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万見
- PDB-2p3j: Crystal structure of the Arg101Ala mutant protein of Rhesus rotav... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p3j
タイトルCrystal structure of the Arg101Ala mutant protein of Rhesus rotavirus VP8*
要素VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / Outer capsid protein VP4 / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhesus rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Blanchard, H.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2009
タイトル: Effects on sialic acid recognition of amino acid mutations in the carbohydrate-binding cleft of the rotavirus spike protein
著者: Kraschnefski, M.J. / Bugarcic, A. / Fleming, F.E. / Yu, X. / von Itzstein, M. / Coulson, B.S. / Blanchard, H.
履歴
登録2007年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4893
ポリマ－18,0701
非ポリマー4192
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.531, 48.531, 131.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3079-

HOH

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要素

#1: タンパク質 VP4 / rotavirus spike protein


分子量: 18069.947 Da / 分子数: 1 / 断片: VP8* domain (fragment 64-224) / 変異: R101A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhesus rotavirus (ウイルス) / 生物種: Rotavirus A / 株: Rhesus / プラスミド: pGEX-VP8 (64-224) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q91HI9, UniProt: P12473*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-MNA / 2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / 2-O-METHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D- NEURAMINIC ACID / 2-O-メチル-N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 323.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO9
識別子タイププログラム
2-O-methyl-5-N-acetyl-a-D-neuraminic acidIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.7M (NH4)2SO4, 2.4% v/v PEG 400, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→65 Å / Num. obs: 12064 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.9→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1521 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
LSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: RRV VP8* PDB code 1KQR

1kqr


解像度: 1.9→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20586 587 4.9 %RANDOM
Rwork0.16075 ---
obs0.1629 11421 91.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1274 0 27 134 1435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.9581870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1425160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62725.87363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07315203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg2.857152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.2959
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6931.5832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11521348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7863611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6484.5522
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 22 -
Rwork0.174 451 -
obs--50.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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