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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p8d | ||||||||||||||||||
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タイトル | The Structure of the Dickerson Sequence with an Incorporated CeNA Residue | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / CeNA / sugar modification | 機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | データ登録者 | Robeyns, K. / Van Meervelt, L. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008 | タイトル: Influence of the incorporation of a cyclohexenyl nucleic acid (CeNA) residue onto the sequence d(CGCGAATTCGCG). 著者: Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p8d.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p8d.ent.gz | 17.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p8d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2p8d_validation.pdf.gz | 403.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2p8d_full_validation.pdf.gz | 404.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2p8d_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2p8d_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p8d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 355dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The second part of the biological assembly of chain A is generated by the two fold axis: -x-1, y, -z-0.5 / The second part of the biological assembly of chain B is generated by the two fold axis: x, -y, -z |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3673.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: The XAR (Cyclohexene nucleic acid) residues as well as the oligomer sequence were synthesized. #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20mM potassium cacodylate buffer (pH=5.5), 10mM cobalt hexamine, 44mM potassium chloride, 6mM sodium chloride, 5%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), and 0.75mM ssDNA against a 35%(v/v) MPD ...詳細: 20mM potassium cacodylate buffer (pH=5.5), 10mM cobalt hexamine, 44mM potassium chloride, 6mM sodium chloride, 5%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), and 0.75mM ssDNA against a 35%(v/v) MPD stock solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8414 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8414 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 5476 / Num. obs: 5476 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 777 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 355D 解像度: 1.9→17.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.408 / SU ML: 0.148 / Isotropic thermal model: Idotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.161 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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