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万見
- PDB-2pfd: Anisotropically refined structure of FTCD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pfd
タイトルAnisotropically refined structure of FTCD
要素Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
キーワードTransferase / Lyase / Protein assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


Histidine catabolism / glutamate formimidoyltransferase / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase / glutamate formimidoyltransferase activity / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase activity / intermediate filament binding / smooth endoplasmic reticulum membrane / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / folic acid binding ...Histidine catabolism / glutamate formimidoyltransferase / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase / glutamate formimidoyltransferase activity / formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase activity / intermediate filament binding / smooth endoplasmic reticulum membrane / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / folic acid binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / cytoskeleton organization / centriole / microtubule binding / Golgi membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Formiminotetrahydrofolate cyclodeaminase monomer, up-and-down helical bundle / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase-cyclodeaminase; Chain B, domain 1 / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain superfamily / Formiminotransferase, N-terminal subdomain superfamily / Formiminotransferase, C-terminal subdomain superfamily ...Formiminotetrahydrofolate cyclodeaminase monomer, up-and-down helical bundle / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase-cyclodeaminase; Chain B, domain 1 / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain / Formiminotransferase, N-terminal subdomain / Formiminotransferase, C-terminal subdomain / Formiminotransferase catalytic domain superfamily / Formiminotransferase, N-terminal subdomain superfamily / Formiminotransferase, C-terminal subdomain superfamily / Formiminotransferase domain / Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain / Formiminotransferase domain / Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain / Cyclodeaminase/cyclohydrolase / Formimidoyltransferase-cyclodeaminase-like superfamily / Formiminotransferase-cyclodeaminase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Poon, B.K. / Chen, X. / Lu, M. / Quiocho, F.A. / Wang, Q. / Ma, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Anisotropically refined structure of FTCD
著者: Poon, B.K. / Chen, X. / Lu, M. / Vyas, N.K. / Quiocho, F.A. / Wang, Q. / Ma, J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of the bifunctional and Golgi-associated formiminotransferase cyclodeaminase octamer.
著者: Mao, Y. / Vyas, N.K. / Vyas, M.N. / Chen, D.H. / Ludtke, S.J. / Chiu, W. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2007年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,6064
ポリマ－237,6064
非ポリマー00
水00
1
A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase

A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase

A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase

A: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
B: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,2128
ポリマ－475,2128
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
2
C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase

C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase

C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase

C: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase
D: Formimidoyltransferase-cyclodeaminase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,2128
ポリマ－475,2128
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.848, 134.848, 156.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 541 / Label seq-ID: 2 - 541

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細The biological assembly is an octamer.

-
要素

#1: タンパク質
Formimidoyltransferase-cyclodeaminase / Formiminotransferase- cyclodeaminase / FTCD / 58 kDa microtubule-binding protein


分子量: 59401.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Rat / 遺伝子: Ftcd / プラスミド: PET-21(B) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O88618, glutamate formimidoyltransferase, formimidoyltetrahydrofolate cyclodeaminase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.89 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1TT9.

-
データ収集

検出器タイプ: SBC-2
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化解像度: 3.42→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.867 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 65.518 / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.615 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1712 4.9 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all0.3 36957 --
obs0.241 34749 94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16524 0 0 0 16524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02216812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.97922800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41152156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.68224.108740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.879152876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.89515136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.22616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3020.29467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.211485
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.26
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4121 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT POSITIONAL / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A0.04
2B0.05
3C0.04
4D0.04
LS精密化 シェル解像度: 3.422→3.5 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 95 -
Rwork0.334 1856 -
obs-1951 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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