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- PDB-2pcd: STRUCTURE OF PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE FROM PSEUDOMONAS AER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pcd
タイトルSTRUCTURE OF PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA AT 2.15 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
  • PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
キーワードDIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core ...Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase from Pseudomonas aeruginosa at 2.15 A resolution.
著者: Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1988
タイトル: Structure and Assembly of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase
著者: Ohlendorf, D.H. / Lipscomb, J.D. / Weber, P.C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Determination of the Quaternary Structure of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Ohlendorf, D.H. / Weber, P.C. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録1994年6月21日処理サイト: BNL
置き換え1994年12月20日ID: 1PCD
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年12月11日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.dist / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700SHEET SHEETS S1X AND S2X ARE HOMOLOGOUS EIGHT-STRANDED SHEETS WITH TOPOLOGY (-5, -1, 7, -5, 1, 1X, ...SHEET SHEETS S1X AND S2X ARE HOMOLOGOUS EIGHT-STRANDED SHEETS WITH TOPOLOGY (-5, -1, 7, -5, 1, 1X, 1). EACH SHEET IS FOLDED IN HALF WITH THE EDGES SEALED BY A 4 RESIDUE SEGMENT (37 - 40 OR 361 - 364) WHICH FORMS H-BONDS WITH EACH EDGE STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
M: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
N: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
C: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
O: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
D: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
P: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
E: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
Q: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
F: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
R: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,18618
ポリマ－293,85112
非ポリマー3356
水25,8341434
1
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
M: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
N: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
C: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
O: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
D: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
P: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
E: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
Q: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
F: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
R: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
ヘテロ分子

A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
M: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
N: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
C: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
O: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
D: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
P: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
E: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
Q: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
F: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)
R: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)588,37136
ポリマ－587,70124
非ポリマー67012
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)197.170, 127.030, 134.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(0.23759137, 0.91398592, -0.05616918), (0.24412326, 0.9698113), (1.00499337, -0.23007076, -0.23759137)
2given(0.22312522, 0.23007805, 0.88639387), (1.03265551, -0.244131), (-0.05616562, 0.97321262, -0.22312522)
3given(-0.88766519, 0.44626459), (-1), (0.47516768, 0.88766519)
4given(0.23759137, -0.91398592, -0.05616918), (-0.24412326, -0.9698113), (1.00499337, 0.23007076, -0.23759137)
5given(-0.22312522, 0.23007805, -0.88639387), (-1.03265551, 0.244131), (0.05616562, 0.97321262, 0.22312522)

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要素

#1: タンパク質
PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (ALPHA CHAIN)


分子量: 22278.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P00436, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#2: タンパク質
PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE (BETA CHAIN)


分子量: 26696.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P00437, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IF ALL THE COORDINATES FOR THE SIX PROTOMERS ARE AVERAGED, THE RMS DEVIATION OF EACH PROTOMER FROM ...IF ALL THE COORDINATES FOR THE SIX PROTOMERS ARE AVERAGED, THE RMS DEVIATION OF EACH PROTOMER FROM THE MEAN, USING ALL ATOMS (PROTEIN + FE + WATER), IS PROTOMER DEVIATION A 0.1860 B 0.1942 C 0.1712 D 0.1922 E 0.1802 F 0.2094 TURNS HAVE BEEN CLASSIFIED AS SUGGESTED BY SIBANDA, B.L., BLUNDELL, T.L., & THORNTON, J.M. (1989). J. MOL. BIOL. 206, 759-777. LETTERS REFER TO REGIONS OF RAMACHANDRAN PLOT AS DESCRIBED BY EFIMOV. B = BETA, AR = RIGHT-HANDED ALPHA, AL = LEFT-HANDED ALPHA, GR = RIGHT-HANDED GAMMA, GL = LEFT- HANDED GAMMA, D = DELTA, AND E = EPSILON. HELIX 1 AA TYR A 16 ALA A 22 1 HELIX A, PROTOMER A
配列の詳細THE SEQUENCE PRESENTED IN THIS ENTRY IS BASED ON THE NUCLEOTIDE SEQUENCE PRESENTED IN GENBANK ENTRY ...THE SEQUENCE PRESENTED IN THIS ENTRY IS BASED ON THE NUCLEOTIDE SEQUENCE PRESENTED IN GENBANK ENTRY L14836 AND PUBLISHED IN R.W.FRAZEE, D.M.LIVINGSTON, D.C.LAPORTE, AND J.D.LIPSCOMB, (1993) CLONING, SEQUENCING, AND EXPRESSION OF THE PSEUDOMONAS PUTIDA PROTOCATECHUATE 3, 4 - DIOXYGENASE GENES. J. BACTERIOL. 175, 6194 - 6202. PIR ENTRIES DAPSAA AND DAPSBA ARE FROM THE AMINO ACID SEQUENCES OF THE ALPHA AND BETA CHAINS, RESPECTIVELY. THE FOLLOWING ARE THE DIFFERENCES BETWEEN THESE SEQUENCES: RESIDUE PIR GENBANK 59 ASP ASN 76 ASP ASN 361 ASP HIS 369 ASP ASN 370 - GLY 517 ASN ASP CROSS REFERENCE TO SEQUENCE DATABASE SWISS-PROT ENTRY NAME PDB ENTRY CHAIN NAME PCXA_PSEAE A PCXA_PSEAE B PCXA_PSEAE C PCXA_PSEAE D PCXA_PSEAE E PCXA_PSEAE F PCXB_PSEAE M PCXB_PSEAE N PCXB_PSEAE O PCXB_PSEAE P PCXB_PSEAE Q PCXB_PSEAE R SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: PCXA_PSEAE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ASP 59 ASN A 59 ASP 76 ASN A 76 ASP 59 ASN B 59 ASP 76 ASN B 76 ASP 59 ASN C 59 ASP 76 ASN C 76 ASP 59 ASN D 59 ASP 76 ASN D 76 ASP 59 ASN E 59 ASP 76 ASN E 76 ASP 59 ASN F 59 ASP 76 ASN F 76 SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: PCXB_PSEAE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ASP 61 HIS M 361 ASN 216 ASP M 517 ASP 61 HIS N 361 ASN 216 ASP N 517 ASP 61 HIS O 361 ASN 216 ASP O 517 ASP 61 HIS P 361 ASN 216 ASP P 517 ASP 61 HIS Q 361 ASN 216 ASP Q 517 ASP 61 HIS R 361 ASN 216 ASP R 517 RESIDUES OF CHAIN M MISSING FROM THE ATOM LIST SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 68 ASP 69 RESIDUES OF CHAIN M MISSING THE C-TERMINUS SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 236 CYS 237 RESIDUES OF CHAIN N MISSING FROM THE ATOM LIST SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 68 ASP 69 RESIDUES OF CHAIN N MISSING THE C-TERMINUS SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 236 CYS 237 RESIDUES OF CHAIN O MISSING FROM THE ATOM LIST SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 68 ASP 69 RESIDUES OF CHAIN O MISSING THE C-TERMINUS SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 236 CYS 237 RESIDUES OF CHAIN P MISSING FROM THE ATOM LIST SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 68 ASP 69 RESIDUES OF CHAIN P MISSING THE C-TERMINUS SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 236 CYS 237 RESIDUES OF CHAIN Q MISSING FROM THE ATOM LIST SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 68 ASP 69 RESIDUES OF CHAIN Q MISSING THE C-TERMINUS SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 236 CYS 237 RESIDUES OF CHAIN R MISSING FROM THE ATOM LIST SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 68 ASP 69 RESIDUES OF CHAIN R MISSING THE C-TERMINUS SEQUENCE NUMBER IS THAT FROM SWISS-PROT ENTRY ASN 236 CYS 237

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.4 / 手法: free interface diffusion / 詳細: or hanging drop vapor diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120-75 mg/mlprotein11
21.5-1.8 Mammonium sulfate12
350 mMTris-HCl12
410 mMbeta-mercaptoethanol12

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データ収集

反射Num. obs: 164157 / % possible obs: 95.7 %

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.15→5 Å / σ(F): 0
詳細: THIS NONSTANDARD UNIT CELL WAS CHOSEN OVER THE EQUIVALENT C2 CELL (A = 223.26, B = 127.03, C = 134.18, BETA = 61.08) BECAUSE OF THE CONVENIENCE OF HAVING A BETA ANGLE NEAR 90 DEGREES AND TO ...詳細: THIS NONSTANDARD UNIT CELL WAS CHOSEN OVER THE EQUIVALENT C2 CELL (A = 223.26, B = 127.03, C = 134.18, BETA = 61.08) BECAUSE OF THE CONVENIENCE OF HAVING A BETA ANGLE NEAR 90 DEGREES AND TO MAINTAIN CONSISTENCY WITH THE INITIAL CRYSTALLIZATION REPORT. TO CONVERT FROM FRAC_I2 TO FRAC_C2 USE THE FOLLOWING: [ 1.0 ][ 0.0 ][ 0.0 ] (XFRAC_I2) (XFRAC_C2) [ 0.0 ][ 1.0 ][ 0.0 ] X (YFRAC_I2) = (YFRAC_C2) [ -1.0 ][ 0.0 ][ 1.0 ] (ZFRAC_I2) (ZFRAC_C2) THE COORDINATES HAVE BEEN DEPOSITED IN THE ORTHOGONAL COORDINATES DEFINED BY THE LOCAL SYMMETRY OF THE COMPLEX (23). DURING REFINEMENT THE THERMAL FACTORS OF ATOMS THAT ARE HYDROGEN BONDED TO EACH OTHER WERE RESTRAINED TO BE SIMILAR. THE OCCUPANCIES OF THE SOLVENTS WERE ALLOWED TO VARY ONLY IN STEPS OF 0.200. BEFORE THE GENERATION OF A MAP THE OCCUPANCIES OF NCS-RELATED SOLVENTS WERE AVERAGED AND QUANTIZED TO A MULTIPLE OF 0.100.
Rfactor反射数
obs0.172 136440
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20466 0 6 1434 21906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.5071
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.8992
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.0971.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.8223
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2270.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2120.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1550.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.23
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor23.520
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 136440 / Rfactor all: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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