PDB-2pbx: Vibrio cholerae HapR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pbx

タイトル

Vibrio cholerae HapR

要素

Hemagglutinin/protease regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION / quorum sensing / vibrio cholerae / transcription factor / tetr family / DNA-binding / Protease / Transcription regulation

機能・相同性

Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / RIPAS / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kull, F.J. / DeSilva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K.

引用

ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the Vibrio cholerae Quorum-Sensing Regulatory Protein HapR
著者: DeSilva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.

履歴

登録	2007年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pbx.cif.gz	91.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pbx.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pbx_validation.pdf.gz	436 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pbx_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	2pbx_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	2pbx_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/2pbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/2pbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6d7r-d 1jus-1 3btl-1 4jyk-d 1qvt-1 3m4i-1 1qvu-1 5n1i-d 4xk4-2 3vpr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hemagglutinin/protease regulatory protein

B: Hemagglutinin/protease regulatory protein

47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.785, 85.085, 110.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hemagglutinin/protease regulatory protein 分子量: 23722.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 2740-80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1F928
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M HEPES pH 7.5, 12% (wt/vol) polyethylene glycol 8000, and 5% (vol/vol) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X6A	1	1.0093
シンクロトロン	NSLS	X6A	2	0.9392, 1.0059

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月17日 / 詳細: Toroidal focusing mirror

放射

モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0093	1
2	0.9392	1
3	1.0059	1

反射

解像度: 2.2→67.2 Å / Num. obs: 21439 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.68

反射シェル

解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 5.69 / R_sym value: 0.308 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法: RIPAS / 解像度: 2.2→19.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 16.48 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2626	2132	9.9 %	RANDOM
R_work	0.22976	-	-	-
obs	0.23298	19306	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.294 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3234	0	0	322	3556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.041	0.022	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.189	1.946	4465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.466	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.831	23.772	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.001	15	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.852	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.202	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.306	0.2	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.339	0.2	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.397	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.355	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.735	1.5	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1	2	3178
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.519	3	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.019	4.5	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	180	-
R_work	0.306	1354	-
obs	-	-	98.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.3239	9.4984	5.476	14.18	7.3474	9.4788	-0.8763	0.4564	-0.6614	-1.4291	0.8302	-0.763	-0.7612	0.8569	0.0461	-0.2252	-0.1196	0.0422	-0.0835	0.0502	-0.264	29.3183	23.8368	19.0001
2	2.798	0.1455	1.5771	4.0358	2.6059	6.2548	-0.071	-0.0184	0.1176	0.4299	-0.1707	0.3307	-0.1019	-0.5806	0.2417	-0.3194	-0.0141	0.0206	-0.2178	0.0293	-0.1963	26.9217	32.3794	44.2525
3	6.3268	-0.2283	-2.5278	8.5583	-3.2547	9.5816	-0.1655	0.403	0.1152	-0.4632	0.2045	-0.0464	0.9281	-0.6072	-0.039	-0.3537	-0.0181	0.0435	-0.0971	0.0758	-0.2655	36.9897	59.9656	19.8877
4	1.0635	-0.1086	0.1856	4.1804	-2.8637	6.6797	-0.0305	0.0328	0.0236	0.3818	-0.027	-0.1432	0.0644	0.0928	0.0575	-0.2369	-0.0039	0.0568	-0.2942	-0.0323	-0.158	37.4868	50.6217	45.5382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 59	5 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	60 - 201	60 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	5 - 59	5 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	60 - 201	60 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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