PDB-2p89: Solution structure of the 3' pseudouridyation pocket of U65 snoRN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p89

タイトル

Solution structure of the 3' pseudouridyation pocket of U65 snoRNA with bound substrate

要素

28S rRNA
U65 H/ACA snoRNA

キーワード

RNA / RNA-RNA complex / three-way junctions / double helix

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing

データ登録者

Wu, H. / Feigon, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: H/ACA small nucleolar RNA pseudouridylation pockets bind substrate RNA to form three-way junctions that position the target U for modification.
著者: Wu, H. / Feigon, J.

履歴

登録	2007年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p89.cif.gz	586.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p89.ent.gz	494.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2p89_validation.pdf.gz	329.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p89_full_validation.pdf.gz	578.9 KB	表示
XML形式データ	2p89_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	2p89_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p89	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1up1-d 6e33-d 2mhq-d 2kae-d 1qqr-1 3zd4-d 4z21-d 1qqr-3 2lc8-d 4z3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: U65 H/ACA snoRNA

B: 28S rRNA

15.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	U65 H/ACA snoRNA 分子量: 10970.566 Da / 分子数: 1 / 断片: 3' pseudouridylation pocket 変異: Additional UUCG tetraloop and G:C base pair at the end the helices 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: RNA鎖	28S rRNA 分子量: 4337.563 Da / 分子数: 1 / 断片: fragment 4423-4436 / 変異: G4423U / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	2D NOESY
1	3	2	13C-Filter/edited 2D NOESY
1	4	2	3D 13C-separated NOESY
1	5	2	HSQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	5 mM Sodium phosphate buffer, pH 6.0	90% H2O/10% D2O
2	5 mM Sodium phosphate buffer, pH 6.0	D2O

試料状態

イオン強度: 5 mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	Bruker	collection
XwinNMR	3.1	Bruker	解析
Sparky	3.113	T.D. Goddard and D. G. Kneller	データ解析
X-PLOR	NIH	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on 768 NOE-derived distance constraints, 404 dihedral angle restraints,106 distance restraints from hydrogen bonds, 32 RDC restraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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