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万見
- PDB-2pd3: Crystal Structure of the Helicobacter pylori Enoyl-Acyl Carrier P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pd3
タイトルCrystal Structure of the Helicobacter pylori Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase in Complex with Hydroxydiphenyl Ether Compounds, Triclosan and Diclosan
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / antibacterial target / Helicobacter pylori / type II fatty acid biosynthesis / enoyl-ACP-reductase / fabI
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRICLOSAN / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, H.H. / Moon, J.H. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the Helicobacter pylori enoyl-acyl carrier protein reductase in complex with hydroxydiphenyl ether compounds, triclosan and diclosan
著者: Lee, H.H. / Moon, J.H. / Suh, S.W.
履歴
登録2007年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2007年4月17日ID: 1JVF
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,87812
ポリマ－120,0664
非ポリマー3,8128
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25400 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area33080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.353, 94.911, 75.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase / NADH- dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 30016.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: O24990, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.37 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 100mM sodium acetate buffer pH 4.8, 100mM ammonium sulfate, 23%(w/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月23日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 34360 / Num. obs: 34060 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID code 1DFI

1dfi


解像度: 2.5→19.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2750100 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3400 10 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 34060 99 %-
all-34060 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.9872 Å2 / ksol: 0.350651 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å21.72 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----0.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8408 0 244 214 8866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.58
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 548 10 %
Rwork0.299 4939 -
obs--96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4tcl.paramtcl.top
X-RAY DIFFRACTION5nad.paramnad.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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