PDB-2p32: Crystal structure of the C-terminal 10 kDa subdomain from C. eleg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p32

タイトル

Crystal structure of the C-terminal 10 kDa subdomain from C. elegans Hsp70

要素

Heat shock 70 kDa protein A

キーワード

CHAPERONE / Three-helix bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of HSF1-mediated heat shock response / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / mRNA Splicing - Major Pathway / Clathrin-mediated endocytosis / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / HSF1-dependent transactivation / Neutrophil degranulation / retrograde transport, endosome to Golgi / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / chaperone cofactor-dependent protein refolding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Worrall, L.J. / Walkinshaw, M.D.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the C-terminal three-helix bundle subdomain of C. elegans Hsp70.
著者: Worrall, L.J. / Walkinshaw, M.D.

履歴

登録	2007年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2p32.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2p32_full_validation.pdf.gz	522.4 KB	表示
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CIF形式データ	2p32_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j4a-1 2kub-d 5wll-1 3lmf-d 5azx-1 2p9r-2 1row-2 4qe7-d 3nmk-3 424d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Heat shock 70 kDa protein A

B: Heat shock 70 kDa protein A

C: Heat shock 70 kDa protein A

D: Heat shock 70 kDa protein A

E: Heat shock 70 kDa protein A

F: Heat shock 70 kDa protein A

ヘテロ分子

78.3 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Heat shock 70 kDa protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Heat shock 70 kDa protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Heat shock 70 kDa protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Heat shock 70 kDa protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Heat shock 70 kDa protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Heat shock 70 kDa protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
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7

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.927, 138.927, 100.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 533 - 614 / Label seq-ID: 13 - 94

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

詳細

The biological assembly is a monomer.

#1: タンパク質	Heat shock 70 kDa protein A 分子量: 12957.294 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal 10 kDa subdomain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: hsp-1, hsp70a / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / 参照: UniProt: P09446
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 55% ammonium sulphate, 0.5% PEG 400, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月4日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
Reflection	冗長度: 8.74 % / 数: 146865 / R_merge(I) obs: 0.136 / D res high: 3.2 Å / D res low: 35.99 Å
反射	解像度: 3.2→36 Å / Num. all: 16809 / Num. obs: 16809 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 103.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.136 / R_sym value: 0.136 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.936 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 11782 / Num. unique all: 2399 / R_sym value: 0.936 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.2.17	データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MAR345	345DTB	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Preliminary model built using data from a mercury derivative crystal solved using MAD

解像度: 3.2→36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.253 / WR_factor R_work: 0.225 / SU B: 66.939 / SU ML: 0.443 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.473 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2819	820	5.052 %	RANDOM
R_work	0.2684	-	-	-
all	0.269	16809	-	-
obs	-	16232	96.694 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.409 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.749 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.749 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3972	0	30	0	4002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.761	1.994	5436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.109	3	7038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.172	5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.458	27.353	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.538	15	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	33.938	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.296	0.2	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.216	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.1	0.2	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.223	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.083	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.25	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.5	1.5	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.089	1.5	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.815	2	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.409	2	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.027	3	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.306	3	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.719	4.5	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.783	4.5	3732

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1135 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms	タイプ	Weight
1	A	0.03	TIGHT POSITIONAL	0.05
2	B	0.03	TIGHT POSITIONAL	0.05
3	C	0.03	TIGHT POSITIONAL	0.05
4	D	0.03	TIGHT POSITIONAL	0.05
5	E	0.05	TIGHT POSITIONAL	0.05
6	F	0.03	TIGHT POSITIONAL	0.05
1	A	0.04	TIGHT THERMAL	0.5
2	B	0.04	TIGHT THERMAL	0.5
3	C	0.04	TIGHT THERMAL	0.5
4	D	0.04	TIGHT THERMAL	0.5
5	E	0.04	TIGHT THERMAL	0.5
6	F	0.04	TIGHT THERMAL	0.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
3.2-3.283	0.44	56	0.428	1142	0.428	1198	1142	100
3.283-3.372	0.393	61	0.38	1118	0.381	1179	1118	100
3.372-3.469	0.333	55	0.371	1089	0.369	1144	1089	100
3.469-3.574	0.432	51	0.394	1077	0.396	1128	1077	100
3.574-3.69	0.675	42	0.692	756	0.692	1058	756	75.425
3.69-3.818	0.455	33	0.441	754	0.441	1059	754	74.315
3.818-3.961	0.462	52	0.473	936	0.473	1010	936	97.822
3.961-4.121	0.302	46	0.227	934	0.231	980	934	100
4.121-4.301	0.336	43	0.193	903	0.199	946	903	100
4.301-4.508	0.172	48	0.161	863	0.161	911	863	100
4.508-4.748	0.145	35	0.176	821	0.174	856	821	100
4.748-5.03	0.274	43	0.166	785	0.171	828	785	100
5.03-5.37	0.192	49	0.169	727	0.17	776	727	100
5.37-5.79	0.186	41	0.189	686	0.189	727	686	100
5.79-6.326	0.199	44	0.205	627	0.205	671	627	100
6.326-7.045	0.234	34	0.216	582	0.217	616	582	100
7.045-8.084	0.18	25	0.169	527	0.17	552	527	100
8.084-9.778	0.166	26	0.159	460	0.16	487	460	99.795
9.778-13.345	0.225	24	0.16	369	0.164	393	369	100
13.345-36	0.297	12	0.357	256	0.354	268	256	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.436	-2.1741	6.2151	10.0481	-6.3823	15.8504	0.099	-1.5032	-0.5603	0.4361	0.0003	0.1873	-0.1577	-0.7478	-0.0994	-0.2183	-0.0919	-0.4181	-0.5247	0.2135	-0.2978	3.7257	-35.2036	37.7124
2	9.9278	3.4801	6.8893	7.8334	4.3354	12.0943	0.3276	0.0233	-0.6398	0.5519	-0.7376	0.7675	0.2084	-1.2385	0.41	-0.291	0.0809	-0.4648	-0.5028	-0.1968	-0.1496	-12.6511	-51.4157	13.7753
3	3.9906	-1.6807	0.1083	20.6466	0.0247	6.2997	0.4496	-0.2284	-0.0357	0.4863	0.2035	0.9577	-0.669	-0.6152	-0.6531	-0.0576	0.0092	-0.3123	-0.6879	-0.0461	-0.4954	-12.3187	-18.2951	14.1748
4	6.7297	2.536	5.8607	10.8345	6.4963	15.2576	0.1844	1.642	-0.6384	-0.4823	-0.1297	-0.0517	-0.1344	0.7387	-0.0547	-0.2356	0.1089	-0.4146	-0.5565	-0.226	-0.3071	-3.7532	-35.2907	-3.5765
5	9.4967	-3.4304	6.2506	8.7123	-4.4061	11.2128	0.2452	-0.0848	-0.5557	-0.4711	-0.6835	-0.792	0.1785	1.201	0.4383	-0.2819	-0.0735	-0.4487	-0.5264	0.1847	-0.1647	12.5233	-51.4073	20.4186
6	4.9677	1.6002	0.2973	21.4836	-0.9045	5.3163	0.3547	0.3038	0.0462	-0.1705	0.2946	-0.9692	-0.7678	0.5709	-0.6493	0.0139	0.0081	-0.3131	-0.6861	0.0573	-0.4842	12.2844	-18.3182	19.8055

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 533 - 614 / Label seq-ID: 13 - 94

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B
3	3	C	C
4	4	D	D
5	5	E	E
6	6	F	F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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