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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p79 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Thermus thermophilus HB8 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Sugahara, M. / Taketa, M. / Kageyama, Y. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 著者: Sugahara, M. / Taketa, M. / Kageyama, Y. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p79.cif.gz | 88.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p79.ent.gz | 65.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2p79_validation.pdf.gz | 445.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2p79_full_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2p79_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2p79_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/2p79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/2p79 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2hiaC 2owdC 2oweC 2p2yC 2p2zC 2p30C 2p6mC 2p6oC 2p75C 2p77C 2p78C 2p9fC 2p9yC 2p9zC 2pa0C 1v37S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19646.504 Da / 分子数: 2 / 変異: L84M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET-11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53WB3, adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: oil-micro batch / pH: 8.3 詳細: 2.75M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.3, oil-micro batch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 44097 / Num. obs: 44097 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4368 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1V37 解像度: 1.75→29.53 Å / Isotropic thermal model: Anisotrop / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
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