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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pb5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PH0725 from Pyrococcus horikoshii OT3 | ||||||
![]() | diphthine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() diphthine synthase / diphthine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yamamoto, H. / Taketa, M. / Ono, N. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of PH0725 from Pyrococcus horikoshii OT3 著者: Sugahara, M. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 784.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 789.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2e8hC ![]() 2hr8C ![]() 2huqC ![]() 2hutC ![]() 2huvC ![]() 2huxC ![]() 2owfC ![]() 2owgC ![]() 2owkC ![]() 2owuC ![]() 2owvC ![]() 2p2xC ![]() 2p5cC ![]() 2p5fC ![]() 2p6dC ![]() 2p6iC ![]() 2p6kC ![]() 2p6lC ![]() 2p9dC ![]() 2pb4C ![]() 2pb6C ![]() 2pcaC ![]() 2pcgC ![]() 2pchC ![]() 2pciC ![]() 2pckC ![]() 2pcmC ![]() 1wngS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29631.404 Da / 分子数: 2 / 変異: L74M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SAH / | #3: 化合物 | ChemComp-FMT / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 3.85M Sodium Formate, 0.1M Acetic acid, pH5.5, MICROBATCH, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 46262 / Num. obs: 46262 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 4518 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1WNG 解像度: 2.1→19.77 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
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