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- PDB-2pb1: Exo-B-(1,3)-Glucanase from Candida Albicans in complex with unhyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pb1
タイトルExo-B-(1,3)-Glucanase from Candida Albicans in complex with unhydrolysed and covalently linked 2,4-dinitrophenyl-2-deoxy-2-fluoro-B-D-glucopyranoside at 1.9 A
要素Hypothetical protein XOG1
キーワードHYDROLASE / EXO-GLUCANASE / CANDIDA ALBICANS / MECHANISM-BASED INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation in or on host organism / glucan metabolic process / glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan 1,3-beta-glucosidase / single-species biofilm formation on inanimate substrate / fungal-type cell wall organization / glucan catabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cell-substrate adhesion / cell adhesion molecule binding ...single-species biofilm formation in or on host organism / glucan metabolic process / glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan 1,3-beta-glucosidase / single-species biofilm formation on inanimate substrate / fungal-type cell wall organization / glucan catabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / cell-substrate adhesion / cell adhesion molecule binding / extracellular vesicle / transferase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / Chem-NFG / Glucan 1,3-beta-glucosidase / Glucan 1,3-beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cutfield, S.M. / Cutfield, J.F. / Davies, G.J. / Sullivan, P.A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Exo-B-(1,3)-Glucanase from Candida Albicans in complex with unhydrolysed and covalently linked 2,4-dinitrophenyl-2-deoxy-2-fluoro-B-D-glucopyranoside at 1.9 A
著者: Cutfield, S.M. / Cutfield, J.F. / Davies, G.J. / Sullivan, P.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol.
タイトル: The structure of the exo-beta-(1,3)-glucanase from Candida albicans in native and bound forms: relationship between a pocket and groove in family 5 glycosyl hydrolases.
著者: Cutfield, S.M. / Davies, G.J. / Murshudov, G. / Anderson, B.F. / Moody, P.C. / Sullivan, P.A. / Cutfield, J.F.
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999sequence Due to alternative codon usage by Candida albicans, residue 64 is a Ser when from natural ...sequence Due to alternative codon usage by Candida albicans, residue 64 is a Ser when from natural sources, and a Leu when expressed in Saccharomyces cerevisiae.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein XOG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3233
ポリマ－45,7921
非ポリマー5302
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.149, 65.586, 96.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein XOG1


分子量: 45792.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: ATCC 10261 / 遺伝子: EXG / プラスミド: pEMBLYEX4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AWY-1
参照: UniProt: Q5AIZ3, UniProt: P29717*PLUS, glucan 1,3-beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-G2F / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucose / 2-deoxy-2-fluoro-glucose / 2-フルオロ-D-ブドウ糖


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
a-D-Glcp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-NFG / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranoside / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucoside / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-D-glucoside / 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 348.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13FN2O9
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 8000, Hepes, CaCl2, pH 7.3, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 30898 / Num. obs: 28359 / % possible obs: 91.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.970.20927790.936191.4
1.97-2.050.1727850.946191.3
2.05-2.140.13627531.001190.6
2.14-2.250.11327680.987190.3
2.25-2.390.09627581.044190
2.39-2.580.07727540.977190.1
2.58-2.840.06628520.975192.5
2.84-3.250.05329590.971195
3.25-4.080.03829821.002194.9
4.08-200.02629691.061190.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EQP

1eqp


解像度: 1.9→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.32 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.162 1182 4.2 %RANDOM
Rwork0.133 ---
obs0.135 28340 91.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3214 0 35 274 3523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9084626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9753.0025192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.845393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61624.948192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74715501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.961513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.22168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21530
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2280.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0421.52117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2371.5807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45223145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.33531685
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3074.51481
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 70 -
Rwork0.175 1953 -
obs-2023 90.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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