6
2.6-2.67	3.6	0.55	1.4	10106	2824	0.55	99.9
2.67-2.74	3.6	0.46	1.7	9971	2763	0.46	99.7
2.74-2.83	3.6	0.378	2	9552	2653	0.378	99.8
2.83-2.92	3.6	0.285	2	9468	2623	0.285	99.8
2.92-3.02	3.7	0.224	3.2	9210	2522	0.224	99.7
3.02-3.14	3.7	0.17	2.7	8836	2420	0.17	99.9
3.14-3.27	3.7	0.135	5.6	8715	2366	0.135	99.9
3.27-3.41	3.7	0.11	6.7	8366	2264	0.11	100
3.41-3.58	3.7	0.084	8.3	8069	2181	0.084	100
3.58-3.77	3.7	0.068	10.2	7557	2052	0.068	100
3.77-4	3.7	0.058	11.7	7172	1955	0.058	100
4-4.28	3.7	0.047	14.2	6799	1850	0.047	100
4.28-4.62	3.7	0.045	13.8	6300	1724	0.045	100
4.62-5.06	3.6	0.046	13.2	5868	1609	0.046	100
5.06-5.66	3.6	0.045	14.3	5212	1444	0.045	99.9
5.66-6.53	3.6	0.052	12.2	4655	1297	0.052	99.9
6.53-8	3.5	0.054	11.2	3884	1108	0.054	99.9
8-11.31	3.4	0.039	16	2992	878	0.039	99.8
11.31-29.92	3.1	0.036	15.4	1548	500	0.036	94.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.53→29.921 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 22.221 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.648 / ESU R Free: 0.292
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	2000	5 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
all	0.215	-	-	-
obs	0.215	39877	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.528 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→29.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7857	0	6	131	7994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.961	10844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3	12864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.042	5	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.652	24.399	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.081	15	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.959	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.492	3	5458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.45	3	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.366	5	8135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.023	8	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.075	11	2705

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1210	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	1383	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
1	1210	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
1	1383	MEDIUM THERMAL	0.67	2
2	1208	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	1367	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
2	1208	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
2	1367	MEDIUM THERMAL	0.71	2
3	1208	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
3	1208	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
3	1331	MEDIUM THERMAL	0.83	2
4	1119	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	1406	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
4	1119	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
4	1406	MEDIUM THERMAL	0.71	2

LS精密化シェル

解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	144	-
R_work	0.294	2738	-
obs	-	2882	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3053	-0.6174	-0.5922	0.3329	0.3231	0.8643	-0.0467	-0.0528	-0.2241	0.0568	0.1821	0.1088	0.264	-0.0457	-0.1354	-0.0219	-0.038	-0.0249	-0.1122	0.0242	-0.0382	98.0596	84.4686	19.9095
2	0.936	-0.0879	-0.3903	1.7128	0.6028	1.1166	0.0558	0.1874	-0.1039	-0.2275	0.0387	0.3254	0.141	-0.0741	-0.0945	-0.1392	-0.0457	-0.0397	-0.0374	0.0117	-0.0539	81.4522	103.2434	5.9128
3	1.8201	-0.7239	0.9559	2.3789	-0.9527	1.3953	-0.1103	-0.0109	0.3198	0.387	-0.0734	-0.3506	-0.3102	0.193	0.1837	-0.0107	-0.0876	-0.0142	0.049	0.0122	0.0924	121.1111	125.7036	17.2846
4	0.5768	0.7584	0.4825	3.0919	0.2426	0.9173	-0.1751	0.1547	0.0562	-0.2282	0.1483	0.0353	-0.063	0.0458	0.0268	-0.0421	-0.0307	0.0095	-0.0897	0.0522	-0.1387	95.5594	129.3446	5.155
5	2.1353	1.2589	0.5069	2.8342	-0.024	1.6868	0.0763	0.1194	-0.1591	0.2034	0.0331	-0.4015	-0.0087	0.2728	-0.1094	-0.1306	0.042	-0.0883	-0.0184	-0.0474	-0.0592	123.1842	97.9355	26.9145

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 206	1 - 207
2	2	B	B	2 - 206	3 - 207
3	3	C	C	4 - 206	5 - 207
4	4	D	D	2 - 206	3 - 207
5	5	E	E	2 - 206	3 - 207

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万見 (Yorodumi)