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- PDB-2pc6: Crystal structure of putative acetolactate synthase- small subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pc6
タイトルCrystal structure of putative acetolactate synthase- small subunit from Nitrosomonas europaea
要素Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
キーワードLYASE / ACETOLACTATE SYNTHASE / REGULATORY SUBUNIT / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


acetolactate synthase regulator activity / acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACT domain / Acetolactate synthase, small subunit, C-terminal / Small subunit of acetolactate synthase / Acetolactate synthase, small subunit / AHAS, ACT domain / : / AHAS small subunit-like ACT domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / ACT domain ...ACT domain / Acetolactate synthase, small subunit, C-terminal / Small subunit of acetolactate synthase / Acetolactate synthase, small subunit / AHAS, ACT domain / : / AHAS small subunit-like ACT domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Acetolactate synthase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Petkowski, J.J. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Zheng, H. / Cymborowski, M.T. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W. ...Petkowski, J.J. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Zheng, H. / Cymborowski, M.T. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of TM0549 and NE1324--two orthologs of E. coli AHAS isozyme III small regulatory subunit.
著者: Petkowski, J.J. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Zheng, H. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M.T. / Koclega, K.D. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2007年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年4月10日ID: 2FGD
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年2月1日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
B: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
C: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
D: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,39510
ポリマ－74,2754
非ポリマー1206
水3,603200
1
A: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
C: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2185
ポリマ－37,1372
非ポリマー803
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
D: Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1775
ポリマ－37,1372
非ポリマー403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)122.123, 122.123, 111.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 163 / Label seq-ID: 3 - 165

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Probable acetolactate synthase isozyme III (Small subunit)


分子量: 18568.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: ilvH, NE1324 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3) / 参照: UniProt: Q82UZ2, EC: 4.1.3.18
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2% TACSIMATE, 10% PEG 400, 0.1M KCl, 10mM CaCl2, 50 mM Na-HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日 / 詳細: SI 111 CHANNEL
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35.58 Å / Num. all: 28271 / Num. obs: 28271 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 60.72
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 7.35 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SOLVERESOLVE位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-3000位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→35.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 19.795 / SU ML: 0.226 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27573 1465 4.9 %RANDOM
Rwork0.20503 ---
all0.20846 28270 --
obs0.20846 28270 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.511 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 27 200 5085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.83826737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0555662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87424.082196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.98215896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3051544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.22310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.23490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5321.53345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38125232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0731782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5384.51505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1094 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.525
2Bloose positional0.615
3Cloose positional0.735
4Dloose positional0.675
1Aloose thermal3.0410
2Bloose thermal3.7410
3Cloose thermal2.7710
4Dloose thermal5.4410
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 108 -
Rwork0.265 2044 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.9844-10.64920.368824.5151-5.68818.0202-0.5562-0.0477-1.10661.18970.28880.81270.67710.01790.2674-0.3135-0.1140.08750.034-0.1015-0.022-0.944417.742610.018
23.53371.2367-2.79530.6616-0.74994.2042-0.12740.1929-0.0897-0.08120.10610.32870.0359-0.41270.0213-0.25450.00480.0531-0.0257-0.0692-0.1119-3.530621.080513.6925
32.9812-1.69660.29051.39351.02384.84970.048-0.4987-0.18990.0644-0.06490.03540.33730.11890.0169-0.1358-0.0798-0.0119-0.05790.0365-0.168126.086419.680916.5307
47.76852.46432.8621.2806-0.277422.41920.26240.2282-0.10250.32970.09720.92750.1623-0.5051-0.3597-0.2029-0.0527-0.0363-0.0296-0.0183-0.09860.580326.17051.5018
55.8484-0.43011.34426.439-2.54731.2446-0.3217-0.07350.44390.33870.23070.1148-0.9695-0.38030.0910.19540.1536-0.0805-0.11540.059-0.223213.8448-1.280734.2094
61.00240.10650.05040.74780.50861.46940.0478-0.25420.29120.0735-0.0632-0.0918-0.449-0.09650.0153-0.07590.0419-0.0219-0.1181-0.0172-0.118230.9153-11.449855.4229
713.9483-0.134-4.03582.96141.13954.61940.0651-0.1078-0.05810.1931-0.144-0.1851-0.3304-0.07530.0789-0.07110.0293-0.0551-0.20190.0021-0.208132.9345-10.780554.3405
813.3653.94736.48462.01672.56323.953-0.2665-0.07330.5809-0.25770.02370.31-0.6556-0.31820.2428-0.01520.0925-0.0813-0.1270.0932-0.145120.4482-9.609944.2958
93.19894.04644.6866138.9704-29.785516.3950.8931-1.19010.11521.0205-1.23221.9466-1.003-1.4330.33910.00980.16020.14240.27360.16960.00539.625629.429328.0795
104.4761.371-0.89121.2481.68894.82560.1373-0.76180.10190.4122-0.19860.1713-0.3868-0.41650.0613-0.0341-0.00320.11440.1150.0143-0.07777.0726.325228.4644
112.74221.78150.96184.1522-0.50943.59410.158-0.07170.33570.0013-0.16010.2643-0.1671-0.25010.0021-0.23070.0236-0.0175-0.0698-0.0319-0.124110.4536.14081.1153
128.5515-1.8341.67727.021-4.363919.8558-0.0583-1.5983-0.11220.50910.2443-0.21610.682-0.3642-0.186-0.0996-0.0017-0.00920.2257-0.0488-0.21220.633225.492328.021
139.72690.1879-2.83566.4579-4.91894.4924-0.44740.43292.2797-0.11730.5938-0.40770.8193-0.6264-0.14640.774-0.0316-0.31410.07750.21290.661129.29992.190134.3494
149.16022.71793.17394.6497-0.6115.1129-0.83620.99951.7324-1.4708-0.00250.2733-0.84060.73250.83880.4017-0.1229-0.1574-0.09540.20320.240837.4003-1.313834.4
153.0092-1.0652-0.01272.88910.53092.2998-0.0187-0.01380.0781-0.07280.14560.01030.09090.0812-0.127-0.13110.0792-0.0772-0.09750.0105-0.17619.9-25.042138.7166
1615.2858-3.56934.78255.77023.04655.0073-0.37440.27870.4924-0.76110.5639-0.3185-1.0450.1652-0.18950.0695-0.1389-0.0195-0.11720.1537-0.094440.4924-4.06544.1004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 92 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2AA10 - 8512 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3AA86 - 14988 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4AA150 - 163152 - 165
5X-RAY DIFFRACTION5BB2 - 784 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6BB79 - 10881 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7BB109 - 139111 - 141
8X-RAY DIFFRACTION8BB140 - 163142 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9CC2 - 94 - 11
10X-RAY DIFFRACTION10CC10 - 8712 - 89
11X-RAY DIFFRACTION11CC88 - 15090 - 152
12X-RAY DIFFRACTION12CC151 - 163153 - 165
13X-RAY DIFFRACTION13DD4 - 416 - 43
14X-RAY DIFFRACTION14DD42 - 8544 - 87
15X-RAY DIFFRACTION15DD86 - 14988 - 151
16X-RAY DIFFRACTION16DD150 - 163152 - 165

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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