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- PDB-2p7k: Crystal structure of genomically encoded fosfomycin resistance pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7k
タイトルCrystal structure of genomically encoded fosfomycin resistance protein, FosX, from Listeria monocytogenes (hexagonal form)
要素Glyoxalase family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / hydrolase / FOSFOMYCIN RESISTANCE PROTEIN / MN BINDING / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fosfomycin resistance protein FosX / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Fosfomycin resistance protein FosX
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Fillgrove, K.L. / Pakhomova, S. / Schaab, M. / Newcomer, M.E. / Armstrong, R.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure and Mechanism of the Genomically Encoded Fosfomycin Resistance Protein, FosX, from Listeria monocytogenes.
著者: Fillgrove, K.L. / Pakhomova, S. / Schaab, M.R. / Newcomer, M.E. / Armstrong, R.N.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase family protein
B: Glyoxalase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5654
ポリマ－31,1812
非ポリマー3842
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.524, 83.524, 114.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETSERSERAA1 - 331 - 33
21METMETSERSERBB1 - 331 - 33
12LEULEULEULEUAA41 - 12841 - 128
22LEULEULEULEUBB41 - 12841 - 128

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Glyoxalase family protein


分子量: 15590.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: EGD-e / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71YW5, UniProt: Q8Y6I2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG 8000, 20 mM Na acetate, 0.1 M Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.069 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.069 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 6831 / Num. obs: 6831 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 6.83
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 666 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9C

1r9c


解像度: 3.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU ML: 0.371 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.555 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 293 4.8 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.23 5815 --
obs0.23 5815 90.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å21.26 Å20 Å2
2--2.51 Å20 Å2
3----3.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 26 6 1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.9612664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8195238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27924.37596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.32815322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.271510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2721.51226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5121912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6843824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1834.5752
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1247tight positional0.010.05
2691tight positional0.010.05
1247tight thermal0.020.5
2691tight thermal0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.382 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 15 -
Rwork0.31 370 -
obs-370 80.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7273-2.40430.13678.19270.59096.1108-0.017-0.34520.0426-0.24030.0163-0.27130.39690.31580.0007-0.0148-0.0463-0.009-0.0568-0.0144-0.02135.568710.073-1.6623
25.7121-1.8394-0.81769.12370.31746.3743-0.1953-0.02380.2393-0.19430.1543-0.1234-0.4048-0.18160.041-0.06340.00240.00830.0129-0.0037-0.025826.49225.81922.4511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 331 - 33
2X-RAY DIFFRACTION1AA42 - 12842 - 128
3X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 331 - 33
4X-RAY DIFFRACTION2BB42 - 12842 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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