PDB-2pd0: Protein cgd2_2020 from Cryptosporidium parvum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pd0

タイトル

Protein cgd2_2020 from Cryptosporidium parvum

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

Protein of unknown function DUF3228 / Protein of unknown function (DUF3228) / Protein of unknown function (DUF3228), domain 1 / YaeB-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Hills, T. / Lew, J. / Melone, M. / Zhao, Y. / Artz, J. / Wernimont, A. / Edwards, A. / Sundstrom, M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Protein cgd2_2020 from Cryptosporidium parvum
著者: Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Hills, T. / Lew, J. / Melone, M. / Zhao, Y. / Artz, J. / Wernimont, A. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C. / Hui, R. / Minor, W.

履歴

登録	2007年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pd0.cif.gz	193 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pd0.ent.gz	154.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/2pd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3vkb-d 4qmd-d 4hlc-d 6wct-1 4l51-d 5nrn-d 6cmq-1 3vk5-d 3lv8-1 3n2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

C: Hypothetical protein

D: Hypothetical protein

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein

C: Hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hypothetical protein

D: Hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.527, 68.522, 79.570
Angle α, β, γ (deg.)	69.29, 75.14, 93.73
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	SER	SER	A	A	2 - 120	21 - 139
2	1	LEU	LEU	SER	SER	B	B	2 - 120	21 - 139
3	1	LEU	LEU	SER	SER	C	C	2 - 120	21 - 139
4	1	LEU	LEU	SER	SER	D	D	2 - 120	21 - 139
5	2	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	140 - 201	159 - 220
6	2	ASP	ASP	ILE	ILE	B	B	140 - 201	159 - 220
7	2	ASP	ASP	ILE	ILE	C	C	140 - 201	159 - 220
8	2	ASP	ASP	ILE	ILE	D	D	140 - 201	159 - 220

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 25991.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: XP_626409 / プラスミド: P28A-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Rosetta-R3 / 参照: UniProt: Q5CTR0
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 21% PEG3350, 0.3 M NaBr, 0.1 M MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97953, 0.97967

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月7日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97953	1
2	0.97967	1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 40584 / Num. obs: 40584 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.25

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 4.55 / Num. unique all: 3974 / R_sym value: 0.283 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE	RESOLVE	位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築
CCP4		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 16.522 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.459 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28024	2091	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21968	-	-	-
all	0.22279	38493	-	-
obs	0.22279	38493	98.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.229 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	-0.07 Å²	0.17 Å²
2-	-	-0.39 Å²	0.31 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6639	0	48	428	7115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	7053
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	1.976	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.555	5	857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.027	24.481	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.164	15	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.562	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	4771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.334	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.275	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.702	1.5	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2	6935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.937	3	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.845	4.5	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1311 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.31	0.5
2	B	medium positional	0.33	0.5
3	C	medium positional	0.32	0.5
4	D	medium positional	0.31	0.5
1	A	medium thermal	1.27	2
2	B	medium thermal	0.91	2
3	C	medium thermal	0.82	2
4	D	medium thermal	0.76	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	158	-
R_work	0.239	2846	-
obs	-	-	97.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2367	-0.8574	1.6514	3.1752	-0.844	5.3762	0.2223	0.222	0.1409	-0.1882	-0.099	-0.0906	0.1534	0.0503	-0.1233	-0.0471	0.0317	-0.006	-0.1462	0.001	-0.0612	61.06	93.9433	75.0098
2	1.9678	-0.1378	0.4056	0.6472	-0.3057	1.3738	0.0195	0.0544	0.0085	0.0393	0.0018	-0.0046	-0.142	0.1044	-0.0213	-0.0409	0.0083	-0.0105	-0.1422	0.0004	-0.0384	68.585	83.7579	81.3356
3	2.5479	-1.541	0.3527	2.6375	-0.6027	0.3208	-0.1648	-0.2369	-0.0748	0.1656	0.1178	0.1909	-0.2073	-0.0932	0.047	-0.0285	0.0284	-0.0281	-0.0668	-0.0234	-0.0368	55.7504	89.3072	80.1119
4	2.9686	0.0326	0.3845	0.6347	-0.3135	1.7327	0.0019	-0.0055	0.0843	0.1037	0.0398	0.0132	0.0319	-0.1038	-0.0418	-0.013	0.0184	-0.0258	-0.1227	0.011	-0.0753	64.2833	75.0316	88.2662
5	2.6225	0.1791	-0.0565	1.2366	0.151	0.8064	0.1102	0.0269	-0.1644	0.0956	-0.0209	0.02	0.0765	0.0782	-0.0893	-0.0718	-0.0185	0.0285	-0.1235	0.0005	-0.0541	56.5388	45.1442	77.7929
6	0.8823	0.0673	-0.6408	0.7081	-0.2938	2.0814	-0.0264	-0.1067	-0.074	-0.0432	0.0069	-0.069	0.1047	0.2543	0.0195	-0.0899	-0.0081	-0.015	-0.0819	-0.0104	-0.0025	67.2783	54.2474	71.0055
7	1.3957	0.2083	0.6285	1.5641	-1.2108	1.3933	-0.0486	0.2051	0.0189	-0.0539	0.1959	0.1831	0.2382	-0.0795	-0.1472	-0.0818	-0.0266	0.0068	-0.0537	-0.0243	-0.0301	50.4792	51.9999	73.1533
8	2.6483	-0.4731	0.5473	2.8535	-0.8501	2.2231	-0.0061	-0.0629	0.034	-0.0941	0.0329	0.0234	-0.0625	-0.0866	-0.0268	-0.1055	-0.0131	0.0464	-0.0791	-0.0077	-0.0801	61.8448	64.0951	65.2045
9	0.834	0.3357	-0.0841	1.2954	-1.3839	7.7592	0.0082	-0.0158	-0.1882	-0.1338	0.0258	-0.1506	0.434	0.2524	-0.034	0.0687	0.1016	-0.0064	-0.0555	0.009	-0.0535	76.5286	58.8295	117.1626
10	0.7081	0.0447	-0.455	0.7424	-0.7089	3.3221	0.0637	-0.0267	-0.0939	0.0444	-0.0575	-0.0639	0.1524	0.344	-0.0062	-0.0439	0.0298	-0.0513	-0.065	-0.017	-0.0237	76.8988	70.0959	108.5768
11	1.7827	0.0264	0.5935	0.5087	-0.8601	1.6829	0.1005	-0.0004	-0.0282	-0.2439	0.0808	0.2257	0.4902	0.0246	-0.1813	0.0982	0.0075	-0.0601	-0.0267	-0.0039	-0.0335	68.1641	61.2815	114.8172
12	5.8076	0.657	0.0756	1.1469	-0.1124	3.2103	0.0623	-0.1614	0.0958	-0.032	0.054	0.0962	-0.1119	-0.0546	-0.1163	0.0017	0.0245	-0.0202	-0.0718	0.0023	-0.0673	67.9326	76.3033	104.4268
13	0.776	0.0589	-0.0025	2.6216	-2.6564	9.2456	0.0381	-0.0272	-0.04	0.015	-0.0792	-0.2825	-0.1845	0.359	0.0412	-0.0592	-0.0362	0.0579	-0.0474	0.0223	-0.0367	74.1502	79.826	36.4129
14	0.8563	-0.1393	-0.0626	1.3601	-0.8153	2.239	0.0179	0.1474	0.0007	-0.2212	-0.0216	-0.1269	0.1209	0.1712	0.0037	-0.0567	-0.0369	0.0416	-0.0246	-0.0167	-0.0244	72.6826	68.0842	43.4811
15	1.0813	0.4442	-0.4213	2.4117	-1.8624	1.9424	0.1078	-0.0547	-0.0336	0.0319	0.2171	0.128	-0.1796	-0.2592	-0.3249	-0.0012	-0.0382	0.009	0.0064	0.0111	-0.0344	65.2985	78.5512	38.5777
16	3.2377	-0.1373	-1.5908	2.7623	-0.226	4.2395	-0.0148	0.0494	-0.0276	-0.2282	0.1724	0.0185	0.3464	-0.1416	-0.1576	0.0087	-0.0804	0.0062	-0.0579	0.0028	-0.0814	63.0329	62.9865	48.1761

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 43	19 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	44 - 125	63 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	126 - 164	145 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	165 - 204	184 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	0 - 43	19 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	44 - 117	63 - 136
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	118 - 164	137 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	165 - 204	184 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	0 - 43	19 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	44 - 125	63 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	126 - 164	145 - 183
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	165 - 204	184 - 223
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	1 - 42	20 - 61
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	43 - 125	62 - 144
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	126 - 164	145 - 183
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	165 - 204	184 - 223

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)