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万見
- PDB-2pbj: GSH-heme bound microsomal prostaglandin E synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pbj
タイトルGSH-heme bound microsomal prostaglandin E synthase
要素Prostaglandin E synthase 2
キーワードISOMERASE / LYASE / Prostaglandin E synthase / GSH-heme bound enzyme / Dual function enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


12-hydroxyheptadecatrienoic acid synthase activity / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / glutathione binding / prostaglandin biosynthetic process / lyase activity / Golgi membrane / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #30 / Prostaglandin E synthase 2 / Prostaglandin E synthase 2, C-terminal / Defensin A-like / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Other non-globular / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 ...Defensin A-like - #30 / Prostaglandin E synthase 2 / Prostaglandin E synthase 2, C-terminal / Defensin A-like / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Other non-globular / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Special / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Prostaglandin E synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Takusagawa, F. / Yamada, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: PGH2 degradation pathway catalyzed by GSH-heme complex bound microsomal prostaglandin E2 synthase type 2: the first example of a dual-function enzyme.
著者: Yamada, T. / Takusagawa, F.
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E synthase 2
B: Prostaglandin E synthase 2
C: Prostaglandin E synthase 2
D: Prostaglandin E synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,43616
ポリマ－132,5994
非ポリマー3,83712
水3,009167
1
A: Prostaglandin E synthase 2
B: Prostaglandin E synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2188
ポリマ－66,3002
非ポリマー1,9196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Prostaglandin E synthase 2
D: Prostaglandin E synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2188
ポリマ－66,3002
非ポリマー1,9196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.000, 122.490, 110.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Prostaglandin E synthase 2


分子量: 33149.809 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal truncated protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
遺伝子: mPGES-2 / プラスミド: pTrc-HisA-mPGES-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q9N0A4, prostaglandin-E synthase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: Confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 35201 / Num. obs: 35201 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.074

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 3400 -
Rwork0.242 --
obs0.242 35201 100 %
all-35201 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.039 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8856 0 256 167 9279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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