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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pes | ||||||
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タイトル | Urate Oxidase in complex with tris-dipicolinate Lutetium | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / URATE OXIDASE TRIS-DIPICOLINATE LUTETIUM 8-AZAXANTHIN X-RAY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Pompidor, G. / Vicat, J. / Kahn, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010 タイトル: A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction. 著者: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pes.cif.gz | 83 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pes.ent.gz | 60.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pes.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pes_validation.pdf.gz | 454.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pes_full_validation.pdf.gz | 457.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pes_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pes_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pes | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33498.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus flavus (カビ) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AZA / | #4: 化合物 | ChemComp-PDC / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | ACCORDING TO AUTHORS THE LIGAND PDC IS IN THE BASIC (DEPROTONAT | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 5% PEG 8000, 0.1 Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979700, 1.341332 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection |
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.518→47.673 Å / Num. obs: 59288 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 4.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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