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万見
- PDB-2p7c: Solution structure of the bacillus licheniformis BlaI monomeric f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7c
タイトルSolution structure of the bacillus licheniformis BlaI monomeric form in complex with the blaP half-operator.
要素
  • Penicillinase repressor
  • Strand 1 of Twelve base-pair DNA
  • Strand 2 of Twelve base-pair DNA
キーワードtranscription regulator / PROTEIN-DNA COMPLEX / REPRESSOR / MONOMER / OPERATOR / ANTIBIOTICS
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BlaI transcriptional regulatory family / Penicillinase repressor / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Penicillinase repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing from randomized coordinates, restrained molecular dynamics.
データ登録者Boudet, J. / Duval, V. / Van Melckebeke, H. / Blackledge, M. / Amoroso, A. / Joris, B. / Simorre, J.-P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Conformational and thermodynamic changes of the repressor/DNA operator complex upon monomerization shed new light on regulation mechanisms of bacterial resistance against beta-lactam antibiotics.
著者: Boudet, J. / Duval, V. / Van Melckebeke, H. / Blackledge, M. / Amoroso, A. / Joris, B. / Simorre, J.P.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strand 1 of Twelve base-pair DNA
C: Strand 2 of Twelve base-pair DNA
B: Penicillinase repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8333
ポリマ－16,8333
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 Strand 1 of Twelve base-pair DNA


分子量: 3669.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthetized bacillus licheniformis blaP half-operator
#2: DNA鎖 Strand 2 of Twelve base-pair DNA


分子量: 3651.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthetized bacillus licheniformis blaP half-operator
#3: タンパク質 Penicillinase repressor / Regulatory protein blaI / Beta-lactamase repressor protein


分子量: 9512.079 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
株: bacillus licheniformis 749/I / 遺伝子: blaI, penI / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLys / 参照: UniProt: P06555

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D isotopically doubly filtered 13C 15N NOESY HSQC
1213D isotopically doubly filtered 13C 15N NOESY HSQC
1322D filtered NOESY
143methyl selective 13C HSQC
15315N HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a de novo docking approach.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM 13C,15N BlaI-NTD repressor in complex with blaP half-operator; 50mM NaH2PO4/Na2HPO4, 200mM KCl, 1mM EDTA, 1mM NaN390% H2O/10% D2O
22mM 13C,15N BlaI-NTD repressor in complex with blaP half-operator; 50mM NaH2PO4/Na2HPO4, 200mM KCl, 1mM EDTA, 1mM NaN3100% D2O
30.1mM 13C,15N BlaI-NTD repressor; 50mM NaH2PO4/Na2HPO4, 200mM KCl, 1mM EDTA, 1mM NaN390% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 200mM / pH: 7.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Discover2.98Accelrys構造決定
Discover2.98Accelrys精密化
NMRPipe2.3Delaglio解析
VnmrJ2.1Variancollection
NMRView5.2.2Johnsonデータ解析
精密化手法: simulated annealing from randomized coordinates, restrained molecular dynamics.
ソフトェア番号: 1
詳細: structures used for refinement were generated from the docking procedure started with intermolecular nOe and ambiguous distance restraints proceeding from chemical shift mapping.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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