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- PDB-2p5y: Crystal structure of Thermus thermophilus HB8 UDP-glucose 4-epime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p5y
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus HB8 UDP-glucose 4-epimerase complex with NAD
要素UDP-glucose 4-epimeraseUDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / TTHA0591 / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UDP-glucose 4-epimerase (UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ) / Thermus thermophilus HB8 / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-L-rhamnose synthase activity / UDP-glucose 4,6-dehydratase activity / UDP-rhamnose biosynthetic process / flavonol biosynthetic process / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Fu, Z.-Q. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhu, J. / Swindell, J.T. / Chrzas, J. / Rose, J.P. ...Fu, Z.-Q. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhu, J. / Swindell, J.T. / Chrzas, J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Thermus thermophilus HB8 UDP-glucose 4-epimerase complex with NAD
著者: Fu, Z.-Q. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhu, J. / Swindell, J.T. / Chrzas, J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS A MONOMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4802
ポリマ－33,8161
非ポリマー6631
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.667, 135.667, 135.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
詳細The biological assembly is a monomer with NAD

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要素

#1: タンパク質 UDP-glucose 4-epimerase / UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ


分子量: 33816.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
生物種: Thermus thermophilusサーマス・サーモフィルス
株: HB8, DSM 579 / 遺伝子: TTHA0591 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q5SKQ2, UDP-ガラクトース-4-エピメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (11.71 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.0M Magnesium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (11.71 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.0M Magnesium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 42.4 % / Av σ(I) over netI: 15.2 / 数: 1405343 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.55 / D res high: 1.92 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33164 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.145099.910.0463.04538.4
3.284.1410010.0583.32741.3
2.873.2810010.062.04842.8
2.612.8710010.0711.50743.3
2.422.6110010.0861.23843.4
2.282.4210010.1051.05543.5
2.162.2810010.1370.93843.5
2.072.1610010.1710.85743.4
1.992.0710010.2390.76843.2
1.921.9910010.3120.71341.4
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 33164 / Num. obs: 33164 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 42.4 % / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.549 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.92-1.9941.40.31232300.713100
1.99-2.0743.20.23932440.768100
2.07-2.1643.40.17132490.857100
2.16-2.2843.50.13732630.938100
2.28-2.4243.50.10532831.055100
2.42-2.6143.40.08632771.238100
2.61-2.8743.30.07133081.507100
2.87-3.2842.80.0633192.048100
3.28-4.1441.30.05833853.327100
4.14-5038.40.04636063.04599.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2P5U

2p5u


解像度: 1.92→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.298 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1673 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 33064 99.95 %-
all-33064 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2387 0 44 217 2648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.993393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3355310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20722.727110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56415382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5441522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21687
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.891.51583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34322462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19331028
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5574.5931
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.971 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 132 -
Rwork0.189 2260 -
obs-2392 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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