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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p6o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | Alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yamamoto, H. / Taketa, M. / Tanaka, Y. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 著者: Sugahara, M. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hiaC ![]() 2owdC ![]() 2oweC ![]() 2p2yC ![]() 2p2zC ![]() 2p30C ![]() 2p6mC ![]() 2p75C ![]() 2p77C ![]() 2p78C ![]() 2p79C ![]() 2p9fC ![]() 2p9yC ![]() 2p9zC ![]() 2pa0C ![]() 1v37S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Biological assembly is a monomer; the asymmetric unit contains the two biological units. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19646.504 Da / 分子数: 2 / 変異: L12T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q53WB3, adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.3 詳細: 2.75M Sodium chloride, 0.1M Tris, pH 8.3, MICROBATCH, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 51923 / Num. obs: 51923 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5147 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1V37 解像度: 1.65→19.62 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
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