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- PDB-2p4j: Crystal structure of beta-secretase bond to an inhibitor with Iso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p4j
タイトルCrystal structure of beta-secretase bond to an inhibitor with Isophthalamide Derivatives at P2-P3
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE / beta-secretase / memapsin / BACE / asp / aspartic protease / acid protease / Alzheimer's disease / drug design / structure based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition / cellular response to manganese ion / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / response to lead ion / cellular response to amyloid-beta / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-23I / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hong, L. / Ghosh, A.K. / Tang, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Design, synthesis, and X-ray structure of potent memapsin 2 (beta-secretase) inhibitors with isophthalamide derivatives as the P2-P3-ligands.
著者: Ghosh, A.K. / Kumaragurubaran, N. / Hong, L. / Kulkarni, S.S. / Xu, X. / Chang, W. / Weerasena, V. / Turner, R. / Koelsch, G. / Bilcer, G. / Tang, J.
履歴
登録2007年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
D: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,0598
ポリマ－173,2514
非ポリマー2,8084
水7,891438
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0152
ポリマ－43,3131
非ポリマー7021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0152
ポリマ－43,3131
非ポリマー7021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0152
ポリマ－43,3131
非ポリマー7021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0152
ポリマ－43,3131
非ポリマー7021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.929, 129.969, 87.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Beta-secretase 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane- ...Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2


分子量: 43312.805 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / プラスミド: PET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物
ChemComp-23I / N-[(1S,2S,4R)-2-HYDROXY-1-ISOBUTYL-5-({(1S)-1-[(ISOPROPYLAMINO)CARBONYL]-2-METHYLPROPYL}AMINO)-4-METHYL-5-OXOPENTYL]-5-[METHYL(METHYLSULFONYL)AMINO]-N'-[(1R)-1-PHENYLETHYL]ISOPHTHALAMIDE


分子量: 701.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H55N5O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: APO ENZYME CRYSTAL WAS OBTAINED AT 15 mg/ml, 13% PEG 8000, PH 6.5 IN SODIUM CACODYLATE BUFFER. THE APO ENZYME CRYSTAL WAS SOAKED IN CONCENTRATED INHIBITOR SOLUTION ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: APO ENZYME CRYSTAL WAS OBTAINED AT 15 mg/ml, 13% PEG 8000, PH 6.5 IN SODIUM CACODYLATE BUFFER. THE APO ENZYME CRYSTAL WAS SOAKED IN CONCENTRATED INHIBITOR SOLUTION TO MAKE THE ENZYME/INHIBITOR COMPLEX CRYSTAL FOR X-RAY DATA COLLECTION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 66606 / Num. obs: 66290 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 5760 / Χ2: 1.029 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FKN

1fkn


解像度: 2.5→50 Å / FOM work R set: 0.793 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 4989 7.5 %Random
Rwork0.201 ---
obs0.201 60825 91.3 %-
all-66606 --
溶媒の処理Bsol: 37.395 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 38.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.558 Å20 Å23.689 Å2
2--9.528 Å20 Å2
3----12.086 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12212 0 196 438 12846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0087821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.546312
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4282
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4752.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.5-2.520.398760.341849925
2.52-2.530.343760.315895971
2.53-2.550.34660.333893959
2.55-2.570.344910.324898989
2.57-2.590.348950.2989051000
2.59-2.610.35840.2849641048
2.61-2.630.3281000.2969441044
2.63-2.650.403910.3069731064
2.65-2.670.3281010.2929961097
2.67-2.690.379970.3019801077
2.69-2.720.292910.26610521143
2.72-2.740.286830.26710561139
2.74-2.760.33890.27710691158
2.76-2.790.303870.26711061193
2.79-2.820.334940.26610611155
2.82-2.840.364790.25111341213
2.84-2.870.2581040.24410771181
2.87-2.90.2991000.23811561256
2.9-2.930.34970.24410871184
2.93-2.960.292850.23511331218
2.96-30.3241080.22911321240
3-3.030.3371110.25111321243
3.03-3.070.3411090.24111461255
3.07-3.110.3131130.22511451258
3.11-3.150.3161190.23511171236
3.15-3.190.2791130.21411921305
3.19-3.240.3281200.22811281248
3.24-3.290.305880.21611681256
3.29-3.340.2651220.20711811303
3.34-3.390.285960.21511711267
3.39-3.450.2431190.211481267
3.45-3.510.2521070.19612301337
3.51-3.580.2451010.19111731274
3.58-3.650.272950.18912391334
3.65-3.730.2531140.19512061320
3.73-3.820.2121110.16612091320
3.82-3.920.211910.17112021293
3.92-4.020.2041040.1612231327
4.02-4.140.201910.16312081299
4.14-4.270.1971150.14211991314
4.27-4.430.1931170.14612171334
4.43-4.60.2051210.15112291350
4.6-4.810.237970.15312091306
4.81-5.070.2041000.15312131313
5.07-5.380.266960.18412281324
5.38-5.80.2691090.20712251334
5.8-6.380.2431080.19811941302
6.38-7.30.2281100.19412221332
7.3-9.190.2421010.19812271328
9.19-500.221970.18110951192
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2mmi327.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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