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万見
- PDB-2p2r: Crystal structure of the third KH domain of human Poly(C)-Binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p2r
タイトルCrystal structure of the third KH domain of human Poly(C)-Binding Protein-2 in complex with C-rich strand of human telomeric DNA
要素
  • C-rich strand of human telomeric DNA
  • Poly(rC)-binding protein 2
キーワードRNA AND DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / RNA AND DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / promoter-enhancer loop anchoring activity / IRES-dependent viral translational initiation / chromatin looping / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / lncRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling ...mRNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / promoter-enhancer loop anchoring activity / IRES-dependent viral translational initiation / chromatin looping / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / lncRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / single-stranded DNA binding / defense response to virus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribonucleoprotein complex / innate immune response / viral RNA genome replication / focal adhesion / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / DNA / Poly(rC)-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者James, T.L. / Stroud, R.M. / Du, Z. / Fenn, S. / Tjhen, R. / Lee, J.K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the third KH domain of human poly(C)-binding protein-2 in complex with a C-rich strand of human telomeric DNA at 1.6 A resolution.
著者: Fenn, S. / Du, Z. / Lee, J.K. / Tjhen, R. / Stroud, R.M. / James, T.L.
履歴
登録2007年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: C-rich strand of human telomeric DNA
A: Poly(rC)-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3133
ポリマ－10,2012
非ポリマー1111
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.069, 81.069, 87.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-9-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: DNA鎖 C-rich strand of human telomeric DNA / Alpha-CP2 / hnRNP-E2


分子量: 2066.401 Da / 分子数: 1 / 断片: third KH domain of human Poly(C)-binding Protein 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: this sequence in present in human telomeric DNA
#2: タンパク質 Poly(rC)-binding protein 2


分子量: 8135.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCBP2 / プラスミド: pet24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q15366
#3: 化合物 ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.18
詳細: 2M ammonium sulfate, 80 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 8.18, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2lithium sulfate11
3CAPS11
4glycerol11
5water11
6ammonium sulfate12
7lithium sulfate12
8CAPS12
9glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588, 0.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: double crystal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115881
20.979451
反射解像度: 1.6→54.8 Å / Num. all: 15752 / Num. obs: 15516 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 84.66

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm shell解像度: 1.7→60 Å / Delta phi final: 0.16 / FOM : 0.166 / 反射: 22307

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→54.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.052 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24225 723 5 %RANDOM
Rwork0.20482 ---
obs0.2066 13842 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20.24 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→54.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数569 137 8 81 795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3492.2121019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.443580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64825.65223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.64715106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.314154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5591.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2252613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.713417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6614.5403
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 49 -
Rwork0.285 874 -
obs--84.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4952-0.9139-0.33621.4278-0.09240.4185-0.0374-0.0244-0.1967-0.0105-0.01210.0432-0.03640.01430.0494-0.0686-0.0035-0.0017-0.0871-0.0120.03228.60716.70442.723
25.505-3.24722.276410.4674-3.67518.5610.30550.3895-0.5774-0.1224-0.18810.48380.01340.091-0.1174-0.1941-0.0104-0.0121-0.1594-0.070.076319.93314.93337.713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB287 - 3574 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2BA498 - 5041 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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