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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p6w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a glycosyltransferase involved in the glycosylation of the major capsid of PBCV-1 | ||||||
![]() | Putative glycosyltransferase (Mannosyltransferase) involved in glycosylating the PBCV-1 major capsid protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / glycosyltransferase / PBCV | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y. / Ye, X. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function of a chlorella virus-encoded glycosyltransferase. 著者: Zhang, Y. / Xiang, Y. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25162.436 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Chlorovirus / 遺伝子: A64R / プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-FLC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50mM socium citrate, 200mM NaCl, 25% PEG3500, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | D res high: 2 Å / D res low: 40 Å
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 31588 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 2.542 / Net I/σ(I): 15.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.079 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.577 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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